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第一節 招撫江南，穩固清政權
清兵入京後，順治帝對洪承疇十分器重，以洪承疇仕明時的原職銜任命他為太子太保、兵部尚書兼都察院右都禦史，入內院佐理軍務，授秘書院大學士，成為清朝首位漢人宰相。
清軍入關後，洪承疇的作用逐漸顯現了出來。尤其是順治皇帝在北京登基，清軍南下之後，抗清鬥爭此起彼此，令新興的清王朝十分頭痛，洪承疇就擔負起了招撫江南，穩固清政權的重任。
多爾袞在山海關之戰中運籌帷幄，擊敗了農民軍，占領了北京城，開啟了清皇朝入主中原的曆史一頁。特別是他占領北京之後，嚴禁搶掠，停止剃發，為明崇禎帝朱由檢發喪，博得了北京士紳的好感，然後迎請順治小皇帝赴京登基，很快穩定了占領區內的形勢。這些功績，在順治元年開國大典上均得到表彰，不僅給他樹碑立傳，還賜他大量金銀牲畜和衣物，並封他為叔父攝政王，確立了他不同於其他任何王公貴族的顯赫地位。
李自成退入山陝之後，原明朝降官降將紛紛反水，但他在順治元年（1644年）六月仍積極準備反攻，坐鎮平陽（今山西臨汾），分兵三路北伐。另一支農民軍在張獻忠率領下已建大西國於成都，統一了全川，而多爾袞對此尚不了解。其他小規模的農民軍則更是活動頻繁，使近畿地區常常飛章告急。除此之外，殘明勢力已於五月中擁戴福王朱由崧為帝，定都於南京，改年號為弘光。
在這種情況下，多爾袞的戰略是：對農民軍的主要力量堅決消滅，其中對地方小股起義、“土賊”則剿撫並用；而對南明政權則是“先禮後兵”。在此方針指導下，多爾袞先後派葉臣、石廷柱、巴哈納、馬國柱、吳惟華等進攻山西，十月攻陷太原，進而包圍陝西。同時，多爾袞派出大量降清的明官對南明君臣招撫，並寫信給南明閣臣史可法，提出“削號歸藩，永綏福祿”。在南明派出左懋第使團來北京談判過程中，他將其軟禁起來，並不給予明確的答複。
此時，清軍已於九月占領山東，十月進據蘇北，與史可法的軍隊沿河相峙。在這種形勢下，多爾袞認為全麵進攻農民軍和南明政權的時機已經成熟，便於十月先後命阿濟格和多鐸率軍出征，向農民軍和南明福王政權發起了戰略總攻。就當時雙方力量對比而言，多爾袞過高地估計了自己的實力。由於他雙管齊下，本來不多的兵力卻分兵作戰，兵分則勢弱，容易被分別吃掉；況且此舉很容易引起漢民族的同仇敵愾，使他們暫釋前嫌，有可能攜手作戰。
就在這年十月，大順農民軍2萬餘人進攻河南懷慶，獲得大勝。敗報傳來，給多爾袞猛然敲了警鍾，他立即令多鐸暫停南下，由山東入河南，與北麵的阿濟格軍對陝西形成前後夾擊之勢。曆史的偶然性再一次救了多爾袞，使他得以在戰略上改變兩個拳頭打人的方針，而集中優勢兵力，各個擊破。很快，多鐸於十二月底破潼關，李自成放棄西安轉移。多爾袞下令由阿濟格追擊農民軍餘部，而多鐸則繼續南下。至順治二年（1645年）二月，農民軍連戰失利，五月十七日，李自成死於湖北通城縣九宮山。這時多鐸軍已克揚州，史可法殉難。接著，清軍渡長江，南京不戰而克，朱由崧被俘，弘光政權滅亡。
人們往往在爭取事業成功的時候小心謹慎，而在取得一定成功時，又會驕傲大意起來。足智多謀的多爾袞，也沒有能避免常人容易犯的錯誤。他竟在順治二年（1645年）六月初，下達了最能引起漢民反感的薙發令。前麵說到，多爾袞入北京後不久，見薙發令遭到百姓反對，造成民情騷動，就下令停止薙發令。多鐸入南京以後，斥責降清文官李喬剃發，並布告百姓有關剃兵不剃民的規定，同多爾袞的停止薙發令是一致的。不過，被勝利衝昏頭腦的多爾袞，忘卻了薙發令在北京城引起的騷亂，就在他接到多鐸定南京的第二天，內院大學士們去見多爾袞，多爾袞就談及薙發一事：
近覽章奏屢以刺頭一事引禮樂製度為言，甚屬不倫。本朝何嚐無禮樂製度，今不遵本朝製度，必欲從明朝製度，是誠何心！若雲身體發膚受之父母，不敢毀傷，猶自有理；若諄諄言禮樂製度，此不通之說。予一向憐愛群臣，聽其自便，不願刺頭者不強，今既紛紛如此說，便該傳旨叫官民盡皆剃頭。
在場的大學士等，包括洪承疇在內，對多爾袞的這番議論並不以為然，但由於他們多係漢人，也不好再說什麽，隻能建議他對此事不要逼得過急。於是，他們向多爾袞勸說：
王上一向恃愛臣民，盡皆感仰，況指日江南混一，還望王一寬容。
不過，多爾袞對大學士們的勸說並未聽進去，幾天以後，六月初五，他派侍衛尼雅達、費揚古帶著皇上的敕書去慰問嘉獎多鐸，同時讓多鐸傳達：
各處文武軍民，盡令薙發，倘有不從，以軍法從事。
10天之後，多爾袞以順治帝的名義諭禮部正式下達薙發令，且限期隻有10天，遲疑者，“必置重罪”。更甚者，他還公然堵塞了言路，不許為此事再進奏章，進者“殺無赦”。二十八日，多爾袞又頒詔河南、江南、江北沒有歸降的地方，要他們從速歸順。詔文說：
傳檄江南各省地方，速令歸附，仍立與限期，近者一月，遠者三月，各取薙發投順遵依文冊匯奏。
這樣，剃發不剃發就成為投降不投降的標誌，各地執行起來層層加碼。有的地方限3日內全部剃發，有的甚至限令1日內就要剃完。有些百姓剃的發式不合滿洲人式樣，也被處死。薙發令下達以後，清兵帶著剃發匠沿街巡視，看到留發的漢人，就攔住強行剃發，稍有反抗，就將他的頭砍下懸掛起來示眾。
本來，多鐸至南京、無錫、蘇州、杭州，都比較順利，沒有引起太大的騷動，甚至一些故明文人還稱讚清軍進入上述地方“秋毫無犯”。但是，多爾袞的一個薙發令，刺激了民族感情，如點火澆油，江南人民紛紛起而反抗。蘇北的弘光政權總漕田仰，打起反剃發的旗幟，率眾起事，殺死清朝通州、如皋、海門的牧令。安徽池州府推官朱盛濃，也起來反對薙發令，“統兵詐稱十萬，結寨石埭縣七裏地方”，攻破青陽，俘虜清任命的知縣吳瑤，殺死典史林紹台；攻下石埭縣，俘獲典史趙雲太。安徽寧國府所轄的宣城南湖地方，百姓聚集起來，不肯剃頭。安徽旌德知縣黃綜，是清朝新委任的，原來縣裏的吏書都去路上迎接他，聽說黃綜來傳達薙發令，中途都逃跑了。地方上的百姓，也不許縣裏的衙役去迎接縣官上任。
湖南人民也起來反抗薙發令，柯正藩聚眾劫掠保安等地方。湖北蘄水縣的劉時習，率眾半夜入城，反抗剃發。江西已降清的原農民軍將領王體中，接到薙發令後，不肯剃發，“傳集兵馬，帶領親丁”，準備起事，投奔南明，後因事情泄露被殺。湖北白雲寨主易道三、王光叔等，聯絡40處，其中還有原明朝兵部尚書張縉彥，這些人原來已經歸順清朝，“近因頭，聚眾複叛”。
西北的陝西、甘肅，也出現了人民反剃發活動，在這些反抗鬥爭中，最劇烈的是江南江陰和嘉定的人民的抗清鬥爭。
江陰是江南的大縣，為長江下遊采石以東的重要門戶，是清軍南下的戰略要地。順治二年（1645年）六月，清軍占領江陰，派降清的新知縣方亨到任。上任時，他還身著紗帽藍袍，未改明朝裝束。二十八日，他推行薙發令，詔令裏還有“留頭不留發，留發不留頭”等語，群情憤怒，要求留發。方亨不允，百姓斥責他說：“你是明朝進士，頭戴紗帽，身穿圓領，來做清朝知縣，羞也不羞？”閏六月初，縣北門少年起鄉兵，四城響應的有上萬人，他們來至縣衙門前，放槍呐喊。方亨見事不妙，急令人關上縣衙大門，他忙寫信給常州太守說，“江陰已反，速下大兵來剿”。這封書信被民眾繳獲，大家更為憤慨，來到縣衙，用手巾套住方亨的脖子，把他拽了出來，然後關入獄中。秀才許用等集合在文廟前，提出“頭可斷，發不可薙！”的口號，四鄉人民紛紛趕來，達到十幾萬人之多。他們公推典史陳明遇為城主，後又請來前任典史閻應元進城，共同領導抗清鬥爭。
閻應元是北通州人，原為明朝江陰典史，清朝入江陰，他攜家出城，住在祝塘。陳明遇知他有膽略、有治才，於六月中旬請他共同抗清，閻應元說：“若等能聽我則可，不然，不能為若主也。”陳明遇等表示可以。徽商程璧，把他的財產17萬兩銀子全拿出來充餉，許多大戶富商都慷慨解囊。清常州知府得知以後，派300兵丁前來鎮壓，行至途中就被江陰的鄉兵消滅了。清朝又派步兵前來，也遭到江陰人民的阻擊，隻得不斷增兵。閻應元、陳明遇有謀略，四門分堡而守，“儀容甚盛，清兵遙望，驚疑為將”。清兵用棺木、牛皮遮體攻城，城內射出磚石、火罐和毒箭，迫使他們撤退。閻應元、陳明遇身先士卒，晝夜不寢，巡視城防。全城百姓都投入戰鬥，盲人幫助拆下公房的磚瓦，供修補城牆用；老弱婦女負責做飯、救護。清軍沒有想到在江陰這樣彈丸之地遇到如此頑強的反抗，久攻不下，多次派人勸降。
多爾袞親自下令招安，豫王多鐸也寫信給閻應元、陳明遇勸降，降將劉良佐策馬至城牆下說降。閻應元堅定地表示：“有降將軍，無降典史”，並令城上火箭齊發，劉良佐慌忙逃回。清朝見勸降不成，又從鬆江等地調集兵力，從南京調來幾十門西洋大炮。江陰人民血戰了81天，終因寡不敵眾，於八月二十一日城破。人民繼續巷戰，陳明遇戰死，閻應元投水被俘，大罵清軍而死。
清軍為攻取江陰，共出動了24萬軍隊，戰死75000多人，當地還傳說死了3個王爺、18個將軍。不管這是不是事實，總之清兵在江陰一地傷亡慘重。為了報複江陰人民的抵抗，清兵入城，下令屠城三日，城內外被殺的達幾十萬，隻有十二三歲的童子不殺，再就是躲在寺廟塔上的一些人幸免，“滿城殺盡，然後封刀”。
距江陰東南200多裏的嘉定城，也爆發了大規模的反剃發鬥爭。清軍始入嘉定，並沒有給嘉定人民帶來較大的不安。自閏六月十二日，薙發令開始在嘉定推行，百姓開始恐懼。第二天，城內外人民紛紛組織義軍，進攻駐在東關的清軍，殺死84人，焚毀40多艘船。清軍偏將梁得勝率殘兵狼狽逃往吳淞。駐在吳淞的清將李成棟聞報，徹夜不敢睡覺，派40多騎奔太倉告急，沒到太倉就遭到義軍截擊。
幾天以後，嘉定人民推舉故明進士黃淳耀、前左通政使侯峒曾領導義軍抗清。他二人原打算不在清朝做官，留在家鄉當遺民。清朝的薙發令激怒了他們，斷然表示斷頭容易，斷發難！清軍來攻城，義軍千方百計防禦，攻城的清兵，很多人被殺死。嘉定人民共同死守了12天。到七月初三，清兵用重炮轟城，城牆坍塌，城內人民把泥裝在大袋裏，用袋堵塞城牆。黃淳耀的弟弟黃淵耀是個文弱書生，也參加守城。他竟然用長木杠起重數百斤的大袋，登上城牆，大家都為他的勇氣驚呆了。
第二天大雨，城上義兵已經露天守衛了3晝夜，兩眼腫爛，遍體淋濕，加之飲食斷絕，個個筋疲力盡。清軍乘機登城，侯峒曾仍在指揮戰鬥，他的兩個兒子忙問他：“事急矣，何以為計？”他回答道：“有死而已，複何言。所恨者枉送一城百姓耳！”
他還沒說完，城已破。侯峒曾歸拜家廟，讓兩個兒子走避，二子都願與父相從，父子三人投河而死。
城破以後，黃淵耀急忙去告訴哥哥黃淳耀，兩人同騎一馬來到城西寺中，隨後兄弟二人懸梁自盡。
清兵入城後屠殺百姓2萬多人，李成棟將掠奪的子女、金帛，用300隻大船運走。20天之後，嘉定人民重振義軍，將清軍趕了出去。但幾天以後，清軍再次攻入嘉定，嘉定人民又遭到一次屠殺。八月中旬，原明朝把總吳之蕃起兵反攻嘉定，結果失敗，嘉定人民遭到清軍第三次屠殺。“嘉定三屠”反映了人民不甘屈服暴力的反抗精神，也反映了清軍南下的殘暴。
江陰人民和嘉定人民的抗清鬥爭，說明清朝民族壓迫政策遭到了強烈反抗。這種反抗絕不隻局限在江陰和嘉定，除前邊所提到的地區外，還有太湖生員陸世鑰起兵，原明職方主事吳易等起兵進攻蘇州，原明朝中書舍人盧象觀（即盧象升的弟弟）率兵攻打南京，原明朝禦史金聲等起兵於安徽績溪。
清朝入關以後，最高統治者多爾袞由於采納洪承疇等漢臣的正確意見，施行較為順民心的政策，因此，統一北方，隻用了短短1年時間。後來，多爾袞由於被勝利衝昏頭腦，不顧內院大學士洪承疇等人的意見，急急下達薙發令，結果漢族人民“為保護他們的頭發和服裝所表現的悲憤和戰鬥勇氣，甚於保護國家和皇帝，他們往往寧願掉腦袋也不願遵從韃靼風俗”。這樣造成清軍南下受到重重阻礙，打亂了原來的統一計劃，致使統一南方，用了整整17年的時間。
17世紀中期，中國的通訊設施還是沿用周朝古老的驛傳製度，由信使和郵卒乘驛馬或郵車，一站站地傳遞文件。因此，薙發令下達以後，各地尤其是江南掀起的巨大動蕩，遠在京師的多爾袞，並沒有直接的感受。相反，在薙發令下達以後的1個月，英親王阿濟格鎮壓李自成農民軍的捷報，才傳到京師。
清廷確切得知李自成、劉宗敏均已被殺，多爾袞認為大局從此已定，尚未歸降的地方，可以不必再動刀兵，隻要派些大臣去招撫就可以了。順治二年（1645年）閏六月初六，多爾袞召見內院大學士，得意地向他們說道：“金陵既已定，其餘諸省即當遣人帶詔招撫。”大學士們回答說：“各省撫按等官親往招諭自己地方，責任定然，處事精詳，百姓既有係屬，草竊無不立解。”
從大學士的回答裏可以看出，他們主張派當地撫按官員親自去招撫，認為這樣可以把事情做得更好些，幾天以後，十二日，多爾袞為招撫的事，召見六部和都察院以及內三院的大臣，對他們說：“方今江南平定，人心歸附，若不乘此開基一統，豈不坐先機會。諸臣各宜同心一力，因時建功，凡屬職業當務，切實恪共底績，毋尚虛名，徒飾浮說……果能矢忠矢公，清廉勤慎，各盡職業，天下自致太平。”
在場的吏部侍郎陳名夏和都察院副都禦史劉漢儒立即表示，應天府、江西、湖廣已經歸順，要盡快派撫按官員去安撫。多爾袞認為，對沒有平定的地方，要先派大臣去招撫，然後再設撫按。劉漢儒建議用能力很強的人去招撫。陳名夏是應天府溧陽人，很有才幹，他毛遂自薦去招撫江南。不過，在召見這些人之前，諸王、內院早已推薦洪承疇擔當此任，多爾袞完全讚成。於是，他就對召見的人說：“我在東邊，隻聞洪軍門是至清的好官，其用兵上陣亦有可觀。鬆山之戰時我就很費心思，親自披甲上陣，現在身體病弱，就是那會兒留下的病根。”
馮銓聽他的話對洪承疇不利，趕忙說：“洪軍門以前有罪，如今到江南去總督軍務，就可以立功贖罪。”
多爾袞認為馮銓誤解了他的話，就接著說：“我亦見他做得來（指去任招撫工作），諸王也薦他好，故令他南去。”
洪承疇聽了多爾袞後邊這句話，忐忑不安的心，才平靜下來。多爾袞講這話，並非出於他和諸王對洪承疇的偏愛。事實是，在此之前，洪承疇已起了招撫原明朝大臣的作用。像明薊鎮總兵唐通，曾與吳三桂等在原明薊遼總督洪承疇手下參加過鬆錦之戰，後來又降過李自成。清軍入關以後，作為洪承疇的舊部，唐通降清自然與洪承疇不無關係。還有明朝花馬池副總兵董學禮，也是洪承疇的舊部，他的降清，也與洪承疇牽線有關。後來董學禮對清初安定陝西，起了相當的作用。
還有弘光政權的四鎮將之一的劉澤清，在弘光帝派使臣至清議和時，他托使臣帶信給吳三桂、洪承疇等，信中仍稱洪承疇明時官稱“洪製軍”，目的顯而易見是拉攏關係，為他的投清留條後路。後來，他果然降清。還有，順治二年五月，多鐸下江南時，沿途歸降的很多。其中，有洪承疇任陝西三邊總督時的舊部，原弘光政權的提督李本深，率眾13萬前來歸降。
歸降以後，李本深即隨多鐸大軍南下，建立戰功。李本深的歸降應同董學禮等一樣，也與洪承疇有關。可以說，洪承疇自隨多爾袞入關以來，就不斷招徠舊部或舊同僚，為清朝贏得一批明將明臣。正是由於他已經在招撫舊部方麵作出了成績，所以多爾袞才會說：“我亦見他做得來，諸王也薦他好，故令他南去。”
閏六月十三日，清朝正式任命洪承疇以原官總督軍務，招撫江南各省地方，多爾袞還賜他衣帽。十四日，清廷為洪承疇鑄了“招撫南方總督軍務大學士”印。七月初三，多爾袞又以順治帝名義賜敕洪承疇，這是臨行前給洪承疇的指示，也是平定江南的具體政策，概括起來主要有以下幾方麵的內容。
首先表示對洪承疇的倚重。江南初定，人心還有疑慮，有些人還在觀望，沒有歸順，所以清廷安撫江南，就要靠洪承疇了。
其次是給他布置去江南的具體使命：一是宣傳清朝德義，興利除害，讓歸附的人民得到一些實惠。遇到關係到國計民生的大利大害，要隨時奏報，請旨興革，官兵如有不法擾民的舉動，要依法處理。二是對尚未歸順的地方，先招降，招降不成，再用兵，對於那些聚眾於山林反抗的，令下麵的撫鎮官盡快消滅。三是對南方歸降的水陸軍隊，挑選精壯的訓練成水軍，以備調用，但不要弘光政權新組織的軍隊。四是對隱居山林的和故明鄉紳中有才德的，要尋訪來錄用，對文武官員中有才幹、有政績、有戰績的，要推薦提升；對奸詐、貪婪、庸懦之輩，要及時奏請罷免。至於在戰爭中，表現不好的，地位又較低的官員，要以軍法從事；地位較高的官，要向朝廷反映。
再次是給他安撫江南的權限：對將來歸附的各省，由他節製；敕文中沒有涉及的事，可由他“便宜”行事。同時，對於官兵的統領，要他同固山額真葉臣及督撫鎮等官，共同調遣。遇有軍事上的大事，可與平南大將軍多羅貝勒勒克德渾商議。
最後，在敕文裏，再一次表明清廷對洪承疇的期望：“德威遐布，南服永清”，不要“有負倚托”。
從敕文內容上，明顯地看出清朝對洪承疇的信任、倚重和期望。不過，洪承疇畢竟是漢族降臣，且地位尚不足以獨當一麵。所以，就在這篇敕文下達的同一天，清廷又命多羅貝勒勒克德渾為平南大將軍，以固山額真葉臣佐之，讓他們代替定國大將軍、和碩豫親王多鐸在江南的位置。多爾袞同時致書多鐸，令他班師回京，一切事務交付勒克德渾、葉臣和洪承疇辦理。
麵對遍及江南各地的抗清浪潮，洪承疇采取了以招撫為主、以剿滅為輔的策略。他認為應“以平賊安民為責任。賊之脅從數多，不招撫必不能平賊”。在江南的招撫，主要利用他在明朝為官時的舊關係。像原明朝兵部尚書張縉彥，原在陝西任知縣六七年，和洪承疇是知交。後洪任兵部尚書，他又是兵科給事中，仍有來往。崇禎十六年（1643年），張縉彥升任兵部尚書時，洪承疇已經降清。李自成進北京以後，張縉彥率百官表賀。清軍入關，李自成退出北京，張縉彥逃回河南新鄉老家。福王在南京即位，他上疏建議“集義勇擒偽官，收複列城”。弘光政權仍授他兵部尚書，並讓他總督河北、山西、河南軍務。
清軍都統葉臣征山西時，軍隊過河北，他到軍門表示願歸順的意思。清朝河北巡撫羅繡錦要他去北京正式入朝，他有些疑懼，稱腳有病遲遲不去，反而渡河南下。羅繡錦聽說他已經接受了南明弘光政權的三省總督職位，就將他在新鄉的家產全部沒收。後來，多鐸率師統一河南，張縉彥躲到六安州（今安徽六安）商麻山中，那裏地處江南（這裏指清朝順治二年設立的江南省）、湖廣、河南三省交界處，地勢險要，他在那裏聯絡堡寨，據險自守。
洪承疇得知後，兩次寫信給張縉彥，信中告訴他：“皇叔父攝政王寬仁厚德，一經投順，必不念既往，大清朝從來不失大信。”
經洪承疇多方開導曉諭，張縉彥解除了疑慮，終於投降了清朝。他親赴江寧，麵見洪承疇歸順，“齎繳總督印，及解散各寨士民冊，承疇疏薦之”。洪承疇為此事向朝廷上報的題本中，說明了張縉彥歸降的作用：
茲縉彥率兩道具揭授誠，雖未報到安慶地方，而懷恩向化，歸附已的。縉彥一投，則三省接界地方四十餘寨，遠近觀感，自可漸次馴服。
清朝河南巡按寧承勳也為此事上奏邀功，並得到回旨，讓張縉彥進京朝見。這更說明張縉彥投順的作用，洪承疇隻用了兩封信，就解決了江南、湖廣、河南三省交界處40餘寨的抗清勢力，避免了清軍與這裏抗清勢力兵戎相見，這自然是他在清朝統一全國、招撫江南中的一大功勞。
還有明朝的總兵高進忠，有軍隊3000多人，戰艦69艘，駐守在崇明（今上海崇明），觀望形勢的發展。洪承疇了解到高進忠的情況，認為應當設法招撫他，既可收複崇明，又能得到一支人馬，尤其是戰艦，對清軍來說更為需要。於是，洪承疇又親自寫信招降，高進忠為他的信所動，投降了清朝。洪承疇向朝廷報告這件事的奏本中說：
進忠今已到江寧……臣等驗係遼東鎮江人，堪稱勇壯，旦解甲投誠，忠順可嘉，己檄行巡撫土國寶、提督吳勝兆，查給錢糧，悉心照管，無令失所，用副聖明安撫江南至意。
此後，崇明的收複以及沿海一帶的安定，都與高進忠的降清分不開，洪承疇招撫江南又得一功。
洪承疇不僅招徠故明的文臣武將，還招徠農民軍將領。順治二年九月下旬，原李自成的澤侯田見秀、義侯張鼐等，在他的招撫政策影響下，“赴省投誠”。洪承疇將此情況上報，清廷“命照恩詔事例免罪錄用”。
洪承疇招撫江南由於運籌得當，很快取得效果。九月底，他向清廷的奏報中說道：
江西南昌、南康（治所今星子縣）、九江、瑞州（治所今高安市）、撫州、饒州（治所今鄱陽縣）、臨江、吉安、廣信、建昌（治所今南城縣）、袁州（治所今宜春市）及江南徽寧等府俱平。
為了使這些地方迅速歸於清朝，他除了充分利用舊關係並做好地方上層包括原明朝官吏和鄉紳地主的爭取工作外，同時也很注意不去傷害百姓，注意安定民心。每到一處，他都發布告示曉諭“朝廷德意”。如，他和葉臣派軍隊進入徽州（今安徽歙縣）後，令軍隊“駐營城外，不令一兵入城，出示安民，市肆如故”。清廷的最高統治者見到洪承疇的疏報，異常欣喜。多爾袞代順治帝寫信給洪承疇說：
得旨覽卿奏，徽郡已經收複，兵不入城，秋毫無擾，具見運籌製勝，紀律嚴明，朕甚嘉悅。有功鎮將及在事文武各官，通著察明敘錄。撫輯善後及招諭事宜，俱聽卿商確便宜行事。
從這道旨文裏，看得出清廷由於他下江南後功績卓著，不僅表揚了他，還更加信任他，給他更大的權限。也就是說，有關招撫的事，可以不必再請示朝廷或勒克德渾，也不必再與葉臣商議，而由他獨自處理。這樣，他招降明朝官員和農民軍將領的活動就更加積極主動了。
這年十一月底，他一次向朝廷舉薦“故明南京翰林卿寺科道部屬等官黃義煥等一百四十九員，堪備任用”。他還具體地向朝廷建議這些人各適合擔任何種職務。這些足見洪承疇為清朝竭盡心力考慮得多麽周全，也看出他希望這些人在新王朝裏能夠做到人盡其才。洪承疇這樣做，不但使江南許多地區迅速平靜下來，而且為清廷招徠了大批人才。他作為一個故明降臣，如此熱衷招降明朝故舊，並加以錄用，是由於清朝中央對他的信任和他對清王朝的忠誠。
清廷令洪承疇招撫江南的任務，除總督軍務之外，還要“兼理糧餉”，也就是說軍隊、政府的開銷以及清政府的糧餉來源的一大部分，也要由他來籌理。這些開銷的主要來源就是征收賦稅。江南是富饒的地區，自唐宋以來，就成為曆代政府稅收來源的主要基地。清朝滅掉弘光政權以後，清統治者認為：“從此財貨、賢能皆為我有，而一統之大業成矣！”清廷交給洪承疇的這副擔子，並不比總督軍務輕。正由於如此，洪承疇到江南以後，令地方各級官吏盡力“催征錢糧”。
據他本人於順治四年底給朝廷的揭帖上統計，從順治二年十一月至順治四年十二月，由他經手，江南解北錢糧，“計先後起解十八次，共銀七十三萬七千三十兩九錢”，湖廣、江西各地的餉銀還不在內。洪承疇對起解餉銀十分重視，“每解一次，職會操江院臣陳錦，俱差有官舍同行管解、應用夫馬及官役廩糧，並沿途護送官兵。”同時發給牌文等。由此可知，洪承疇招撫江南，不僅使清初在江南的統治得以迅速穩固，而且使清王朝的財政收入得以充實，從而為清政權的鞏固立下了不朽的功績。
洪承疇在江南任職期間，如上所述勤勤懇懇、兢兢業業，他所管轄的地域很廣，除江南省本身以外，還需策應江南各省；所管的方麵很多，除軍事調動、策應外，還要負責經濟上的賦稅征收、解運，軍隊和地方的糧餉支出，地方行政事務及招撫降臣等。在江南形勢動蕩、連年戰亂的情況下，他的擔子是極其沉重的，很多複雜而棘手的問題，很多迫在眉睫必須當機立斷的問題，都需要他“無不竭盡心力”地去解決。正像他自己所說的，在江南期間，他是“晝夜冰兢，不敢頃刻自逸”。不僅白天公務繁忙，晚上還要秉燭理事到五更天，天天如此。
在他任職1年以後，順治三年七月，與他同赴江南的平南大將軍勒克德渾班師回京的第二天，洪承疇也疏請回京。清廷以江南尚未大定，沒有同意，並賜給他妻子銀100兩、貂皮200張，對他進行撫慰，讓他繼續在江南任職。剛去一年，洪承疇為什麽就請求回京？看來，一方麵是由於工作繁多，過度辛勞；更重要的另一方麵恐怕還是由於他是漢臣，工作比較難做。不過，無論他怎樣想，他也隻能按清廷的命令繼續幹下去。
到這年年底，洪承疇又上疏請求回京，原因是由於過度勞累，在這一年的十一月二十九日，當他走進公署時，忽然一隻眼睛看不清楚了，如他在上書中所說：“右目如有蒙蔽，及至衙門辦事，右目瞳子已有內翳，若自掩左目，則右目徑不能見字，數步之內，不能辨人物，必開左目，然後能見字。”
按他所說的病情，應當是患了白內障，這病自然不是三兩天就能好的，何況當時的醫療條件很差，從十二月一日起，他不能再進公署辦事，每天隻好在私宅理事。他原想請醫生調理幾天就會好的，沒想到十幾天以後仍然不好。
在私宅理事，接見官員有很多不便，早晚也不能再秉燭看文件。他擔心這樣下去，左眼的負擔太重，會導致雙目失明，為此他再次上疏，將他的病情如實上報，希望朝廷能理解他目前的困難。
接著，他要求能把福建家屬接到江寧來。這個要求很快得到回音，同意他的請求。然而，他還沒來得及派人到福建接家屬，他的弟弟、兒子和老家人陳應安，已於順治四年（1647年）二月二十日從福建泉州老家趕到江寧，向他報告，其父洪啟熙已於去年九月病逝。洪啟熙多年生病，明末洪承疇忙於軍務，不能照料父親；降清以後，老家尚在明朝統治之下，他也無從回家鄉探望。待洪承疇到了江南，公務更忙；後來清軍進入福建，但福建還很不安定，他和家裏書信往來時通時斷。受儒家禮教訓導成人的洪承疇，聞說父親去世，自然會感到自己不孝。因此，他向朝廷請求讓他“回京守製，終喪三年”，以“稍盡子道”。這個揭帖去後，仍然沒有得到允許。於是在這年四月，洪承疇再次為父喪和眼病上揭帖，要求允許他回京守製。
由於父親病死的消息傳來，洪承疇病了一場，眼病加劇。但就是在這種身體條件下，他仍然是“一有傳奉聖旨，則頃刻不可停留；一遇各省剿撫、兵食，則遠近不可稽遲”。勞累的結果使他不但右眼“咫尺之內，不能見一人，辨一物”，而且左眼“益覺昏花”。但是，他沒有接到“欽件”，“何敢停手！”在他一再請求之下，清廷終於在這一年的七月同意他回京師並入內院理事，但必須等到新任江南、江西、河南總督馬國柱到任，方可離開江寧。他們的交接工作大約是拖到順治五年三月進行的。
洪承疇幾次請求回京，除身體勞累成疾和父喪之外，還有一層更為重要的原因，使他感到繼續留在江南，已經不合適了。那就是故明宗室魯王朱以海及手下的一些人，施反間計。由於洪承疇在清統一江南的過程裏起的作用相當大，魯王就想以封洪承疇為國公、封江寧巡撫土國寶為侯的辦法，施反間計。他發下敕書，敕書裏“有為內應，殺巴、張二將，則江南不足定”的話。魯王派間諜謝堯文拿著這個敕書，準備偷偷送給洪承疇和土國寶，同時送去的還有魯王手下黃斌卿寫給洪承疇和土國寶的信。敕書裏的巴、張二將是指清將巴山和張大猷，他二人是清軍駐防江寧的提督。
結果，在順治四年四月，巴、張二人手下的柘林遊擊陳可，抓獲了謝堯文，搜出魯王的敕書和黃斌卿的信。巴山和張大猷將這事上報朝廷，朝廷獎勵巴山、張大猷二人“嚴察亂盟”，同時諭慰洪承疇、土國寶說：“朕益知賊計，真同兒戲，因卿等皆我朝得力大臣，故反間以圖陰陷。朕豈墮此小人之計耶？”
朝廷命巴山和張大猷“與承疇會鞫諜者”。初興的清朝，從多爾袞到滿洲官員，頭腦很清醒，對魯王的反間計，自然不信。他們不但安慰洪承疇、土國寶，而且讓他倆參加審問魯王的間諜罪，以表示對他倆的信任。盡管清朝最高統治者對此事表現得毫不介意，但對洪承疇來說，畢竟內心有些不安。因此，他以病、父喪為理由，更為堅決地要求回京。
一波雖平，一波又起。廣東的僧人函（或亟）可，是故明尚書韓日纘的兒子，出家多年，順治二年春，從廣東來到南京印刷藏經。不久，清軍占領南京，函可久居江寧，想回廣東。因韓日纘是洪承疇的會試房師，於是，函可就去找洪承疇，請他發給通行印牌，以便返回廣東。洪承疇看在過去房師麵上，又想函可是個和尚，沒什麽問題，就給了他通行印牌。
順治四年十月，函可和隨行的僧人金臘等5人一起出江寧城。巴山、張大猷手下的守城人，從函可帶的竹箱裏，查出福王答阮大铖書稿和《變紀》一書，都有反清內容，5人均被扣留審訊，送洪承疇處。巴山、張大猷將這事上報朝廷，洪承疇上疏引咎。吏部奏議，“以承疇徇情於給印牌，應革職”。多爾袞認為洪承疇“奉命江南，勞績可嘉，姑從寬宥”，由順治帝下旨沒有革他的職。
洪承疇在招撫江南各省的這段時間裏，為清朝的統一和安定江南作出了重大的貢獻，效果是顯著的。南明隆武政權的覆滅，以及其他部分抗清勢力的剿平，都表明他招撫政策的成功。江南是抗清勢力最活躍的地區之一，江南的穩定，對鞏固清中央政權的統治有著重要意義。至於清王朝在江寧地區的統治機構和官員設置，也在他的籌劃之下，逐步建立和充實起來。清中央政府通過洪承疇的征集，從江南得到了不少錢糧財富。
這些功績，清最高統治者都十分清楚。盡管在任職後期，洪承疇出點差錯，但同他對清朝的功績來比，是微不足道的，而且有的差錯，是由於工作太多太忙而出現的疏忽。如順治四年九月，由於洪承疇工作疏忽，將清朝工部送江寧織造的誥軸式樣看錯，結果，織出的誥軸，仍是明朝樣式。出現這種疏忽，是由於送誥軸樣式的時候，即順治三年八月，正是江寧“省城內外謀叛，關閉城門，孥審叛黨之時”；同時，從“北京差來章京馮世爵等，調炮車赴湖南”。這些軍事行動對洪承疇來說，已經搞得“手腳忙亂”，自然顧不上誥軸的事。不過，由於他的疏忽，花費3600兩銀子織出的誥軸，全部不能用，還得重織。所以，他上揭帖請求處分，並提出“將職福建原籍產業變價還官，另行造補”的補救辦法。吏部部議應當“削宮保部院職銜”，旨意是免予處分，多用的錢自然也不會讓他變賣家產去抵還。清初當政的多爾袞對洪承疇的功勞還是很肯定的，不會去計較相形之下的小差錯。
無論對清廷還是對當時的中國來說，洪承疇招撫江南的貢獻無疑是重大的。他推行的招撫政策，減少了武力征服，對百姓和社會來說也就減少了戰亂和破壞，這自然有利於百姓和社會的安定和生產力的發展；在催征賦稅的同時，洪承疇根據當地實際情況，注意民間疾苦，多次向朝廷申請減免賦稅，呼籲朝廷救濟重災區。這對處在水深火熱的人民來說，當然是極大的幫助，同時也有助於社會生產力的恢複和發展。
當然，洪承疇受命招撫江南，也鎮壓屠殺許多江南抗清義軍。是時，隆武政權依然控製著福建、兩廣、湖廣，以及安徽、江西等地，擁有數十萬軍隊和義軍。洪承疇首先將進剿的目標指向了金聲所部。金聲為徽州休寧人，原明禦史，唐王（朱聿健）的隆武政權封他為兵部右侍郎兼都察院右都禦史，巡撫徽、寧、池、太等地。金聲募鄉兵十餘萬，以徽寧四塞天險，各山置13營，守以13副將，又以績溪一麵當衝自任守之，再派重兵扼叢山關，多次攻擊清軍。洪承疇命都統葉臣、提督張天祿、總兵卜從善、李仲興、劉澤泳等攻之，連破十餘寨，於順治二年月攻克績溪，收複徽州。金聲被俘後，以勸降不從被殺。
獲悉徽州為清軍攻克，隆武大學士黃道周於十二月率兵前往救援，直取婺源。洪承疇命總兵卜從善、李仲興等出擊，遂“斬殺多賊，生擒逆首”，黃道周亦被俘，以不屈押至江寧殺之。黃道周、金聲等被殺，意味著隆武政權受到重創。所以，是役告捷，洪承疇稱“東南事從此可定”。然而，此時尚有諸支明宗室結成的義軍頻頻出擊。
順治三年正月，故明宗室瑞昌王朱誼泐、總兵朱君召等邀集同謀，合兵2萬進攻江寧，並策動“內應”欲裏應外合。洪承疇得報後，立即先誅內應，然後調集滿漢官兵分力擒剿，既而大敗之。由於瑞昌王朱誼泐逃脫，城內城外仍潛藏諸多謀叛之人，洪承疇下令關閉江寧各城門，親統滿漢官兵大肆搜捕，將“城內逆賊擒獲甚多”。至順治三年末，遂執明宗室瑞昌王朱宜泐、經略韋爾韜、總兵楊三貫等6人，十二月“就軍前正法”，並傳首江南各地以儆叛亂。至順治四年二月，又先後擒獲明宗室抗清者朱誼石、朱常淇、朱常災、朱誼貴、朱由摌等，以及經略、總兵數人，“並請命斬之”，於是，“江南眾郡縣以次定”。
清軍入關後，洪承疇的作用逐漸顯現了出來。尤其是順治皇帝在北京登基，清軍南下之後，抗清鬥爭此起彼此，令新興的清王朝十分頭痛，洪承疇就擔負起了招撫江南，穩固清政權的重任。
多爾袞在山海關之戰中運籌帷幄，擊敗了農民軍，占領了北京城，開啟了清皇朝入主中原的曆史一頁。特別是他占領北京之後，嚴禁搶掠，停止剃發，為明崇禎帝朱由檢發喪，博得了北京士紳的好感，然後迎請順治小皇帝赴京登基，很快穩定了占領區內的形勢。這些功績，在順治元年開國大典上均得到表彰，不僅給他樹碑立傳，還賜他大量金銀牲畜和衣物，並封他為叔父攝政王，確立了他不同於其他任何王公貴族的顯赫地位。
李自成退入山陝之後，原明朝降官降將紛紛反水，但他在順治元年（1644年）六月仍積極準備反攻，坐鎮平陽（今山西臨汾），分兵三路北伐。另一支農民軍在張獻忠率領下已建大西國於成都，統一了全川，而多爾袞對此尚不了解。其他小規模的農民軍則更是活動頻繁，使近畿地區常常飛章告急。除此之外，殘明勢力已於五月中擁戴福王朱由崧為帝，定都於南京，改年號為弘光。
在這種情況下，多爾袞的戰略是：對農民軍的主要力量堅決消滅，其中對地方小股起義、“土賊”則剿撫並用；而對南明政權則是“先禮後兵”。在此方針指導下，多爾袞先後派葉臣、石廷柱、巴哈納、馬國柱、吳惟華等進攻山西，十月攻陷太原，進而包圍陝西。同時，多爾袞派出大量降清的明官對南明君臣招撫，並寫信給南明閣臣史可法，提出“削號歸藩，永綏福祿”。在南明派出左懋第使團來北京談判過程中，他將其軟禁起來，並不給予明確的答複。
此時，清軍已於九月占領山東，十月進據蘇北，與史可法的軍隊沿河相峙。在這種形勢下，多爾袞認為全麵進攻農民軍和南明政權的時機已經成熟，便於十月先後命阿濟格和多鐸率軍出征，向農民軍和南明福王政權發起了戰略總攻。就當時雙方力量對比而言，多爾袞過高地估計了自己的實力。由於他雙管齊下，本來不多的兵力卻分兵作戰，兵分則勢弱，容易被分別吃掉；況且此舉很容易引起漢民族的同仇敵愾，使他們暫釋前嫌，有可能攜手作戰。
就在這年十月，大順農民軍2萬餘人進攻河南懷慶，獲得大勝。敗報傳來，給多爾袞猛然敲了警鍾，他立即令多鐸暫停南下，由山東入河南，與北麵的阿濟格軍對陝西形成前後夾擊之勢。曆史的偶然性再一次救了多爾袞，使他得以在戰略上改變兩個拳頭打人的方針，而集中優勢兵力，各個擊破。很快，多鐸於十二月底破潼關，李自成放棄西安轉移。多爾袞下令由阿濟格追擊農民軍餘部，而多鐸則繼續南下。至順治二年（1645年）二月，農民軍連戰失利，五月十七日，李自成死於湖北通城縣九宮山。這時多鐸軍已克揚州，史可法殉難。接著，清軍渡長江，南京不戰而克，朱由崧被俘，弘光政權滅亡。
人們往往在爭取事業成功的時候小心謹慎，而在取得一定成功時，又會驕傲大意起來。足智多謀的多爾袞，也沒有能避免常人容易犯的錯誤。他竟在順治二年（1645年）六月初，下達了最能引起漢民反感的薙發令。前麵說到，多爾袞入北京後不久，見薙發令遭到百姓反對，造成民情騷動，就下令停止薙發令。多鐸入南京以後，斥責降清文官李喬剃發，並布告百姓有關剃兵不剃民的規定，同多爾袞的停止薙發令是一致的。不過，被勝利衝昏頭腦的多爾袞，忘卻了薙發令在北京城引起的騷亂，就在他接到多鐸定南京的第二天，內院大學士們去見多爾袞，多爾袞就談及薙發一事：
近覽章奏屢以刺頭一事引禮樂製度為言，甚屬不倫。本朝何嚐無禮樂製度，今不遵本朝製度，必欲從明朝製度，是誠何心！若雲身體發膚受之父母，不敢毀傷，猶自有理；若諄諄言禮樂製度，此不通之說。予一向憐愛群臣，聽其自便，不願刺頭者不強，今既紛紛如此說，便該傳旨叫官民盡皆剃頭。
在場的大學士等，包括洪承疇在內，對多爾袞的這番議論並不以為然，但由於他們多係漢人，也不好再說什麽，隻能建議他對此事不要逼得過急。於是，他們向多爾袞勸說：
王上一向恃愛臣民，盡皆感仰，況指日江南混一，還望王一寬容。
不過，多爾袞對大學士們的勸說並未聽進去，幾天以後，六月初五，他派侍衛尼雅達、費揚古帶著皇上的敕書去慰問嘉獎多鐸，同時讓多鐸傳達：
各處文武軍民，盡令薙發，倘有不從，以軍法從事。
10天之後，多爾袞以順治帝的名義諭禮部正式下達薙發令，且限期隻有10天，遲疑者，“必置重罪”。更甚者，他還公然堵塞了言路，不許為此事再進奏章，進者“殺無赦”。二十八日，多爾袞又頒詔河南、江南、江北沒有歸降的地方，要他們從速歸順。詔文說：
傳檄江南各省地方，速令歸附，仍立與限期，近者一月，遠者三月，各取薙發投順遵依文冊匯奏。
這樣，剃發不剃發就成為投降不投降的標誌，各地執行起來層層加碼。有的地方限3日內全部剃發，有的甚至限令1日內就要剃完。有些百姓剃的發式不合滿洲人式樣，也被處死。薙發令下達以後，清兵帶著剃發匠沿街巡視，看到留發的漢人，就攔住強行剃發，稍有反抗，就將他的頭砍下懸掛起來示眾。
本來，多鐸至南京、無錫、蘇州、杭州，都比較順利，沒有引起太大的騷動，甚至一些故明文人還稱讚清軍進入上述地方“秋毫無犯”。但是，多爾袞的一個薙發令，刺激了民族感情，如點火澆油，江南人民紛紛起而反抗。蘇北的弘光政權總漕田仰，打起反剃發的旗幟，率眾起事，殺死清朝通州、如皋、海門的牧令。安徽池州府推官朱盛濃，也起來反對薙發令，“統兵詐稱十萬，結寨石埭縣七裏地方”，攻破青陽，俘虜清任命的知縣吳瑤，殺死典史林紹台；攻下石埭縣，俘獲典史趙雲太。安徽寧國府所轄的宣城南湖地方，百姓聚集起來，不肯剃頭。安徽旌德知縣黃綜，是清朝新委任的，原來縣裏的吏書都去路上迎接他，聽說黃綜來傳達薙發令，中途都逃跑了。地方上的百姓，也不許縣裏的衙役去迎接縣官上任。
湖南人民也起來反抗薙發令，柯正藩聚眾劫掠保安等地方。湖北蘄水縣的劉時習，率眾半夜入城，反抗剃發。江西已降清的原農民軍將領王體中，接到薙發令後，不肯剃發，“傳集兵馬，帶領親丁”，準備起事，投奔南明，後因事情泄露被殺。湖北白雲寨主易道三、王光叔等，聯絡40處，其中還有原明朝兵部尚書張縉彥，這些人原來已經歸順清朝，“近因頭，聚眾複叛”。
西北的陝西、甘肅，也出現了人民反剃發活動，在這些反抗鬥爭中，最劇烈的是江南江陰和嘉定的人民的抗清鬥爭。
江陰是江南的大縣，為長江下遊采石以東的重要門戶，是清軍南下的戰略要地。順治二年（1645年）六月，清軍占領江陰，派降清的新知縣方亨到任。上任時，他還身著紗帽藍袍，未改明朝裝束。二十八日，他推行薙發令，詔令裏還有“留頭不留發，留發不留頭”等語，群情憤怒，要求留發。方亨不允，百姓斥責他說：“你是明朝進士，頭戴紗帽，身穿圓領，來做清朝知縣，羞也不羞？”閏六月初，縣北門少年起鄉兵，四城響應的有上萬人，他們來至縣衙門前，放槍呐喊。方亨見事不妙，急令人關上縣衙大門，他忙寫信給常州太守說，“江陰已反，速下大兵來剿”。這封書信被民眾繳獲，大家更為憤慨，來到縣衙，用手巾套住方亨的脖子，把他拽了出來，然後關入獄中。秀才許用等集合在文廟前，提出“頭可斷，發不可薙！”的口號，四鄉人民紛紛趕來，達到十幾萬人之多。他們公推典史陳明遇為城主，後又請來前任典史閻應元進城，共同領導抗清鬥爭。
閻應元是北通州人，原為明朝江陰典史，清朝入江陰，他攜家出城，住在祝塘。陳明遇知他有膽略、有治才，於六月中旬請他共同抗清，閻應元說：“若等能聽我則可，不然，不能為若主也。”陳明遇等表示可以。徽商程璧，把他的財產17萬兩銀子全拿出來充餉，許多大戶富商都慷慨解囊。清常州知府得知以後，派300兵丁前來鎮壓，行至途中就被江陰的鄉兵消滅了。清朝又派步兵前來，也遭到江陰人民的阻擊，隻得不斷增兵。閻應元、陳明遇有謀略，四門分堡而守，“儀容甚盛，清兵遙望，驚疑為將”。清兵用棺木、牛皮遮體攻城，城內射出磚石、火罐和毒箭，迫使他們撤退。閻應元、陳明遇身先士卒，晝夜不寢，巡視城防。全城百姓都投入戰鬥，盲人幫助拆下公房的磚瓦，供修補城牆用；老弱婦女負責做飯、救護。清軍沒有想到在江陰這樣彈丸之地遇到如此頑強的反抗，久攻不下，多次派人勸降。
多爾袞親自下令招安，豫王多鐸也寫信給閻應元、陳明遇勸降，降將劉良佐策馬至城牆下說降。閻應元堅定地表示：“有降將軍，無降典史”，並令城上火箭齊發，劉良佐慌忙逃回。清朝見勸降不成，又從鬆江等地調集兵力，從南京調來幾十門西洋大炮。江陰人民血戰了81天，終因寡不敵眾，於八月二十一日城破。人民繼續巷戰，陳明遇戰死，閻應元投水被俘，大罵清軍而死。
清軍為攻取江陰，共出動了24萬軍隊，戰死75000多人，當地還傳說死了3個王爺、18個將軍。不管這是不是事實，總之清兵在江陰一地傷亡慘重。為了報複江陰人民的抵抗，清兵入城，下令屠城三日，城內外被殺的達幾十萬，隻有十二三歲的童子不殺，再就是躲在寺廟塔上的一些人幸免，“滿城殺盡，然後封刀”。
距江陰東南200多裏的嘉定城，也爆發了大規模的反剃發鬥爭。清軍始入嘉定，並沒有給嘉定人民帶來較大的不安。自閏六月十二日，薙發令開始在嘉定推行，百姓開始恐懼。第二天，城內外人民紛紛組織義軍，進攻駐在東關的清軍，殺死84人，焚毀40多艘船。清軍偏將梁得勝率殘兵狼狽逃往吳淞。駐在吳淞的清將李成棟聞報，徹夜不敢睡覺，派40多騎奔太倉告急，沒到太倉就遭到義軍截擊。
幾天以後，嘉定人民推舉故明進士黃淳耀、前左通政使侯峒曾領導義軍抗清。他二人原打算不在清朝做官，留在家鄉當遺民。清朝的薙發令激怒了他們，斷然表示斷頭容易，斷發難！清軍來攻城，義軍千方百計防禦，攻城的清兵，很多人被殺死。嘉定人民共同死守了12天。到七月初三，清兵用重炮轟城，城牆坍塌，城內人民把泥裝在大袋裏，用袋堵塞城牆。黃淳耀的弟弟黃淵耀是個文弱書生，也參加守城。他竟然用長木杠起重數百斤的大袋，登上城牆，大家都為他的勇氣驚呆了。
第二天大雨，城上義兵已經露天守衛了3晝夜，兩眼腫爛，遍體淋濕，加之飲食斷絕，個個筋疲力盡。清軍乘機登城，侯峒曾仍在指揮戰鬥，他的兩個兒子忙問他：“事急矣，何以為計？”他回答道：“有死而已，複何言。所恨者枉送一城百姓耳！”
他還沒說完，城已破。侯峒曾歸拜家廟，讓兩個兒子走避，二子都願與父相從，父子三人投河而死。
城破以後，黃淵耀急忙去告訴哥哥黃淳耀，兩人同騎一馬來到城西寺中，隨後兄弟二人懸梁自盡。
清兵入城後屠殺百姓2萬多人，李成棟將掠奪的子女、金帛，用300隻大船運走。20天之後，嘉定人民重振義軍，將清軍趕了出去。但幾天以後，清軍再次攻入嘉定，嘉定人民又遭到一次屠殺。八月中旬，原明朝把總吳之蕃起兵反攻嘉定，結果失敗，嘉定人民遭到清軍第三次屠殺。“嘉定三屠”反映了人民不甘屈服暴力的反抗精神，也反映了清軍南下的殘暴。
江陰人民和嘉定人民的抗清鬥爭，說明清朝民族壓迫政策遭到了強烈反抗。這種反抗絕不隻局限在江陰和嘉定，除前邊所提到的地區外，還有太湖生員陸世鑰起兵，原明職方主事吳易等起兵進攻蘇州，原明朝中書舍人盧象觀（即盧象升的弟弟）率兵攻打南京，原明朝禦史金聲等起兵於安徽績溪。
清朝入關以後，最高統治者多爾袞由於采納洪承疇等漢臣的正確意見，施行較為順民心的政策，因此，統一北方，隻用了短短1年時間。後來，多爾袞由於被勝利衝昏頭腦，不顧內院大學士洪承疇等人的意見，急急下達薙發令，結果漢族人民“為保護他們的頭發和服裝所表現的悲憤和戰鬥勇氣，甚於保護國家和皇帝，他們往往寧願掉腦袋也不願遵從韃靼風俗”。這樣造成清軍南下受到重重阻礙，打亂了原來的統一計劃，致使統一南方，用了整整17年的時間。
17世紀中期，中國的通訊設施還是沿用周朝古老的驛傳製度，由信使和郵卒乘驛馬或郵車，一站站地傳遞文件。因此，薙發令下達以後，各地尤其是江南掀起的巨大動蕩，遠在京師的多爾袞，並沒有直接的感受。相反，在薙發令下達以後的1個月，英親王阿濟格鎮壓李自成農民軍的捷報，才傳到京師。
清廷確切得知李自成、劉宗敏均已被殺，多爾袞認為大局從此已定，尚未歸降的地方，可以不必再動刀兵，隻要派些大臣去招撫就可以了。順治二年（1645年）閏六月初六，多爾袞召見內院大學士，得意地向他們說道：“金陵既已定，其餘諸省即當遣人帶詔招撫。”大學士們回答說：“各省撫按等官親往招諭自己地方，責任定然，處事精詳，百姓既有係屬，草竊無不立解。”
從大學士的回答裏可以看出，他們主張派當地撫按官員親自去招撫，認為這樣可以把事情做得更好些，幾天以後，十二日，多爾袞為招撫的事，召見六部和都察院以及內三院的大臣，對他們說：“方今江南平定，人心歸附，若不乘此開基一統，豈不坐先機會。諸臣各宜同心一力，因時建功，凡屬職業當務，切實恪共底績，毋尚虛名，徒飾浮說……果能矢忠矢公，清廉勤慎，各盡職業，天下自致太平。”
在場的吏部侍郎陳名夏和都察院副都禦史劉漢儒立即表示，應天府、江西、湖廣已經歸順，要盡快派撫按官員去安撫。多爾袞認為，對沒有平定的地方，要先派大臣去招撫，然後再設撫按。劉漢儒建議用能力很強的人去招撫。陳名夏是應天府溧陽人，很有才幹，他毛遂自薦去招撫江南。不過，在召見這些人之前，諸王、內院早已推薦洪承疇擔當此任，多爾袞完全讚成。於是，他就對召見的人說：“我在東邊，隻聞洪軍門是至清的好官，其用兵上陣亦有可觀。鬆山之戰時我就很費心思，親自披甲上陣，現在身體病弱，就是那會兒留下的病根。”
馮銓聽他的話對洪承疇不利，趕忙說：“洪軍門以前有罪，如今到江南去總督軍務，就可以立功贖罪。”
多爾袞認為馮銓誤解了他的話，就接著說：“我亦見他做得來（指去任招撫工作），諸王也薦他好，故令他南去。”
洪承疇聽了多爾袞後邊這句話，忐忑不安的心，才平靜下來。多爾袞講這話，並非出於他和諸王對洪承疇的偏愛。事實是，在此之前，洪承疇已起了招撫原明朝大臣的作用。像明薊鎮總兵唐通，曾與吳三桂等在原明薊遼總督洪承疇手下參加過鬆錦之戰，後來又降過李自成。清軍入關以後，作為洪承疇的舊部，唐通降清自然與洪承疇不無關係。還有明朝花馬池副總兵董學禮，也是洪承疇的舊部，他的降清，也與洪承疇牽線有關。後來董學禮對清初安定陝西，起了相當的作用。
還有弘光政權的四鎮將之一的劉澤清，在弘光帝派使臣至清議和時，他托使臣帶信給吳三桂、洪承疇等，信中仍稱洪承疇明時官稱“洪製軍”，目的顯而易見是拉攏關係，為他的投清留條後路。後來，他果然降清。還有，順治二年五月，多鐸下江南時，沿途歸降的很多。其中，有洪承疇任陝西三邊總督時的舊部，原弘光政權的提督李本深，率眾13萬前來歸降。
歸降以後，李本深即隨多鐸大軍南下，建立戰功。李本深的歸降應同董學禮等一樣，也與洪承疇有關。可以說，洪承疇自隨多爾袞入關以來，就不斷招徠舊部或舊同僚，為清朝贏得一批明將明臣。正是由於他已經在招撫舊部方麵作出了成績，所以多爾袞才會說：“我亦見他做得來，諸王也薦他好，故令他南去。”
閏六月十三日，清朝正式任命洪承疇以原官總督軍務，招撫江南各省地方，多爾袞還賜他衣帽。十四日，清廷為洪承疇鑄了“招撫南方總督軍務大學士”印。七月初三，多爾袞又以順治帝名義賜敕洪承疇，這是臨行前給洪承疇的指示，也是平定江南的具體政策，概括起來主要有以下幾方麵的內容。
首先表示對洪承疇的倚重。江南初定，人心還有疑慮，有些人還在觀望，沒有歸順，所以清廷安撫江南，就要靠洪承疇了。
其次是給他布置去江南的具體使命：一是宣傳清朝德義，興利除害，讓歸附的人民得到一些實惠。遇到關係到國計民生的大利大害，要隨時奏報，請旨興革，官兵如有不法擾民的舉動，要依法處理。二是對尚未歸順的地方，先招降，招降不成，再用兵，對於那些聚眾於山林反抗的，令下麵的撫鎮官盡快消滅。三是對南方歸降的水陸軍隊，挑選精壯的訓練成水軍，以備調用，但不要弘光政權新組織的軍隊。四是對隱居山林的和故明鄉紳中有才德的，要尋訪來錄用，對文武官員中有才幹、有政績、有戰績的，要推薦提升；對奸詐、貪婪、庸懦之輩，要及時奏請罷免。至於在戰爭中，表現不好的，地位又較低的官員，要以軍法從事；地位較高的官，要向朝廷反映。
再次是給他安撫江南的權限：對將來歸附的各省，由他節製；敕文中沒有涉及的事，可由他“便宜”行事。同時，對於官兵的統領，要他同固山額真葉臣及督撫鎮等官，共同調遣。遇有軍事上的大事，可與平南大將軍多羅貝勒勒克德渾商議。
最後，在敕文裏，再一次表明清廷對洪承疇的期望：“德威遐布，南服永清”，不要“有負倚托”。
從敕文內容上，明顯地看出清朝對洪承疇的信任、倚重和期望。不過，洪承疇畢竟是漢族降臣，且地位尚不足以獨當一麵。所以，就在這篇敕文下達的同一天，清廷又命多羅貝勒勒克德渾為平南大將軍，以固山額真葉臣佐之，讓他們代替定國大將軍、和碩豫親王多鐸在江南的位置。多爾袞同時致書多鐸，令他班師回京，一切事務交付勒克德渾、葉臣和洪承疇辦理。
麵對遍及江南各地的抗清浪潮，洪承疇采取了以招撫為主、以剿滅為輔的策略。他認為應“以平賊安民為責任。賊之脅從數多，不招撫必不能平賊”。在江南的招撫，主要利用他在明朝為官時的舊關係。像原明朝兵部尚書張縉彥，原在陝西任知縣六七年，和洪承疇是知交。後洪任兵部尚書，他又是兵科給事中，仍有來往。崇禎十六年（1643年），張縉彥升任兵部尚書時，洪承疇已經降清。李自成進北京以後，張縉彥率百官表賀。清軍入關，李自成退出北京，張縉彥逃回河南新鄉老家。福王在南京即位，他上疏建議“集義勇擒偽官，收複列城”。弘光政權仍授他兵部尚書，並讓他總督河北、山西、河南軍務。
清軍都統葉臣征山西時，軍隊過河北，他到軍門表示願歸順的意思。清朝河北巡撫羅繡錦要他去北京正式入朝，他有些疑懼，稱腳有病遲遲不去，反而渡河南下。羅繡錦聽說他已經接受了南明弘光政權的三省總督職位，就將他在新鄉的家產全部沒收。後來，多鐸率師統一河南，張縉彥躲到六安州（今安徽六安）商麻山中，那裏地處江南（這裏指清朝順治二年設立的江南省）、湖廣、河南三省交界處，地勢險要，他在那裏聯絡堡寨，據險自守。
洪承疇得知後，兩次寫信給張縉彥，信中告訴他：“皇叔父攝政王寬仁厚德，一經投順，必不念既往，大清朝從來不失大信。”
經洪承疇多方開導曉諭，張縉彥解除了疑慮，終於投降了清朝。他親赴江寧，麵見洪承疇歸順，“齎繳總督印，及解散各寨士民冊，承疇疏薦之”。洪承疇為此事向朝廷上報的題本中，說明了張縉彥歸降的作用：
茲縉彥率兩道具揭授誠，雖未報到安慶地方，而懷恩向化，歸附已的。縉彥一投，則三省接界地方四十餘寨，遠近觀感，自可漸次馴服。
清朝河南巡按寧承勳也為此事上奏邀功，並得到回旨，讓張縉彥進京朝見。這更說明張縉彥投順的作用，洪承疇隻用了兩封信，就解決了江南、湖廣、河南三省交界處40餘寨的抗清勢力，避免了清軍與這裏抗清勢力兵戎相見，這自然是他在清朝統一全國、招撫江南中的一大功勞。
還有明朝的總兵高進忠，有軍隊3000多人，戰艦69艘，駐守在崇明（今上海崇明），觀望形勢的發展。洪承疇了解到高進忠的情況，認為應當設法招撫他，既可收複崇明，又能得到一支人馬，尤其是戰艦，對清軍來說更為需要。於是，洪承疇又親自寫信招降，高進忠為他的信所動，投降了清朝。洪承疇向朝廷報告這件事的奏本中說：
進忠今已到江寧……臣等驗係遼東鎮江人，堪稱勇壯，旦解甲投誠，忠順可嘉，己檄行巡撫土國寶、提督吳勝兆，查給錢糧，悉心照管，無令失所，用副聖明安撫江南至意。
此後，崇明的收複以及沿海一帶的安定，都與高進忠的降清分不開，洪承疇招撫江南又得一功。
洪承疇不僅招徠故明的文臣武將，還招徠農民軍將領。順治二年九月下旬，原李自成的澤侯田見秀、義侯張鼐等，在他的招撫政策影響下，“赴省投誠”。洪承疇將此情況上報，清廷“命照恩詔事例免罪錄用”。
洪承疇招撫江南由於運籌得當，很快取得效果。九月底，他向清廷的奏報中說道：
江西南昌、南康（治所今星子縣）、九江、瑞州（治所今高安市）、撫州、饒州（治所今鄱陽縣）、臨江、吉安、廣信、建昌（治所今南城縣）、袁州（治所今宜春市）及江南徽寧等府俱平。
為了使這些地方迅速歸於清朝，他除了充分利用舊關係並做好地方上層包括原明朝官吏和鄉紳地主的爭取工作外，同時也很注意不去傷害百姓，注意安定民心。每到一處，他都發布告示曉諭“朝廷德意”。如，他和葉臣派軍隊進入徽州（今安徽歙縣）後，令軍隊“駐營城外，不令一兵入城，出示安民，市肆如故”。清廷的最高統治者見到洪承疇的疏報，異常欣喜。多爾袞代順治帝寫信給洪承疇說：
得旨覽卿奏，徽郡已經收複，兵不入城，秋毫無擾，具見運籌製勝，紀律嚴明，朕甚嘉悅。有功鎮將及在事文武各官，通著察明敘錄。撫輯善後及招諭事宜，俱聽卿商確便宜行事。
從這道旨文裏，看得出清廷由於他下江南後功績卓著，不僅表揚了他，還更加信任他，給他更大的權限。也就是說，有關招撫的事，可以不必再請示朝廷或勒克德渾，也不必再與葉臣商議，而由他獨自處理。這樣，他招降明朝官員和農民軍將領的活動就更加積極主動了。
這年十一月底，他一次向朝廷舉薦“故明南京翰林卿寺科道部屬等官黃義煥等一百四十九員，堪備任用”。他還具體地向朝廷建議這些人各適合擔任何種職務。這些足見洪承疇為清朝竭盡心力考慮得多麽周全，也看出他希望這些人在新王朝裏能夠做到人盡其才。洪承疇這樣做，不但使江南許多地區迅速平靜下來，而且為清廷招徠了大批人才。他作為一個故明降臣，如此熱衷招降明朝故舊，並加以錄用，是由於清朝中央對他的信任和他對清王朝的忠誠。
清廷令洪承疇招撫江南的任務，除總督軍務之外，還要“兼理糧餉”，也就是說軍隊、政府的開銷以及清政府的糧餉來源的一大部分，也要由他來籌理。這些開銷的主要來源就是征收賦稅。江南是富饒的地區，自唐宋以來，就成為曆代政府稅收來源的主要基地。清朝滅掉弘光政權以後，清統治者認為：“從此財貨、賢能皆為我有，而一統之大業成矣！”清廷交給洪承疇的這副擔子，並不比總督軍務輕。正由於如此，洪承疇到江南以後，令地方各級官吏盡力“催征錢糧”。
據他本人於順治四年底給朝廷的揭帖上統計，從順治二年十一月至順治四年十二月，由他經手，江南解北錢糧，“計先後起解十八次，共銀七十三萬七千三十兩九錢”，湖廣、江西各地的餉銀還不在內。洪承疇對起解餉銀十分重視，“每解一次，職會操江院臣陳錦，俱差有官舍同行管解、應用夫馬及官役廩糧，並沿途護送官兵。”同時發給牌文等。由此可知，洪承疇招撫江南，不僅使清初在江南的統治得以迅速穩固，而且使清王朝的財政收入得以充實，從而為清政權的鞏固立下了不朽的功績。
洪承疇在江南任職期間，如上所述勤勤懇懇、兢兢業業，他所管轄的地域很廣，除江南省本身以外，還需策應江南各省；所管的方麵很多，除軍事調動、策應外，還要負責經濟上的賦稅征收、解運，軍隊和地方的糧餉支出，地方行政事務及招撫降臣等。在江南形勢動蕩、連年戰亂的情況下，他的擔子是極其沉重的，很多複雜而棘手的問題，很多迫在眉睫必須當機立斷的問題，都需要他“無不竭盡心力”地去解決。正像他自己所說的，在江南期間，他是“晝夜冰兢，不敢頃刻自逸”。不僅白天公務繁忙，晚上還要秉燭理事到五更天，天天如此。
在他任職1年以後，順治三年七月，與他同赴江南的平南大將軍勒克德渾班師回京的第二天，洪承疇也疏請回京。清廷以江南尚未大定，沒有同意，並賜給他妻子銀100兩、貂皮200張，對他進行撫慰，讓他繼續在江南任職。剛去一年，洪承疇為什麽就請求回京？看來，一方麵是由於工作繁多，過度辛勞；更重要的另一方麵恐怕還是由於他是漢臣，工作比較難做。不過，無論他怎樣想，他也隻能按清廷的命令繼續幹下去。
到這年年底，洪承疇又上疏請求回京，原因是由於過度勞累，在這一年的十一月二十九日，當他走進公署時，忽然一隻眼睛看不清楚了，如他在上書中所說：“右目如有蒙蔽，及至衙門辦事，右目瞳子已有內翳，若自掩左目，則右目徑不能見字，數步之內，不能辨人物，必開左目，然後能見字。”
按他所說的病情，應當是患了白內障，這病自然不是三兩天就能好的，何況當時的醫療條件很差，從十二月一日起，他不能再進公署辦事，每天隻好在私宅理事。他原想請醫生調理幾天就會好的，沒想到十幾天以後仍然不好。
在私宅理事，接見官員有很多不便，早晚也不能再秉燭看文件。他擔心這樣下去，左眼的負擔太重，會導致雙目失明，為此他再次上疏，將他的病情如實上報，希望朝廷能理解他目前的困難。
接著，他要求能把福建家屬接到江寧來。這個要求很快得到回音，同意他的請求。然而，他還沒來得及派人到福建接家屬，他的弟弟、兒子和老家人陳應安，已於順治四年（1647年）二月二十日從福建泉州老家趕到江寧，向他報告，其父洪啟熙已於去年九月病逝。洪啟熙多年生病，明末洪承疇忙於軍務，不能照料父親；降清以後，老家尚在明朝統治之下，他也無從回家鄉探望。待洪承疇到了江南，公務更忙；後來清軍進入福建，但福建還很不安定，他和家裏書信往來時通時斷。受儒家禮教訓導成人的洪承疇，聞說父親去世，自然會感到自己不孝。因此，他向朝廷請求讓他“回京守製，終喪三年”，以“稍盡子道”。這個揭帖去後，仍然沒有得到允許。於是在這年四月，洪承疇再次為父喪和眼病上揭帖，要求允許他回京守製。
由於父親病死的消息傳來，洪承疇病了一場，眼病加劇。但就是在這種身體條件下，他仍然是“一有傳奉聖旨，則頃刻不可停留；一遇各省剿撫、兵食，則遠近不可稽遲”。勞累的結果使他不但右眼“咫尺之內，不能見一人，辨一物”，而且左眼“益覺昏花”。但是，他沒有接到“欽件”，“何敢停手！”在他一再請求之下，清廷終於在這一年的七月同意他回京師並入內院理事，但必須等到新任江南、江西、河南總督馬國柱到任，方可離開江寧。他們的交接工作大約是拖到順治五年三月進行的。
洪承疇幾次請求回京，除身體勞累成疾和父喪之外，還有一層更為重要的原因，使他感到繼續留在江南，已經不合適了。那就是故明宗室魯王朱以海及手下的一些人，施反間計。由於洪承疇在清統一江南的過程裏起的作用相當大，魯王就想以封洪承疇為國公、封江寧巡撫土國寶為侯的辦法，施反間計。他發下敕書，敕書裏“有為內應，殺巴、張二將，則江南不足定”的話。魯王派間諜謝堯文拿著這個敕書，準備偷偷送給洪承疇和土國寶，同時送去的還有魯王手下黃斌卿寫給洪承疇和土國寶的信。敕書裏的巴、張二將是指清將巴山和張大猷，他二人是清軍駐防江寧的提督。
結果，在順治四年四月，巴、張二人手下的柘林遊擊陳可，抓獲了謝堯文，搜出魯王的敕書和黃斌卿的信。巴山和張大猷將這事上報朝廷，朝廷獎勵巴山、張大猷二人“嚴察亂盟”，同時諭慰洪承疇、土國寶說：“朕益知賊計，真同兒戲，因卿等皆我朝得力大臣，故反間以圖陰陷。朕豈墮此小人之計耶？”
朝廷命巴山和張大猷“與承疇會鞫諜者”。初興的清朝，從多爾袞到滿洲官員，頭腦很清醒，對魯王的反間計，自然不信。他們不但安慰洪承疇、土國寶，而且讓他倆參加審問魯王的間諜罪，以表示對他倆的信任。盡管清朝最高統治者對此事表現得毫不介意，但對洪承疇來說，畢竟內心有些不安。因此，他以病、父喪為理由，更為堅決地要求回京。
一波雖平，一波又起。廣東的僧人函（或亟）可，是故明尚書韓日纘的兒子，出家多年，順治二年春，從廣東來到南京印刷藏經。不久，清軍占領南京，函可久居江寧，想回廣東。因韓日纘是洪承疇的會試房師，於是，函可就去找洪承疇，請他發給通行印牌，以便返回廣東。洪承疇看在過去房師麵上，又想函可是個和尚，沒什麽問題，就給了他通行印牌。
順治四年十月，函可和隨行的僧人金臘等5人一起出江寧城。巴山、張大猷手下的守城人，從函可帶的竹箱裏，查出福王答阮大铖書稿和《變紀》一書，都有反清內容，5人均被扣留審訊，送洪承疇處。巴山、張大猷將這事上報朝廷，洪承疇上疏引咎。吏部奏議，“以承疇徇情於給印牌，應革職”。多爾袞認為洪承疇“奉命江南，勞績可嘉，姑從寬宥”，由順治帝下旨沒有革他的職。
洪承疇在招撫江南各省的這段時間裏，為清朝的統一和安定江南作出了重大的貢獻，效果是顯著的。南明隆武政權的覆滅，以及其他部分抗清勢力的剿平，都表明他招撫政策的成功。江南是抗清勢力最活躍的地區之一，江南的穩定，對鞏固清中央政權的統治有著重要意義。至於清王朝在江寧地區的統治機構和官員設置，也在他的籌劃之下，逐步建立和充實起來。清中央政府通過洪承疇的征集，從江南得到了不少錢糧財富。
這些功績，清最高統治者都十分清楚。盡管在任職後期，洪承疇出點差錯，但同他對清朝的功績來比，是微不足道的，而且有的差錯，是由於工作太多太忙而出現的疏忽。如順治四年九月，由於洪承疇工作疏忽，將清朝工部送江寧織造的誥軸式樣看錯，結果，織出的誥軸，仍是明朝樣式。出現這種疏忽，是由於送誥軸樣式的時候，即順治三年八月，正是江寧“省城內外謀叛，關閉城門，孥審叛黨之時”；同時，從“北京差來章京馮世爵等，調炮車赴湖南”。這些軍事行動對洪承疇來說，已經搞得“手腳忙亂”，自然顧不上誥軸的事。不過，由於他的疏忽，花費3600兩銀子織出的誥軸，全部不能用，還得重織。所以，他上揭帖請求處分，並提出“將職福建原籍產業變價還官，另行造補”的補救辦法。吏部部議應當“削宮保部院職銜”，旨意是免予處分，多用的錢自然也不會讓他變賣家產去抵還。清初當政的多爾袞對洪承疇的功勞還是很肯定的，不會去計較相形之下的小差錯。
無論對清廷還是對當時的中國來說，洪承疇招撫江南的貢獻無疑是重大的。他推行的招撫政策，減少了武力征服，對百姓和社會來說也就減少了戰亂和破壞，這自然有利於百姓和社會的安定和生產力的發展；在催征賦稅的同時，洪承疇根據當地實際情況，注意民間疾苦，多次向朝廷申請減免賦稅，呼籲朝廷救濟重災區。這對處在水深火熱的人民來說，當然是極大的幫助，同時也有助於社會生產力的恢複和發展。
當然，洪承疇受命招撫江南，也鎮壓屠殺許多江南抗清義軍。是時，隆武政權依然控製著福建、兩廣、湖廣，以及安徽、江西等地，擁有數十萬軍隊和義軍。洪承疇首先將進剿的目標指向了金聲所部。金聲為徽州休寧人，原明禦史，唐王（朱聿健）的隆武政權封他為兵部右侍郎兼都察院右都禦史，巡撫徽、寧、池、太等地。金聲募鄉兵十餘萬，以徽寧四塞天險，各山置13營，守以13副將，又以績溪一麵當衝自任守之，再派重兵扼叢山關，多次攻擊清軍。洪承疇命都統葉臣、提督張天祿、總兵卜從善、李仲興、劉澤泳等攻之，連破十餘寨，於順治二年月攻克績溪，收複徽州。金聲被俘後，以勸降不從被殺。
獲悉徽州為清軍攻克，隆武大學士黃道周於十二月率兵前往救援，直取婺源。洪承疇命總兵卜從善、李仲興等出擊，遂“斬殺多賊，生擒逆首”，黃道周亦被俘，以不屈押至江寧殺之。黃道周、金聲等被殺，意味著隆武政權受到重創。所以，是役告捷，洪承疇稱“東南事從此可定”。然而，此時尚有諸支明宗室結成的義軍頻頻出擊。
順治三年正月，故明宗室瑞昌王朱誼泐、總兵朱君召等邀集同謀，合兵2萬進攻江寧，並策動“內應”欲裏應外合。洪承疇得報後，立即先誅內應，然後調集滿漢官兵分力擒剿，既而大敗之。由於瑞昌王朱誼泐逃脫，城內城外仍潛藏諸多謀叛之人，洪承疇下令關閉江寧各城門，親統滿漢官兵大肆搜捕，將“城內逆賊擒獲甚多”。至順治三年末，遂執明宗室瑞昌王朱宜泐、經略韋爾韜、總兵楊三貫等6人，十二月“就軍前正法”，並傳首江南各地以儆叛亂。至順治四年二月，又先後擒獲明宗室抗清者朱誼石、朱常淇、朱常災、朱誼貴、朱由摌等，以及經略、總兵數人，“並請命斬之”，於是，“江南眾郡縣以次定”。
