在與日軍的鬥爭中,馬本齋表現了卓越的軍事指揮才能。1941年夏青紗帳期間,回民支隊給了日軍山本聯隊以沉重打擊。山本妄圖以“高官厚祿”動搖馬本齋抗日救國的決心。馬本齋則針鋒相對地放話出去:“八路軍的政策是不殺俘虜,山本隻要放下武器,繳械投降,保證留他一條命。”叛徒哈少符向山本獻計:馬本齋是有名的孝子,隻要把馬母抓起來,馬本齋會不戰自降。馬母被捕後,山本親自誘勸馬母:“你要寫信叫馬本齋來河間談判,要什麽條件都可以答複。”馬母痛斥山本說:“講條件,就是讓本齋不要管我,好好帶著回民支隊打你們這群強盜。”馬母堅貞不屈,至死不寫勸降信。馬本齋雖是有名的孝子,但更是立誌為中華的解放戰鬥到底的共產黨員。馬母在進行絕食鬥爭之後,英勇殉國了。
馬本齋憤怒揮筆:“偉大母親雖死猶生,兒承母誌,繼續鬥爭!”“祖國就是我的家,黨就是我的母親,為了他們,我決心獻出我的一切!”
1937年底,日本人在北平成立了回教總會,在回民聚居村鎮成立回教分會或支會。他們利用回民的宗教信仰進行挑撥離間。支隊裏有的同誌,說出漢族欺壓回族的糊塗話來。對此,馬本齋說出一段樸素而深刻的話語,“'七·七'事變後,是誰燒毀我清真寺,殺我阿訇?是漢奸、回奸、特務,而不是漢族。是誰在領導我們抗日救國?是毛主席、朱總司令。毛主席、朱總司令是漢族而不是回族。絕大多數漢族人民和絕大多數回族人民是階級兄弟。我們是革命戰士,不要當敵人的義務宣傳員。”
在馬本齋的主張下,回民支隊聘請了阿訇(我國伊斯蘭教稱主持清真寺教務和講授經典的人),負責屠宰牛羊和安葬陣亡戰士的事,允許回族戰士到清真寺做禮拜,過回族的節日。許多回族青年還自動投奔到回民支隊來。