在德國空軍集中兵力摧毀華沙市內供水係統和發電站的同時,第3、第10集團軍也連續對該市進行了炮轟。德軍企圖利用偵察部隊找出波軍防禦的弱點,然後進行進攻。而波蘭軍隊在前羅茲集團軍指揮官羅梅爾將軍的指揮下,堅持英勇反擊,致使德軍幾乎無法前進一步。華沙城裏的波軍彈藥充足,市內被毀壞的地方成了很好的炮兵防禦陣地。在這裏,防禦部隊不僅包括常規軍隊的士兵,而且也有一支士氣高昂的國民自衛隊。
9月22日,希特勒來到第3集團軍的司令部,視察了部署在華沙東部郊區普拉加的炮兵部隊。盡管希特勒因德軍遲遲不能摧毀華沙而大為惱火,但他同時又反對從維斯拉河東岸進攻華沙,以免激怒蘇聯軍隊。希特勒之所以做這樣的決定,除了因為有可能帶來德軍的重大人員傷亡之外,還因為根據《蘇德互不侵犯條約》的條款:這一地區應該屬於蘇聯的管轄範圍。鑒於這些原因,德軍批準了一項進攻華沙西部地區的決定。這一決定將把大量的華沙市民趕到波蘭東部去,從而使其成為蘇聯武裝部隊不得不麵對的一個包袱。
進攻華沙的任務落到了剛消滅完庫特諾口袋地區波軍的第8集團軍肩上。為部署這一進攻,德軍首先要保證任何人都無法突出重圍,這樣波軍對食品的需求就會增加,而時間一長,食物供給顯然會變得緊缺。同時,德國空軍繼續轟炸華沙的自來水過濾站和抽水站,毀壞市內的正常供水係統。
9月27日,德軍攻陷華沙。這樣一來,華沙的居民們就不得不直接飲用維斯拉河中的水。他們可能很快就會染上傷寒或腸胃病。德軍還切斷了華沙大部分發電站的電源,並燒毀了該市的麵粉加工廠。對華沙的居民和守軍來說,饑餓馬上就要降臨到他們頭上。
在德國第3集團軍從北麵轟炸華沙的同時,9月26日上午,第8集團軍也開始對華沙發起了進攻。德國步兵衝破外圍防線,開始取得進展。經過一天的激烈攻勢之後,波蘭軍隊要求停火休戰,但這一要求遭到了德軍的拒絕,因為他們要求駐守華沙的波軍無條件投降。對羅梅爾將軍和他的參謀們來說,敗局已不可扭轉,為了保護平民不受到更大的生命威脅,他們被迫接受了德軍的條件。9月27日下午2點,駐守在華沙的14萬名波軍開始放下武器,舉手投降。勃拉斯科維茲將軍把攻占華沙一役的勝利歸功於該市的防禦者們,因為當時他們就要撤離華沙了。
華沙敗降後,駐守在華沙北部的莫德林軍團仍在頑強抵抗。德國將進攻華沙時用的大炮重新布置來對付莫德林防衛部隊。9月27日,德軍發動了一場滲透到波蘭外部防線的全麵進攻。由於莫德林駐軍嚴重缺水,食品儲備也越來越少,因此駐軍指揮官湯米將軍於9月28日(即華沙投降的第二天)要求休戰。
此後,除了少數幾支分散的小規模部隊仍在波蘭的密林叢中進行遊擊戰以外,唯一堅持抵抗的地方就是波羅的海沿岸了,在這裏還駐紮著幾支擁有防禦基地的波蘭軍隊。盡管有關南方波軍被摧毀的壞消息頻頻向他們傳來,但波羅的海沿岸的波蘭軍隊卻仍然極為頑強地戰鬥著。雖然軍隊指揮官戴貝克上校成功地把大部分駐軍撤離到在奧克斯伏特的新據點,但9月14日,德軍還是奪取了波羅的海的主要港口格丁尼亞。9月16日和門日,德國空軍發動了猛烈進攻,緊接著9月18日到19日,德軍又發起主攻。經過這場打擊,波軍被徹底擊垮了。在此次戰鬥中,戴貝克上校自殺殉國。
在9月29日德軍發起最後一次地麵進攻之前,守衛在海勒半島的一小塊延伸到但澤灣的陸地的波蘭駐軍就遭受了來自德國陸、海、空三軍的打擊和轟炸。但直到10月1日。駐守在那裏的海軍少將安魯格才接受了德軍的投降要求,波軍被迫沿半島撤退。
海勒守軍投降後,除了10月份的第一個星期內還有幾場小的戰鬥以外,1939年德國對波蘭的戰爭就已經全麵結束了。
經過36天的激烈戰鬥,波蘭軍隊作為一個軍事作戰部隊已完全被摧毀而不複存在了。戰爭中,波軍死亡人數總數為6.63人,受傷人數13萬人,德軍聲稱俘獲了近70萬名波蘭軍人,但後來有人認為這個數字過高,他們認為德軍很可能總共俘虜了大約40萬名波蘭軍人,也許還有20萬名波軍被蘇聯俘虜後囚禁起來,很多人死在了那裏,但也有一些人經由中東成功地逃脫出來了(此後,他們與英軍並肩作戰)。1939年9月,大約有10萬名波蘭軍人逃出了德國和蘇聯的軍事網絡,逃到匈牙利、羅馬尼亞和立陶宛。
根據德國官方修改後的數字顯示,在這場戰役中,德軍共有1.06人喪生,3萬人受傷和3400人失蹤。整個9月份,共有217輛德軍坦克被摧毀,戰爭損耗更是進一步降低了這些機械化師的戰鬥力。9月底,被迫向東普魯士撤退的第19軍團曾有一段時間因為檢修包括坦克車、裝甲汽車和卡車在內的破損車輛而完全不能行動。德國空軍被損毀了285架飛機,其中有279架飛機根本不能修理而完全報廢(波軍在戰鬥中損失了284架飛機,由於其他原因損失了149架)。
在18世紀末期,波蘭曾被普魯土、奧地利和俄國3次瓜分,1939年,波蘭又經曆了第4次瓜分。為了最後敲定瓜分的細節問題,裏賓特洛甫親自飛往莫斯科,於9月28日簽訂了《蘇德邊界友好條約》在這一條約中,德國同意將立陶宛劃到蘇聯的勢力範圍之內,同時作為補償,德國將其控製的波蘭領土繼續向東延伸到布格河一線。盡管德國想獲取波蘭的產油區,但斯大林拒絕交出包括利沃夫和德赫貝卡、博爾斯勞產油區在內的散河以東領土。總的來說,蘇、德雙方對這一新條約還是相當滿意的,但斯大林絲毫沒有放慢要對波羅的海沿岸國家行使“權力”的步伐。這些國家麵臨著接受蘇聯控製的巨大壓力。1940年8月波羅的海沿岸國家正式並入蘇聯之前,斯大林已把目標轉向芬蘭,要求割讓蘇芬邊界的領土。由於芬蘭拒絕了蘇聯的領土要求,1939年11月30日,蘇芬戰爭爆發。盡管在戰爭的初期蘇聯紅軍損失慘重但在芬蘭高級軍官的妥協下,芬軍於1940年3月被迫停戰求和。