順治年間,中國軍民擊斃了沙俄侵略頭子斯捷潘諾夫,將沙俄侵略者趕出了黑龍江中下遊地區,但他們仍占據著黑龍江上遊的尼布楚城(今俄羅斯涅爾琴斯克)等待時機,策劃著新的侵略活動。康熙四年(1665年),俄軍重占雅克薩城,並建堡築寨,勒索財物,設置殖民農莊,奴役和鎮壓當地中國人民。康熙十五至二十一年(1676~1682年)沙俄又利用清廷全力鎮壓南方“三藩之亂”、無暇北顧之機,派出大量軍隊入侵黑龍江各支流,並調集大批槍炮、物資到尼布楚、雅克薩等地,加強侵略力量。對此,清朝政府多次提出交涉、抗議,警告他們必須停止對中國的侵略。沙俄侵略者不但置若罔聞,反而變本加厲,公然在中國領土上設立據點,強征貢賦,開采銀礦,燒殺搶掠。清政府忍無可忍,遂於“三藩之亂”平定之後,立即集中力量,準備武力驅逐沙俄侵略者。
事先,康熙帝總結了三十多年來與沙俄鬥爭的經驗,進行了周密、細致的準備工作。康熙二十二年(1683年)十月,清廷以薩布索為第一任黑龍江將軍,著手掃除俄軍在黑龍江中下遊設置的侵略據點。與此同時,當地各族人民也紛紛拿起武器,以各種形式打擊沙俄侵略軍。在各族人民的配合下,清軍相繼拔除了許多俄軍據點。至該年年底,除尼布楚、雅克薩等少數地區外,侵入黑龍江流域的沙俄侵略者基本被肅清。
在加緊軍事布署的同時,清政府始終未放棄謀求政治解決的努力,曾通過各種途徑表示,隻要沙俄停止侵略活動,清朝願與之保持和平。直到大兵進發雅克薩之前,康熙帝還寫信給沙皇,勸其迅速撤回雅克薩之兵,“互相貿易遣使,和睦相處”。但是,沙俄政府將清方的和平努力看成是軟弱可欺,不但不予接受,反而繼續擴大侵略。他們調整了侵略黑龍江地區的軍事指揮機構,任命熟悉當地情況且以驍勇著稱的弗拉索夫和托爾布津分別擔任尼布楚和雅克薩督軍,又增調援軍,貯存糧草,加固城防,還派普魯士軍官拜頓在托博爾斯克召募哥薩克來中國助戰。至此,清政府已別無選擇,隻有下決心以武力將侵略者趕出中國。
康熙二十四年(1685年)四月,都統彭春、郎談、黑龍江將軍薩布素等分率滿、蒙、漢等官兵三千餘人自黑龍江城(今瑗琿)和卜魁城(今齊齊哈爾),水旱兩路向雅克薩進發。五月二十二日,彭春率部抵達雅克薩城下,立即向俄方發出谘文,要求其撤出雅克薩,歸還逃人,以雅庫(今俄羅斯雅庫次克)為界,遭到俄方拒絕。次日清軍列陣,包圍雅克薩城。二十五日,一隊增援雅克薩的俄軍自黑龍江順流而下,被清軍將領林興珠率福建藤牌兵攔於江西。一場激戰,斃傷俄軍四十餘人。隨即,清軍架設“神威無敵大將軍”炮,向雅克薩城猛烈轟擊,同時水陸並進,四麵圍攻。經過一晝夜激戰,俄軍傷亡慘重,城內到處起火。二十六日,郎談命積柴焚城。俄國雅克薩督軍托爾布津走投無路,隻得出城投降,並發誓不再回雅克薩城。清軍準其投降。派人將托爾布津及其手下官兵、眷屬等七百餘人送到額爾古納河河口,收複了被俄軍侵占達20年的雅克薩城。不久,清軍撤回黑龍江城。
托爾布津等殘兵敗將回到尼布楚後,仍不死心。正項拜頓率領六百名哥薩克援兵也到達尼布楚,又探得清軍全部撤退,並未留兵駐防的消息,遂率領五百餘名俄軍返回雅克薩,加築工事,重新盤踞。康熙二十五年(1686年)五月,薩布素、郎談、班達爾沙等奉命率領清軍2100餘人會師於查克丹,再次進兵雅克薩。命俄俘鄂克索木果帶信入城警告俄軍,如不立即撤出,必將其全部殲滅。是時,盤踞城中的俄國侵略軍共有800餘人,他們憑借充足的火器裝備、彈藥糧草和堅固的城防工事負隅頑抗,並自城中頻繁出擊,不讓清軍炮位和攻城器械逼近城牆。薩布素率領清軍將士在當地各族人民的協助下,屢次擊敗出城挑戰的俄軍。六月初九日夜,薩布素下令向雅克薩城發起進攻。自夜到晨,重創俄軍,數日之內斃敵100餘人,托爾布津也中炮斃命,由拜頓繼任其職。但是,由於清軍除擁有少量大炮外,士兵作戰主要依靠刀矛弓箭,殺傷力較小,對攻堅戰尤為不利,故未能迅速拿下雅克薩城,戰事一時陷入僵持狀態。薩布素等為避免犧牲過大,停止強攻,於城外東、南、北三麵挖掘長壕,修築堡壘,又於城西江南布置水師,封鎖來自尼布楚方向的援兵航道,對城中俄軍進行長期圍困。由於城中無井,通常依靠通向黑龍江的水道引來水源。清軍經過四晝夜激戰,切斷了城中水源。數月之後,城中飲水、糧食、彈藥皆已告罄,加之疾疫流行,800多名俄軍隻剩下66人,尼布楚方麵也無力派來援軍,困守雅克薩的俄國侵略者已經瀕臨絕境。
盡管清方在軍事上取得重大進展,但為求得邊界上持久的和平,仍然不斷謀求與沙俄進行談判。此時的俄國,正值彼得一世之姐索菲亞公主執政,統權極不穩固,不可能再派大批軍隊前來中國,眼看困在雅克薩的俄軍將被全殲,遂決定接受清政府的建議,派出以戈洛文為全權代表的談判使團與清朝進行邊界談判。該年十月,俄國信使文紐科夫和法沃羅夫等到達北京,呈遞沙皇給康熙帝的書信,要求清政府停止攻打雅克薩,等待戈洛文一行到達後進行談判。清政府以禮接待了俄國信使,並在雅克薩城唾手可得的情況下同意了俄國的請求,命令薩布素等撤雅克薩之圍,又派太醫赴雅克薩為患病俄軍治療,且發糧賑濟,保住了坐困城中坐以待斃的俄國人性命。次年七月,清政府聞知戈洛文使團抵達邊境,遂命薩布素等率部返回黑龍江、墨爾根(今嫩江)等地駐守。至此,曆時兩年之久的第二次雅克薩之戰正式結束。