在印度河文明消失之後的漫長曆史歲月中,由中亞侵入印巴次大陸的雅利安人,一直都是印度河與恒河流域廣大地區的當然主人,所以近代的英國學者最早提出,是雅利安人從西北山口入侵後,導致了印度河城市的逐一毀滅。
這種觀點的一個典型例證,就是在摩亨佐・達羅城內的一個居址中,發現了13具男女老幼的屍骨,上麵都有被刃器傷殘過的痕跡,這種暴力事件的發生,很可能就是由於雅利安人攻打摩亨佐・達羅時留下的暴行記錄。學者同時還引述雅利安人的古老詩篇《梨俱吠陀》,其中提到雷神因陀羅用水淹沒城市,火神阿耆尼燒毀城市,來作為雅利安人是經過慘烈的攻城掠地才成為次大陸主人的旁證。
對此種觀點提出異議的人則認為,雖然在公元前1500年以前,就有中亞和西亞各地的移民陸續遷入印巴次大陸,但他們都溶入了印度河文明的整體而成為其中的一分子,當整個印度河流域的哈拉巴文化衰亡之後,雅利安遊牧民族的大舉入侵才成為事實。也就是說,雅利安白種人攻掠的城鎮,不過是印度河衰敗城市的殘餘。
有考古證據表明,印度河文明的大城鎮,在湮滅之前,並未發生過普遍的武力衝突現象,雖然在一些遺址,如哈拉巴和摩亨佐・達羅發現過青銅斧、矛、彎刀等武器,但都為數極少,它們僅能說明當時是存在過一些為上層階級服務的武士,這些衛隊並不足以應付大規模的戰爭。
還有證據表明,印度河城市的衰敗是漸變的過程。印度河流域傳統的各種地方文化類型,大約從公元前2600年到公元前1900年,逐漸融合成了一個獨特的文化係統,就是人們常稱的“哈拉巴文化”,它在彩陶、裝飾品和宗教物品以及文字符號係統等特征上,都具有以城市為中心的文化統一性,這標誌著這一時期印度河城市文明已達到了它的全盛期。此後,印度河城市便進入了政治和經濟衰落的時代,與哈拉巴等大城市衰敗形成鮮明對比的是,從印度河傳統的地區,並延伸到恒河的一些地區,興起了一些新的城邦,在文化上後者也顯現了一些新的地方色彩,而這些城邦的崛起,都是發生在雅利安人的大舉入侵之前。
近年來,考古學家和體質人類學家又對印巴次大陸北部、以及中亞地區遺址、墓葬出土的先民遺骨作了研究分析,也認為在公元前1700年以前,上述地區並沒有大量新移民入居的證據,而這些地區,也正是後來雅利安人席卷而入的必經之路。
印度河城市的衰亡既然是與白種雅利安人的攻掠無關,這就使人們又想到了一個有關洪水毀滅世界的傳說。