抗戰8年,周祖訓在內鄉縣師崗鎮信陽師範學校將近7載。1945年2月寒假開始,當時的省教育廳三科科長出缺,廳長王公度(字海涵)邀周祖訓到省教育廳任科長職務。周祖訓因受祖父周餘德的影響,自幼立下終身從教誌,不願做官,便婉言謝絕。這時,遷到淅川縣荊紫關的河南大學校長張廣輿(字仲魯)又聘周祖訓到該校任教育係副教授兼課外活動組主任。周祖訓感到在河南大學任教,可將自己多年辦學的經驗加以整理,教學相長,等於離職進修,況且教導主任李永剛在校任職多年,能力卓越,很受全校師生愛戴,他離校後學校工作不致受到影響,遂決定向教育廳辭去信陽師範學校校長職務,並推薦李永剛繼任校長。省教育廳很快批準了周祖訓離校到河大任教,校長由李永剛代理。
寒假結束,河南大學開學,周祖訓到河大任教,講授教育係開設的學校行政課。上課不久,學校聘請全國著名學者馮友蘭、馮景蘭兄弟來校講學。為聽馮氏兄弟講學,全校停課。1945年3月22日,學校得到日軍向豫西南進犯的緊急消息。次日,學校命周祖訓護送馮氏兄弟赴老河口轉往重慶,同時,周祖訓也要去內鄉師崗鎮接眷屬到荊紫關隨河南大學西遷。當日到達西坪鎮,不料戰局急劇變化,已不能去老河口,隻得安排馮友蘭先生赴西安再轉重慶。周祖訓25日回到師崗鎮信師學校。
周祖訓一進學校,便得知教育廳已通知信師遷徙西安,全體師生都在積極準備。師生們看到老校長周祖訓回來了,無不高興之至,但國難當頭,心中沉甸甸的,都以沉重而親切的麵容歡迎他。很多同事向他傾吐肺腑之言:“你回來得正好,在學校遷徙中,增加了我們的勇氣和力量!”代校長李永剛因兒子歐梵有病,校事家事集於一身,晝夜忙碌,體力不支,對周祖訓突然回校更有說不出的高興。耳聞目睹此情此景,周祖訓原來準備接眷屬回荊紫關隨河南大學西遷的計劃,也不忍再提,遂全心投身於遷校的準備工作中。
3月25日,日寇已竄抵南陽、鎮平附近。周祖訓及其他幾位學校領導徹夜辦公未眠,校中各處室均全體動員積極準備。學生的應變訓練,已完全準備齊全;圖書儀器均已裝箱;教職員眷屬行裝亦收拾就緒。雇用的數十輛牛車陸續來到,分配後先後裝車。近午,滿載眷屬和行裝的數十輛牛車,先啟程西行,並分別派師生負責照顧管理。3月26日夜11點鍾,忙碌了一天的周祖訓及其同仁正準備去睡覺,突然傳來緊急消息,敵人已竄至內鄉附近的楊集,學校當即決定立刻整隊離開師崗。深夜12時,師生大隊在代理校長李永剛的率領下,在時聞日寇大炮與飛機的轟炸聲中,倉促出發赴淅川縣。周祖訓等人留校清理一些未竟事宜,翌日淩晨才啟程。
在通往淅川去的公路上,車輛很多,一輛挨著一輛,誰也無法向前超越,誰也無法停留下來。因為車輛兩邊,逃難的人都擠得水泄不通。信師學生大隊約250人,女生在前,男生殿後,每人背著大約10公斤的行李,成兩列縱隊在車隙人縫間穿行。大隊於27日夜10時許,到達淅川縣城,住進丹江中學。
當晚,在丹江中學的一間小房子裏,代校長李永剛向周祖訓傾吐心聲,堅請周祖訓回任校長之職,因為首先省教育廳並未明令公布李永剛任校長,在這非常時期,對外他沒有名義去交涉,一切都受影響;其次他長子歐梵正患嚴重的傷寒病,一直處於危險狀態,在師崗鎮已失去次子亞梵,如今不願再失去這惟一的男孩;幾天來校事家事,責任的重擔和四五夜未曾睡覺的疲憊,幾乎要把他壓垮了。素來“以學校為家,以學生為子”的周祖訓,眼見朝夕相處9年之久的師生處在危難中,實不忍心獨自輕鬆離去,決心與大家風雨同舟,共度時艱,他毅然決然地接受了李永剛的請求,重新挑起校長重擔。這正是周祖訓品質高尚之所在。因為他不僅早已離任,而且已到耄耋之年的祖父母正需要他這個惟一的親人去照顧,他完全有理由推諉,不再擔任危難之時的校長責任。
趕了一天一夜路程精疲力盡的師生們,剛和衣躺下,突然又被喊醒,因為李官橋失守,上集吃緊,淅川城已危急。周祖訓決定大隊立即出發,星夜渡過丹江,先到30裏外的滔河待命。
滔河是丹江旁邊的一個小集鎮。趕到那裏後,發現鎮上已被逃難的人群所充塞,大半是軍隊、學校、公務員,僅有一小部分老百姓,顯得非常嘈雜、紊亂、恐慌。很多學生因為沒有錢,把背不動的行李,含淚賤賣了不少,情況淒慘,令人不忍目睹。
此時已逢陽春三月,桃花怒放,百草返青,四野充溢著朝氣蓬勃的清新氣息。然而人世間與自然界太不協調了,扼殺春天的日寇鐵蹄到處踐踏,滔河也不時遭到敵機空襲。29日周祖訓在滔河召集全體教職員會議,研究西遷行動計劃。從滔河西行到荊紫關,都是山路,牛車不能通行,又無其他交通工具,為使學生大隊行動不受拖累,盡快逃離危險區,他決定攜眷屬的同仁暫留滔河休息,與學生大隊分開西遷。周祖訓已近八旬的祖父母和隨侍祖父母的妻子(周祖訓18歲的獨生子周培基在南陽高中上學,也正隨學校西遷),按規定也在留下之列。此時此刻,周祖訓以保全師生為重,公私不能兼顧,心情矛盾,不覺大慟,引起全體同仁痛哭。留著長白胡子的周餘德,拄著拐杖來到祖訓麵前,寬慰孫子說:“祖訓,你不要惦記我,你放心帶著師生先走吧,我會照料自己的。”在這生死離別關頭,祖父的話對周祖訓是莫大的鼓舞和安慰。周祖訓以大局為重,強抑悲痛,又勸慰祖父和同仁一番,堅決執行分開西遷的決定。同時委托留在滔河的李永剛等人,對留下的家屬妥為照護。
3月30日單身教職員和學生大隊自滔河向荊紫關出發。周祖訓走在大隊最後,揮淚與暫留滔河的同仁及其眷屬告別。沿途他始終在大隊之尾殿後,不讓一人落伍。幸平時師生訓練有素,紀律很好。天氣已暖,夜晚即露宿街頭。在聞有匪亂地區,周祖訓組織師生持槍防衛。不久前,荊紫關之戰,日軍傷亡慘重,此後敵人不敢沿公路進擊,改從山區進逼。因此沿公路西遷的大隊師生,一路上未與敵人遭遇,行進比較順利。
4月13日,信師大隊師生安全到達西安,借住在私立仁山中學。周祖訓經過半月多日夜兼程的長途跋涉,麵容明顯消瘦,但仍神采奕奕。當時從河南遷到西安的學校較多,經濟都十分困難。周祖訓日夜奔波,偕同各校領導到處呼籲請求救濟,並尋找臨時住址。周祖訓通過內黃同鄉和學友王者香(字蘭香,當時任隴海路普集車站站長)介紹,找到陝西武功縣大莊鎮做臨時校址。4月25日,師生大隊到達大莊鎮。