1939年11月1日,以周佛海為首的汪方代表開始與日方代表舉行秘密談判。汪方要求談判以近衛聲明、上海重光堂協議和東京談判的3個文件為基礎,表示很難接受上述3個文件中所沒有的東西,而日方則態度強硬,堅持《要綱》的方針。由於雙方一度爭執不下,隻好中途休會。12月雙方的談判再開,日方同意在協議書上附加一份《絕密諒解事項》,其中加入汪精衛的一些要求。
日方的讓步之一是把日本在華駐軍分為防共和治安兩類,前者駐軍的區域規定為蒙疆,以及正太鐵路以北的晉、冀北部及膠濟鐵路沿線地區,後者的治安駐軍則另行協定,其餘地區的日軍在和平恢複後兩年內撤退完畢,但並沒有說明什麽時候才算恢複和平。
雖然日方的讓步很有限,汪精衛最後還是接受了日方的條件成立中央政府。這是因為與以前國民黨副總裁的身分相比,現在汪精衛的身價已跌為一個被政府通緝之人,不再有太多討價還價的資本了。
1939年12月30日,周佛海代表中方在協議草案上簽字,周佛海辯解道:“弱國無外交,現在我們暫時失去了某些主權,一旦新政權建立後,經過和平建設,國勢日盛,到那時我們再與日方交涉來廢除有關的條約和協定也不是不可能。”
1940年3月20日,新政府在南京宣布成立。南京市民們看到以前的國旗又飄揚在街頭心裏確有幾分高興,但看到國旗下的黃色三角巾心裏又有幾分酸楚。
1940年4月26日,新政府在南京舉行“還都”儀式。此時日本的阿部信行內閣已經倒台,1940年1月16日成立了米內光政內閣。前首相阿部信行作為特使,和日本眾議院議長、貴族院議長、以及日軍總參謀長等要人出席了還都儀式。儀式在國民政府大禮堂舉行,裏麵擠滿了文武官員和前來祝賀的市民,文官身穿中式禮服,武官身穿軍裝,但大家的臉上都沒有表現出還都的興奮。大禮堂裏人頭攢動,卻是一片肅靜,偶爾還傳來低聲的歎息聲甚至哭泣聲。
汪精衛的中央政權建立半年後,在以前密約的基礎上又進行了一次談判,簽訂了公開的《華日基本條約》。1940年11月30日在南京舉行《華日基本條約》簽字儀式,汪精衛以行政院長的身份出席簽字。汪精衛身穿禮服站在禮堂的石階前,此時汪精衛的臉上重新浮現出一絲微笑,走下台階迎接阿部特使。
汪精衛政府成立後首先進行的就是誘招重慶政府的軍政要人加入他們的“曲線救國”行列。這個誘招行動雖然沒有很大的成果,但也並非一事無成。到1943年8月,投奔汪精衛的重慶政府官員有國民黨中央委員20人,高級將領58人,軍隊50餘萬,這些人都是不滿蔣介石的政客和被蔣介石排擠的地方雜軍。但1943年8月日本在太平洋戰場失利之後,就無人再來投奔汪精衛政府了。
其次汪精衛深感以前沒有自己軍隊的苦惱,決心組建一隻自己的軍隊。汪精衛效法孫中山辦軍校的方法,主辦起“中央軍政幹部訓練團”,由中央軍委直接領導,汪精衛親自兼任團長,陳公博兼任教育長,周佛海兼教務長。訓練團的對象是收編的投奔他們的地方雜軍,訓練以3個月為一期,自上而下,一直訓練到排長為止。汪精衛的國民政府最多時曾有軍隊百餘萬,但在短短的一兩年時間裏汪精衛還得不到軍隊的絕對效忠,1943年日本顯出敗色後,許多投奔汪精衛的軍隊又轉投蔣介石。再加上來自日本方麵的壓力,這一切都導致了這個計劃收效甚微。
然而,汪精衛成立政府後比較成功的一件事就是“清鄉”。所謂“清鄉”就是清除國民黨殘軍、共產黨新四軍在鄉村中的勢力,建立起汪精衛政府統治的末端機構。經過1年多的時間,完成了江蘇、浙江、安徽3省的清鄉工作。
此後,汪精衛利用太平洋戰爭大大改善了南京政府的地位,但如果日本戰敗,汪精衛的努力將一切付之東流。1943年以後,日本已露敗跡,南京政府的官員也感到憂心忡忡,一旦日本敗戰,他們的出路在哪裏?周佛海等不少高官開始暗地裏和重慶方麵取得聯係,為自己準備一條退路。
汪精衛與日本陸軍大臣東條英機在一起。而此時汪精衛的健康開始惡化。1935年11月1日,汪在參加完國民黨四屆六中全會到中央政治會議廳門前合影時,被愛國誌士孫鳳嗚刺殺,但三槍終未擊中要害,但有一顆子彈留在背部未取出,造成的隱患,使汪精衛經常感到背部、胸部及兩肋的劇烈疼痛。1943年11月,日本在東京召開大東亞會議,汪精衛參加這次會議,並會見了首相東條英機。工作談完之後,汪精衛向東條英機提出一個請求,他想請東條英機派幾名醫生去南京,為自己取出留在後背上的那顆子彈。
東條英機答應了汪的請求,派出了黑川利雄一行,帶著醫療器械,來到南京。
經過一番細致檢查,黑川利雄告訴汪,後背的那顆子彈已傷至骨頭,但並沒有什麽大的障礙,還是不取為好。
汪精衛仍不放心,子彈留在體內,他總覺得是一個威脅。沒過多久,汪精衛跑到南京日本陸軍醫院,堅持要醫生取出子彈。日本駐南京陸軍醫院的後勤部隊長、中將醫師鈴木小榮於1943年12月親自操刀,替汪取出了那顆子彈。
可能是手術傷及了中樞神經,術後,汪精衛的雙腿變得不聽使喚,一時大小便失禁,病情惡化,任何藥物均不起作用。1944年元旦以後,汪精衛已不能從床上坐起。1944年3月3日,汪精衛在陳璧君及其子女的陪同下,乘專機去日本就醫。
汪精衛飛抵日本後,住進了名古屋帝國大學醫院的特別病房裏。汪精衛的住房除了極少數高級醫務人員知道外,其他人員毫不知情。3月4日,名古屋帝國大學附屬醫院組織黑川利雄、齋藤真等8名教授對汪精衛進行會診,再一次確診為因子彈頭在體內過久,誘發成為多發性骨髓腫,第4至第7胸椎骨的腫脹已由背部向前胸擴散,嚴重壓迫脊髓神經。