朱元璋建立明朝後,全國各地的農民起義此起彼伏,不斷發生。尤其是明朝的中後期,政治腐敗,宦官擅權,土地集中,各族人民所受壓迫加重。明統治者還不斷派兵對西南和其他少數民族地區征討清剿,至使農民起義風起雲湧,苗民的反抗鬥爭更加頻繁,規模也越來越大。據記載,自宣德五年(1430 年)至崇禎十七年(1644 年)間的 200 餘年間,僅大規模的苗民起義竟達三百餘起,覆蓋湖南西南地區各縣和相鄰的貴州省大部分地區。
苗族人民不屈不撓的反抗鬥爭,使明朝統治者大為震驚。明統治者除調集官兵剿殺外,還積極構建軍事防禦體係。宣德年間,都督肖授築灣溪等二十四堡,“留官兵七千八百有奇”“環其地守之”,對處在湖貴川三省交界地區中心而屢屢發生苗民起義的臘爾山“生苗”區開始形成圈圍之勢。至嘉靖年間,總督張嶽在鎮壓臘爾山苗民起義後,又“疏罷灣溪等堡,更設哨所凡十三”,圍繞臘爾山苗區邊沿,由西而東而北築建,構成了對臘爾山地區的一個弧形防線。萬曆四十三年(1615 年),湖廣參政蔡複一“親曆邊疆,度其險阻,力陳營哨羅布,苗路崎嶇,難以遏其窺覷,請金四萬有奇,築沿邊土牆。上自銅仁,下至保靖,迤山亙水,凡三百裏”,蔡複一築的“沿邊土牆”是在肖授的“二十四堡”和張嶽的“凡十有三”哨所的基礎上築建的,這就是史稱的苗疆邊牆,以邊牆為界,劃分“生苗”和“熟苗”,“邊牆”之外的苗民稱為“生苗”,之內的苗民稱為“熟苗”。
崇禎十七年,滿族貴族奪取農民起義果實,建立清王朝時,“邊牆”大部分已被苗民摧毀。清康熙中葉以後,隨著封建地主統治的發展和大批漢人官兵的湧入,苗族地區的土地兼並和階級分化加劇,民族矛盾和階級矛盾空前激化。改土歸流後的一百多年間,小規模的苗民起義不斷發生,還連續發生了雍乾、乾嘉、鹹同三次苗民大起義。連續不斷的苗民起義,給清統治勢力以重創。乾嘉起義後,清朝統治者在湘西苗族地區實行了一套“防苗”“安邊”政策,建立較完備的所謂“苗防屯政”體製,鳳凰廳同知傅鼐具體提出“修邊”措施。嘉慶二年(1797 年),傅鼐與鎮竿鎮總兵富誌那在鳳凰境內沿明邊牆陳跡修築石質“邊牆”、碉堡、哨卡並延至乾州、永綏、保靖、古文坪諸廳縣,完成了“苗疆邊牆”以石質為主的修複工程,就是今天我們說的“南方長城”。
苗疆邊牆西南起自鳳凰縣亭子關,東北向貫穿鳳凰,過乾州延至保靖縣喜鵲營(現屬吉首市),逶迤三百八十餘裏。這一神秘的建築遺存群,是明清封建統治者對以臘爾山苗區為中心的大片“生苗”區實施軍事封鎖的隔離政策的產物。