帝師製度是元朝建立的一種獨特的僧官製度。早在元太宗窩闊台時期,蒙古皇室已對藏傳佛教各教派有所了解。貴由汗二年(1247年),闊端寫信邀請薩迦派高僧薩班貢噶堅讚至今甘肅武威相見,薩班之侄八思巴隨伯父同往。不久,西藏地方僧俗勢力在薩班的號召下歸順蒙古皇室,薩迦派因此獨受倚重。蒙哥汗三年(1253年)忽必烈聞八思巴之名,召置左右,從受佛戒。元中統元年(1260年)忽必烈即蒙古大汗位。同年,設總製院(後改稱宣政院),負責管理全國佛教及藏族地區事務,封自幼生長於蒙古宮廷的藏傳佛教薩迦派高僧八思巴為國師,命其領總製院事。至元六年(1269年),八思巴獻上他所創製的蒙古新字(即八思巴文),忽必烈將其頒行全國。第二年,升八思巴號為“帝師大寶法王”,賜玉印。從此帝師一職的設置終元之世而未改。
帝師一職,位高權重。自八思巴之後嗣帝師者,例領宣政院事,秩從一品,賜玉印。忽必烈以後元朝曆代皇帝即位之初,都從帝師受佛戒。即位之後,要專門對帝師“降詔褒護”。其詔書絡珍珠為字,被稱作“珠詔”。平日百官上朝,排班列隊,皇帝座旁為帝師設有專座。帝師的號令被稱做法旨,通行於全國各地佛寺。皇帝對藏族地區發布的詔書,例由帝師副署。帝師出行,皇帝往往派大臣迎送,甚至用皇帝的半副儀仗為其開路導行。帝師生前備受尊崇,死後也享盡哀榮。以首任帝師八思巴為例,至元十七年(1280年)他去世後,被加封為“皇天之下一人之上開教宣文輔治大聖至德者沈真智佑國如意大寶法王西天佛子大元帝師”。忽必烈為他在京城修建真身舍利塔。元英宗時(1321~1324年),“詔各郡建帝師八思巴殿,其製視孔子廟有加”。元泰定帝時(1321~1328年),又“繪帝師八思巴像十一,頒各行省,俾塑祀之”。元世祖敕令重修的《百丈清規》中列舉元代重大佛事,佛誕、佛涅盤與帝師涅盤並提。帝師在元朝統治者的心目中,地位幾乎與佛祖釋迦牟尼相等。
帝師既受到元帝的尊崇,也對元帝負有一定的職責和義務,所以仍是元朝中央政府中的一名高級官員。作為宣政院最高負責人,帝師負責向皇帝舉薦該院“居第二者”的宣政院使及以下各級官員。全國藏族地區所設三個宣慰使司都元帥府中的高級官員,如宣慰都使元帥、元帥、萬戶等,須經帝師或宣政院提名,然後由皇帝任命。元朝以薩迦本欽統領衛藏十三萬戶,對本欽的任免也要根據帝師的提名。此外,帝師作為皇帝在佛教方麵的老師,要負責向皇帝傳授佛法、授戒、為皇帝舉行灌頂儀式,還要為後妃、皇子等皇室成員授戒。帝師統領天下僧尼,掌管全國佛教事務,要遵照皇帝的旨意主持佛事、弘揚佛教、為在位皇帝祈壽延年,為已故皇帝資祈冥福,祈禱國泰民安、風調雨順。因帝師承擔如此重任,故不可或缺。凡遇帝師因故暫離京師,皇帝即另委一人擔任此職。至元十三年(1276年),八思巴奉旨返藏,忽必烈即委任他的弟弟仁欽堅讚接任帝師。至元二十三年(1286年)帝師達瑪巴拉受命返藏主持西藏政務,忽必烈又任命八思巴的弟子意希仁欽接替他出任帝師。當時新任命的帝師年紀幼小,實權則操於宣政院使手中。
元朝前期實行扶植和倚重薩迦派僧人的政策,前後任命的十幾位帝師中,除二三人身世不詳外,其餘均屬薩迦昆氏家族,也就是薩班或八思巴的弟子、再傳弟子。元朝末年,薩迦派在與其他教派勢力的鬥爭中失敗,其在西藏的統治地位為帕竹噶舉派所取代,再加上元皇室對藏傳佛教的信仰漸由薩迦派轉為噶舉派,由薩迦派僧人所出任的帝師一職於是形同虛設。元順帝時的最後一任攝帝喃加巴藏卜,於明洪武五年(1372年)以藏族地區前元朝高級藏族官員的身份歸降明朝,第二年,被明朝封為熾盛佛寶國師。他先後舉薦的舊元官員百餘人,均蒙洪武帝授以官職。元朝覆亡後,明清兩朝均不再設帝師一職。