中世紀的異端運動起源於7世紀拜占廷帝國的保羅派農民運動。保羅派宣揚二元論教義,主張取消教階製,簡化宗教儀式,廢除偶像崇拜,恢複早期基督教的平等,被基督教中占統治地位的派別斥之為異端。10世紀初,巴爾幹半島興起波高美爾派農民運動,反對教會的封建特權,要求沒收教會財產,對西歐異端運動產生了直接的影響。11世紀下半葉,意大利、法蘭西、弗蘭德爾、德意誌等西歐地區的農民和城市市民,先後進行了反抗羅馬教會封建神權統治的異端運動。異端運動不否定基督教的信仰,而是譴責教會的腐化,否認羅馬教皇的權威。西歐異端運動的主力軍是城市市民和平民,主要異端派別有意大利的阿諾德派、英國的威克裏夫派、捷克的胡司派和聖杯派、德國的再洗禮派、法國的阿爾比派等。12世紀-13世紀初,異端運動發展至高潮,在法國阿爾比派的勢力已經超過羅馬教會。為此教皇英諾森三世組成討伐阿爾比的十字軍,此後還設立了鎮壓異端份子的異端裁判所。羅馬天主教會和世俗封建統治者對異端運動的殘酷鎮壓,並沒有阻擋異端運動的繼續。法國南部、意大利北部和西班牙的華爾多派,在下層民眾的掩護下一直繼續活動,直到16世紀上半葉匯入宗教改革運動中。