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第三節 創辦研究所
蔡元培還從大學應是研究高深學問，大學生當以研究學術為天職的觀點出發，十分重視研究和提高的工作，大力主張“凡大學必有各種科學的研究所。”後來，他在1930年4月致北大評議會函中，又著重闡明了北大應致力於提高的觀點，主張在當時普通中學已能滿足北大學生來源的情況下，停辦預科，將經費移用於研究所，他說：“為北大發展計，與其求諸量，無寧求諸質，與其普及，無寧提高。”他在論及舉辦大學研究院的必要性時，曾列舉其對教員、畢業生以及在校高級生的三大好處：一，“是大學無研究院，則教員易陷於抄發講義不求進步之陋習。蓋科學的研究，搜集材料，設備儀器，購置參考圖書，或非私人之力所能勝；若大學無此設備，則除一二傑出教員之外，其普通者，將專己守殘，不複為進一步之探求，或在各校兼課，至每星期任三十餘時之教課者亦有之，為學生模範之教員尚且如此，則學風可知矣。”二是，“自立研究院，則凡畢業生之有誌深造者，或留母校，或轉他校，均可為初步之專攻。俟成績卓著，而偶有一種問題，非至某國之某某大學研究院參證者，為一度短期之留學；其成效易睹，經費較省，而且以四千年文化自命之古國，亦稍減倚賴之恥也。”三是，“惟大學既設研究院以後，高年級生之富於學問興趣而並不以學位有無為意者可采德製精神，由研究所導師以嚴格的試驗，定允許其入所與否，此亦獎進學者之一法。”這些主張有利於提高學校的學術水平，且為師生的學術研究創造良好的環境和條件。在這裏，蔡元培既提倡學習外國同時又立足於發展本國的學術機構，這種精神是很可貴的。
早在京師大學堂時，學製上就規定有大學院一級，那時稱“大學院為學問極則之研究，不主講授，不主課程”。後又把大學院改名為通儒院，限以五年。民國初年，蔡元培主持製定的《大學令》中，仍改通儒院為大學院，不立年限；同時頒布了《大學研究院暫行組織規程》，確定大學研究院“其任務為高深學術之研究”，決定在大學設立“研究院招收大學本科畢業生”或“大學高年級生”。但這些規定在當時並沒有能實現。
蔡元培主持北大後，仍積極貫徹他的主張。他後來特別指出：“我那時候有一個理想，以為文、理兩科，是農、工、醫、藥、法、商等應用科學的基礎，而這些應用科學的研究時期，仍然要歸到文理兩科來。所以文理兩科，必須設各種的研究所；而此兩科的教員與畢業生必有若幹人是終身在研究所工作，兼任教員，而不願往別種機關去的。”他在教育部召開的國立高等學校校務討論會上，提出的關於大學改製的議案中，曾建議“大學均分為三級：（一）預科一年，（二）本科三年，（三）研究科二年，凡六年。”後經會議討論議決，確定大學分為二級：預科二年，本科四年，凡六年。但北大仍按原定的在本科之上設立了各科研究所。
1917年底，文、理、法三科各學門先後分別成立了研究所，由校長於各所教員中誰一人為主任。當時設立的研究所及其負責人。
1919年12月，因地質學係已有三年級學生，又決定增設地質學研究所，由何傑任主任。
當時研究所的規則規定，凡本校畢業生都可以誌願入所研究；本校高年級學生，取得研究主任認可後可以入所研究；與本校畢業生有同等程度的學者，誌願入所研究者，經校長認可後得入研究所。同時規定凡具備上述條件而不能到所研究者，經過校長或研究主任的特許，可為通信研究員。這時研究所沒有年限規定，凡符合規定的學生，可根據自己的需要選定研究科目，誌願入所在教師指導下從事研究。當時還沒有建立學位製度。
蔡元培十分注意啟迪學生自動研究的精神，主張應盡量使更多的教員、畢業生和高級生有進研究所獨立研究的機會。“故其所設研究所之門類，愈多愈善，凡大學各院中主要科目，以能完全成立為最善，庶不至使一部分之教員與學生失望。”北大這時建立的研究所，基本是按照文、理、法三科的各個學門建立起來的。雖然它的設備很不完善，離正規化的要求還有距離，但它是當時國內高等學校最早成立的一個研究所，具有首創的意義。
到1918年初，各研究所共有研究員148人（其中畢業生80人，高級生68人），另有通信研究員32人。其中理科研究員僅18人，文科較多，71人。如範文瀾、馮友蘭、葉聖陶、俞平伯等都是這一時期的研究員。
這時各科研究所主要開展以下幾方麵工作：第一、由各門教員分別確定研究科目，指導教員負責主講。研究科目以本門教員為主，別門教員也可根據自己意願提出研究科目，如國文門教員林損曾在哲學門開設了唯心論研究題目。研究所隻設少量專任教員（當時隻有王寵惠、張武、張耀曾等五個專任教員），其他由本科和預科教授兼任。蔡元培為研究所籌得的每月四千五百元經費，則全部用作購置圖書和儀器設備。第二、各門研究所定期舉行報告會。每次報告會由研究員中的一人，報告研究心得和疑難問題，然後由有關教員和研究員討論，提出意見。研究報告記錄經指導教員簽定後，錄一副本，於每學期末送圖書館保存。第三、舉行定期或不定期的講演會，邀請校內外專家作學術講演。如1917年12月3日，哲學門研究所第一次月會上，由蔡元培作了題為《哲學與科學之關係》的講演。第四、指導研究員對其研究的科目寫出論文，論文寫出後須經指導教員審査認可。第五、通信研究員隨時可與本門教員通信討論，其自行研究的結果，應寫出論文一篇，並須經本門教員若幹人審定認可。
1921年12月，蔡元培又決定改組研究所。經學校評議會第三次會議討論，通過了《國立北京大學研究所組織大綱》。按組織大綱規定，研究所分設自然科學、社會科學、國學和外國文學四門；所長由大學校長兼任，各門設主任一人。由校長於本校教授中指任之，任期兩年，經理本門事務。各門研究的問題與方法，由相關各係的教授共同商定。由於學校的經費和人力條件的限製，到1922年，隻開辦了一個國學門。
研究所國學門正式成立於1922年1月。國學門的研究對象，包括中國的文學、史學、哲學、語言學、考古學等方麵。國學門內設編輯室（分輯、編、譯三部分）、考古研究室、歌謠研究會，風俗調查會、明清史料整理會，方言調查會等機構，並在圖書館內開設供研究用的特別閱覽室。設研究所國學門委員會，委員長由蔡元培兼任，委員有顧孟餘、沈兼士、胡適、馬裕藻、錢玄同、李大釗、朱希祖、周作人等。沈兼士任國學門主任。受聘為國學門導師的有：王國維、陳垣、鋼和泰、伊鳳閣、陳寅恪、柯劭態等；蘿叔蘊受聘為考古學通信導師。
改組後的研究所（實際隻有國學門）比原來的較為正規化，但基本上仍反映了資產階級高等教育的自由主義特色。研究題目、研究方向和範圍完全由教授自由選定；有的研究課題，由教授隨時提出，在日刊上公布，有興趣的學生可自由報名，經導師同意即可入所研究。原來評議會通過的研究所組織大綱規定研究生以本校畢業生及未畢業生之有特別研究成績者為限，在國學門委員會討論時，沈兼士提出不應限於大學一校之畢業生，蔡元培也認為：實在程度相當者，亦不能拒絕，應有規則限製。可照本校未畢業生辦法，限於曾作研究，已有成績者。後同意胡適的，提議，研究生對象包括“校外學者”。這樣，北大研究所成為麵向校內外的研究機構。我們從下述國學門研究規則中，可以看到當時研究生的培養製度：
1.凡本校畢業生有專門研究之誌願及能力者，未畢業之學生及校外學者曾作特別研究已有成績者，皆可隨時到本學門登錄室報名，填寫研究項目，有著作者並送交著作，一並由本學門委員會審查；其審查結果合格者，得領研究證到所研究。
2.凡本校畢業生及校外學者不能到校而有研究之誌願者，得通信研究；其報名及審査手續均照上條辦理。
3.研究生須將關於研究之經過及其成績隨時報告，以便在本學門所辦之雜誌發表，或刊入叢書。
4.研究生遇必要時，可要求本學門主任與有關係之各學係教授會代請本校教員及國內外專門學者指導研究。
5.本校教員可以自由進所研究。
6.本校教員可以提出問題，召集研究生入所指導，或共同研究。
7.本學門隨時聘請國內外學者為專門講演；其公開與否，臨時定之。
這時研究所的各項製度也比過去完善。為鼓勵研究工作的進行，建立了獎學金製度，研究所設獎學金若幹名，獎學金的授與，由研究所委員會根據本年度研究生的成績，以占委員四分之三以上的表決通過，擬定應得獎學金的研究生名單，並附著作，函請所長決定。獎學金不分學科，但為特別提倡某種學科起見，可由研究所委員會指定一部分金額，為某種學科的獎學金。此外還為貧苦學生設立了六個助學金名額。研究生研究論文的評定分甚優、優良、合格三等，不合格者不給證書。
研究所國學門成立後就開始招收研究生，如鄭天挺、容庚、馮淑蘭（女）、羅庸、商承祚、張煦、魏建功等，都是這一時期的研究生。研究的課題，由導師隨時提出，在日刊上公布，有興趣的學生可自由報名，經導師同意入所研究。這一時期導師提出的研究題目，諸如伊鳳閣的“西夏國文學與西夏國文化”，陳寅恪的“長慶唐蕃會盟碑藏文之研究”、“鳩摩羅什之研究”、“中國古代天文星曆諸問題之研究”以及搜集滿洲文學史材料等。林玉堂曾在1924年下學期開設《中國比較發音學》研究班，招收二十人，每周研究二小時，目的為考定中國重要方言中所有的音聲。同時，他還在國學門主辦《標音原則》班，講解用國際音標注國語及方言的方法，具普及的性質。
除了指導研究生從事研究外，這一時期研究所國學門主要進行了如下幾方麵的工作：
出版定期刊物。開始時出版《歌謠周刊》，後改為《研究所國學門周刊》，不久改為月刊。蔡元培很重視創辦學術刊物的工作，以為研究者提供發表論著的園地。他曾提議以研究所四學門為基本，每一學門出一種雜誌，經國學門委員會議決，由研究所四學門分任編輯，每年每學門共分配負責三期；外國文學、自然科學和社會科學三門未成立以前，由各相關學係分組擔任。《國學門季刊》由胡適任主任編輯。這個刊物發表了一些關於中國的文學、史學、哲學、語言學以及考古學等方麵的研究成果，取得一定的成績。
整理、摘采明清檔案史料。明末及清代內閣一部分檔案，原堆積在午門城樓無人整理。1922年夏，經學校交涉撥歸北大整理。蔡元培很重視這項工作，經他提議，由國學門和史學係組織明清史料整理會負責。這批檔案是以題本和報銷冊為大宗，其間有不少珍貴史料；經過分朝代、摘由、內容整理等步驟，為專門學者提供分類研究材料。該會出版了《要件陳列室目錄》，整理的“明季關於關東邊事及流寇之題稿”千餘件摘錄也在《北大日刊》上陸續公布，整理的還有《明季兵科題行稿摘要匯編》、《清九朝京省報銷冊目錄》等，但未刊行。
進行考古調查和纂著考古方麵書籍。研究所國學門成立時曾設立考古研究室及陳列室，後又組織古跡古物調查會。1923年5月24日，北大考古學會成立，馬衡為會長，先後進行過多次考古調查和發掘工作，如河南新鄭孟津兩縣出土的周代銅器，北京官山明代古跡，洛陽北邙山出土文物，甘肅敦煌古跡調查等。纂著考古方麵的書籍，已印行的有《封泥存真》，成稿待印的有《甲骨刻辭》、《古明器圖錄》、《金石書目》、《綴遺齋彝器款識考釋》、《藝風堂所藏金石文字增訂目》、《大同雲岡石刻》、《興化寺壁畫考》、《甘肅調査古物古跡之各種攝影》等。1922年3月和9月，國學門委員會還抗議已遜位的清室企圖出賣《四庫全書》和古物，並發表公開消息，阻止盜賣活動。國學門還多次向國內呼籲和宣傳保護古物，對保護祖國文化遺產起過一定作用。
歌謠的征集和刊印。蔡元培十分重視民間文學的采集、整理和研究工作，早在1918年2月1日，他就以自己名義在北大日刊上刊登《校長啟事》，征集全國歌謠，啟事說：“本校現擬征集全國近世歌謠，除將簡章登載日刊，敬請諸君幫同搜集材料外，所有內地各處報館、學會及雜誌社等，亦祈各就所知，將其名目、地址函交文科劉複君，以便郵寄簡章，請其登載。”同時還刊登了征集簡章，征集的歌謠包括：一、有關一地方、一社會，或一時代之人情、風俗、政教沿革者；二、寓意深遠，有類格言者；三、征夫、野老、遊女、怨婦之辭，不涉淫褻，而自然成趣者；四、童遙、讖語，似解非解，而有天然之神韻者。它特別強調記錄要忠實存真的原則，“歌詞文俗一仍其真，不可加以潤飾，俗語亦不可改為官話。”“有其音無其字者當在其原處地位畫一空格，而以羅馬字或音標注其音，並詳注字義以便考證”；“歌謠通行於某社會、時代當注明之”；“歌謠中有關曆史地理或地方風物之辭句當注明其所以”“歌謠之有音樂者當附注樂譜”。簡章說明歌謠征集由“沈尹默”主任一切並編輯“選粹”，劉複擔任來稿之初次審訂並編輯“匯編”，錢玄同、沈兼士考訂“方言”。同年北大成立了歌謠征集處。1920年10月10日，歌謠研究會成立，1922年研究所成立後歸並入國學門。於是，作為民間文學的歌謠，正式成為北大研究所的一個重要研究項目，這是蔡元培的一項富有創見的開拓性工作，對新文化運動是一個有力的推動。當時應征的人很踴躍。先是在北大日刊上每日刊載一首歌謠，1922年12月17日創辦了《歌謠周刊》，作為北大日刊的附張，其中有采集，也有研究討論；到1926年收集了一萬三千九百多首歌謠，經整理、研究匯集成書的有：題為《吳歌集》、《北京歌謠》、《河北歌謠》、《山歌一千首》、《南陽歌謠》、《昆明歌謠》等歌謠叢書八種；題為《看見她》、《北京歇後語》等歌謠小叢書四種，以及《孟薑女故事歌曲甲集》、《孟薑女故事研究集》等故事叢書兩種。顧頡剛等人參加了歌謠的編輯工作。這件具有開風氣意義的工作，推動了采集、整理和研究民謠、民歌和民間故事的工作，這對於保存和發揚民間文學，確立民間文學應有的地位，都起了重要的作用。
方言調查。因整理歌謠引起方言研究的必要，1924_年1月26日方言調查會成立，林玉堂為主席。曾經試用方音字母草案音標調查過十五種方音，並準備進行廣泛的方音調查，以編製“中國方音地圖”。此外還在《歌謠周刊》出過一期方言研究專號。1925年劉複主持國文係與國學門合設的語音樂律實驗室，對語音樂律進行過一些科學實驗工作，並用實驗語音學方法對漢語四聲進行了一些科學研究，曾發表過《四聲實驗錄》。
風俗調查。1923年5月24日成立了風俗調查會，調查各地的風俗習慣，如征集過各地關於舊曆新年的風俗物品，並曾計劃籌辦風俗陳列館。
舉辦月講。規定每月5日為專門學術講演會，定名為研究所國學門月講，以劉複為月講幹事。
此外，國學門還纂輯了一些學術研究參考的工具書，已印行的有《慧琳一切經音義引用書目錄》，已成稿的有《藝文類聚引用書籍目錄》、《太平禦覽引用書籍增訂目錄》、《太平禦覽引用書細目》、《太平廣記引用書籍增訂目錄》、《希麟續一切經音義引用書細目》等。同時還編輯了一些引用書目、分類書目、學術年表以及諸子所用哲學名詞索引等。
應當說，“國學”是一個涵義不明確、十分籠統的概念，它研究的對象幾乎涉及文、史、哲、語言、考古等各方麵。但國學門的研究工作當時取得了一定的成績，為舊中國的學術界培養了一批研究國學的人材。1926年10月，蔡元培在《十五年來我國大學教育之進步》一文中，回顧了國學門所取得的成績，他說：“五年以來，其中編輯室、考古學研究室，明清史料整理會、風俗調查會、歌謠研究室、方言調查會等，已著有不少的成績。所著錄研究生三十二人，也已有十二人貢獻心得的著作。”研究生中，如商承祚的《殷墟甲骨文字匯編》、容庚的《金文編》、羅庸的《尹文子校釋》、張煦的《公孫龍子注》等著作，都是他們研究的成果。導師陳垣編著的《中西國曆對照二十四史朔閏表》也在這時出版，為研究二十四史提供了重要工具書。當然，這些學術研究活動，由於受到當時條件的限製，還不夠廣泛和深入，研究的成果主要是整理和收集資料方麵，而且也不夠係統和完整。
當時北大除研究所外，還設有國史編纂處，是一個屬於研究和編纂性質的機構。還在袁世凱當政時，聘湖南名士王閽運主持成立了一個國史館。王死後，機構徒有虛名。蔡元培長校後，援各國大學的成例，經北京政府準許，將國史館改隸北京大學，改稱國史編輯處，蔡元培兼任處長。移交時，除一塊木牌、幾包卷宗外，有關國史材料一篇也沒有。蔡元培親自籌劃，擬訂編纂略例，將該處分征輯及編纂兩股，聘請葉瀚、屠寄、張相文、劉師培等史學係教授分任各股負責人。當時還擬訂了頗具規模的編纂計劃，分通史、民國史兩部。通史部分為政治史長編（包括年表、大事記及誌三類）、文明史即專史（分為經濟、風俗、宗教、科學、哲學、文學、美術等類），同時還要編一部包括人名、地名、職官、器物、方言等類的詞典。民國史則編纂前五年的長編。蔡元培主張編史從長編入手，然後由專門史學家編為通史。編纂工作從二十四史等原始史料做起，每月提出工作報告，由蔡元培親加校閱，取得一些成績。屠寄的專著《蒙兀兒史》也是在這時完成的。但到1919年五四運動發生，蔡元培離京出走，徐樹錚乘機向國務院提出取消北大國史編纂處，收回直屬國務院，仍稱國史館，致使這項工作被迫中斷。
早在京師大學堂時，學製上就規定有大學院一級，那時稱“大學院為學問極則之研究，不主講授，不主課程”。後又把大學院改名為通儒院，限以五年。民國初年，蔡元培主持製定的《大學令》中，仍改通儒院為大學院，不立年限；同時頒布了《大學研究院暫行組織規程》，確定大學研究院“其任務為高深學術之研究”，決定在大學設立“研究院招收大學本科畢業生”或“大學高年級生”。但這些規定在當時並沒有能實現。
蔡元培主持北大後，仍積極貫徹他的主張。他後來特別指出：“我那時候有一個理想，以為文、理兩科，是農、工、醫、藥、法、商等應用科學的基礎，而這些應用科學的研究時期，仍然要歸到文理兩科來。所以文理兩科，必須設各種的研究所；而此兩科的教員與畢業生必有若幹人是終身在研究所工作，兼任教員，而不願往別種機關去的。”他在教育部召開的國立高等學校校務討論會上，提出的關於大學改製的議案中，曾建議“大學均分為三級：（一）預科一年，（二）本科三年，（三）研究科二年，凡六年。”後經會議討論議決，確定大學分為二級：預科二年，本科四年，凡六年。但北大仍按原定的在本科之上設立了各科研究所。
1917年底，文、理、法三科各學門先後分別成立了研究所，由校長於各所教員中誰一人為主任。當時設立的研究所及其負責人。
1919年12月，因地質學係已有三年級學生，又決定增設地質學研究所，由何傑任主任。
當時研究所的規則規定，凡本校畢業生都可以誌願入所研究；本校高年級學生，取得研究主任認可後可以入所研究；與本校畢業生有同等程度的學者，誌願入所研究者，經校長認可後得入研究所。同時規定凡具備上述條件而不能到所研究者，經過校長或研究主任的特許，可為通信研究員。這時研究所沒有年限規定，凡符合規定的學生，可根據自己的需要選定研究科目，誌願入所在教師指導下從事研究。當時還沒有建立學位製度。
蔡元培十分注意啟迪學生自動研究的精神，主張應盡量使更多的教員、畢業生和高級生有進研究所獨立研究的機會。“故其所設研究所之門類，愈多愈善，凡大學各院中主要科目，以能完全成立為最善，庶不至使一部分之教員與學生失望。”北大這時建立的研究所，基本是按照文、理、法三科的各個學門建立起來的。雖然它的設備很不完善，離正規化的要求還有距離，但它是當時國內高等學校最早成立的一個研究所，具有首創的意義。
到1918年初，各研究所共有研究員148人（其中畢業生80人，高級生68人），另有通信研究員32人。其中理科研究員僅18人，文科較多，71人。如範文瀾、馮友蘭、葉聖陶、俞平伯等都是這一時期的研究員。
這時各科研究所主要開展以下幾方麵工作：第一、由各門教員分別確定研究科目，指導教員負責主講。研究科目以本門教員為主，別門教員也可根據自己意願提出研究科目，如國文門教員林損曾在哲學門開設了唯心論研究題目。研究所隻設少量專任教員（當時隻有王寵惠、張武、張耀曾等五個專任教員），其他由本科和預科教授兼任。蔡元培為研究所籌得的每月四千五百元經費，則全部用作購置圖書和儀器設備。第二、各門研究所定期舉行報告會。每次報告會由研究員中的一人，報告研究心得和疑難問題，然後由有關教員和研究員討論，提出意見。研究報告記錄經指導教員簽定後，錄一副本，於每學期末送圖書館保存。第三、舉行定期或不定期的講演會，邀請校內外專家作學術講演。如1917年12月3日，哲學門研究所第一次月會上，由蔡元培作了題為《哲學與科學之關係》的講演。第四、指導研究員對其研究的科目寫出論文，論文寫出後須經指導教員審査認可。第五、通信研究員隨時可與本門教員通信討論，其自行研究的結果，應寫出論文一篇，並須經本門教員若幹人審定認可。
1921年12月，蔡元培又決定改組研究所。經學校評議會第三次會議討論，通過了《國立北京大學研究所組織大綱》。按組織大綱規定，研究所分設自然科學、社會科學、國學和外國文學四門；所長由大學校長兼任，各門設主任一人。由校長於本校教授中指任之，任期兩年，經理本門事務。各門研究的問題與方法，由相關各係的教授共同商定。由於學校的經費和人力條件的限製，到1922年，隻開辦了一個國學門。
研究所國學門正式成立於1922年1月。國學門的研究對象，包括中國的文學、史學、哲學、語言學、考古學等方麵。國學門內設編輯室（分輯、編、譯三部分）、考古研究室、歌謠研究會，風俗調查會、明清史料整理會，方言調查會等機構，並在圖書館內開設供研究用的特別閱覽室。設研究所國學門委員會，委員長由蔡元培兼任，委員有顧孟餘、沈兼士、胡適、馬裕藻、錢玄同、李大釗、朱希祖、周作人等。沈兼士任國學門主任。受聘為國學門導師的有：王國維、陳垣、鋼和泰、伊鳳閣、陳寅恪、柯劭態等；蘿叔蘊受聘為考古學通信導師。
改組後的研究所（實際隻有國學門）比原來的較為正規化，但基本上仍反映了資產階級高等教育的自由主義特色。研究題目、研究方向和範圍完全由教授自由選定；有的研究課題，由教授隨時提出，在日刊上公布，有興趣的學生可自由報名，經導師同意即可入所研究。原來評議會通過的研究所組織大綱規定研究生以本校畢業生及未畢業生之有特別研究成績者為限，在國學門委員會討論時，沈兼士提出不應限於大學一校之畢業生，蔡元培也認為：實在程度相當者，亦不能拒絕，應有規則限製。可照本校未畢業生辦法，限於曾作研究，已有成績者。後同意胡適的，提議，研究生對象包括“校外學者”。這樣，北大研究所成為麵向校內外的研究機構。我們從下述國學門研究規則中，可以看到當時研究生的培養製度：
1.凡本校畢業生有專門研究之誌願及能力者，未畢業之學生及校外學者曾作特別研究已有成績者，皆可隨時到本學門登錄室報名，填寫研究項目，有著作者並送交著作，一並由本學門委員會審查；其審查結果合格者，得領研究證到所研究。
2.凡本校畢業生及校外學者不能到校而有研究之誌願者，得通信研究；其報名及審査手續均照上條辦理。
3.研究生須將關於研究之經過及其成績隨時報告，以便在本學門所辦之雜誌發表，或刊入叢書。
4.研究生遇必要時，可要求本學門主任與有關係之各學係教授會代請本校教員及國內外專門學者指導研究。
5.本校教員可以自由進所研究。
6.本校教員可以提出問題，召集研究生入所指導，或共同研究。
7.本學門隨時聘請國內外學者為專門講演；其公開與否，臨時定之。
這時研究所的各項製度也比過去完善。為鼓勵研究工作的進行，建立了獎學金製度，研究所設獎學金若幹名，獎學金的授與，由研究所委員會根據本年度研究生的成績，以占委員四分之三以上的表決通過，擬定應得獎學金的研究生名單，並附著作，函請所長決定。獎學金不分學科，但為特別提倡某種學科起見，可由研究所委員會指定一部分金額，為某種學科的獎學金。此外還為貧苦學生設立了六個助學金名額。研究生研究論文的評定分甚優、優良、合格三等，不合格者不給證書。
研究所國學門成立後就開始招收研究生，如鄭天挺、容庚、馮淑蘭（女）、羅庸、商承祚、張煦、魏建功等，都是這一時期的研究生。研究的課題，由導師隨時提出，在日刊上公布，有興趣的學生可自由報名，經導師同意入所研究。這一時期導師提出的研究題目，諸如伊鳳閣的“西夏國文學與西夏國文化”，陳寅恪的“長慶唐蕃會盟碑藏文之研究”、“鳩摩羅什之研究”、“中國古代天文星曆諸問題之研究”以及搜集滿洲文學史材料等。林玉堂曾在1924年下學期開設《中國比較發音學》研究班，招收二十人，每周研究二小時，目的為考定中國重要方言中所有的音聲。同時，他還在國學門主辦《標音原則》班，講解用國際音標注國語及方言的方法，具普及的性質。
除了指導研究生從事研究外，這一時期研究所國學門主要進行了如下幾方麵的工作：
出版定期刊物。開始時出版《歌謠周刊》，後改為《研究所國學門周刊》，不久改為月刊。蔡元培很重視創辦學術刊物的工作，以為研究者提供發表論著的園地。他曾提議以研究所四學門為基本，每一學門出一種雜誌，經國學門委員會議決，由研究所四學門分任編輯，每年每學門共分配負責三期；外國文學、自然科學和社會科學三門未成立以前，由各相關學係分組擔任。《國學門季刊》由胡適任主任編輯。這個刊物發表了一些關於中國的文學、史學、哲學、語言學以及考古學等方麵的研究成果，取得一定的成績。
整理、摘采明清檔案史料。明末及清代內閣一部分檔案，原堆積在午門城樓無人整理。1922年夏，經學校交涉撥歸北大整理。蔡元培很重視這項工作，經他提議，由國學門和史學係組織明清史料整理會負責。這批檔案是以題本和報銷冊為大宗，其間有不少珍貴史料；經過分朝代、摘由、內容整理等步驟，為專門學者提供分類研究材料。該會出版了《要件陳列室目錄》，整理的“明季關於關東邊事及流寇之題稿”千餘件摘錄也在《北大日刊》上陸續公布，整理的還有《明季兵科題行稿摘要匯編》、《清九朝京省報銷冊目錄》等，但未刊行。
進行考古調查和纂著考古方麵書籍。研究所國學門成立時曾設立考古研究室及陳列室，後又組織古跡古物調查會。1923年5月24日，北大考古學會成立，馬衡為會長，先後進行過多次考古調查和發掘工作，如河南新鄭孟津兩縣出土的周代銅器，北京官山明代古跡，洛陽北邙山出土文物，甘肅敦煌古跡調查等。纂著考古方麵的書籍，已印行的有《封泥存真》，成稿待印的有《甲骨刻辭》、《古明器圖錄》、《金石書目》、《綴遺齋彝器款識考釋》、《藝風堂所藏金石文字增訂目》、《大同雲岡石刻》、《興化寺壁畫考》、《甘肅調査古物古跡之各種攝影》等。1922年3月和9月，國學門委員會還抗議已遜位的清室企圖出賣《四庫全書》和古物，並發表公開消息，阻止盜賣活動。國學門還多次向國內呼籲和宣傳保護古物，對保護祖國文化遺產起過一定作用。
歌謠的征集和刊印。蔡元培十分重視民間文學的采集、整理和研究工作，早在1918年2月1日，他就以自己名義在北大日刊上刊登《校長啟事》，征集全國歌謠，啟事說：“本校現擬征集全國近世歌謠，除將簡章登載日刊，敬請諸君幫同搜集材料外，所有內地各處報館、學會及雜誌社等，亦祈各就所知，將其名目、地址函交文科劉複君，以便郵寄簡章，請其登載。”同時還刊登了征集簡章，征集的歌謠包括：一、有關一地方、一社會，或一時代之人情、風俗、政教沿革者；二、寓意深遠，有類格言者；三、征夫、野老、遊女、怨婦之辭，不涉淫褻，而自然成趣者；四、童遙、讖語，似解非解，而有天然之神韻者。它特別強調記錄要忠實存真的原則，“歌詞文俗一仍其真，不可加以潤飾，俗語亦不可改為官話。”“有其音無其字者當在其原處地位畫一空格，而以羅馬字或音標注其音，並詳注字義以便考證”；“歌謠通行於某社會、時代當注明之”；“歌謠中有關曆史地理或地方風物之辭句當注明其所以”“歌謠之有音樂者當附注樂譜”。簡章說明歌謠征集由“沈尹默”主任一切並編輯“選粹”，劉複擔任來稿之初次審訂並編輯“匯編”，錢玄同、沈兼士考訂“方言”。同年北大成立了歌謠征集處。1920年10月10日，歌謠研究會成立，1922年研究所成立後歸並入國學門。於是，作為民間文學的歌謠，正式成為北大研究所的一個重要研究項目，這是蔡元培的一項富有創見的開拓性工作，對新文化運動是一個有力的推動。當時應征的人很踴躍。先是在北大日刊上每日刊載一首歌謠，1922年12月17日創辦了《歌謠周刊》，作為北大日刊的附張，其中有采集，也有研究討論；到1926年收集了一萬三千九百多首歌謠，經整理、研究匯集成書的有：題為《吳歌集》、《北京歌謠》、《河北歌謠》、《山歌一千首》、《南陽歌謠》、《昆明歌謠》等歌謠叢書八種；題為《看見她》、《北京歇後語》等歌謠小叢書四種，以及《孟薑女故事歌曲甲集》、《孟薑女故事研究集》等故事叢書兩種。顧頡剛等人參加了歌謠的編輯工作。這件具有開風氣意義的工作，推動了采集、整理和研究民謠、民歌和民間故事的工作，這對於保存和發揚民間文學，確立民間文學應有的地位，都起了重要的作用。
方言調查。因整理歌謠引起方言研究的必要，1924_年1月26日方言調查會成立，林玉堂為主席。曾經試用方音字母草案音標調查過十五種方音，並準備進行廣泛的方音調查，以編製“中國方音地圖”。此外還在《歌謠周刊》出過一期方言研究專號。1925年劉複主持國文係與國學門合設的語音樂律實驗室，對語音樂律進行過一些科學實驗工作，並用實驗語音學方法對漢語四聲進行了一些科學研究，曾發表過《四聲實驗錄》。
風俗調查。1923年5月24日成立了風俗調查會，調查各地的風俗習慣，如征集過各地關於舊曆新年的風俗物品，並曾計劃籌辦風俗陳列館。
舉辦月講。規定每月5日為專門學術講演會，定名為研究所國學門月講，以劉複為月講幹事。
此外，國學門還纂輯了一些學術研究參考的工具書，已印行的有《慧琳一切經音義引用書目錄》，已成稿的有《藝文類聚引用書籍目錄》、《太平禦覽引用書籍增訂目錄》、《太平禦覽引用書細目》、《太平廣記引用書籍增訂目錄》、《希麟續一切經音義引用書細目》等。同時還編輯了一些引用書目、分類書目、學術年表以及諸子所用哲學名詞索引等。
應當說，“國學”是一個涵義不明確、十分籠統的概念，它研究的對象幾乎涉及文、史、哲、語言、考古等各方麵。但國學門的研究工作當時取得了一定的成績，為舊中國的學術界培養了一批研究國學的人材。1926年10月，蔡元培在《十五年來我國大學教育之進步》一文中，回顧了國學門所取得的成績，他說：“五年以來，其中編輯室、考古學研究室，明清史料整理會、風俗調查會、歌謠研究室、方言調查會等，已著有不少的成績。所著錄研究生三十二人，也已有十二人貢獻心得的著作。”研究生中，如商承祚的《殷墟甲骨文字匯編》、容庚的《金文編》、羅庸的《尹文子校釋》、張煦的《公孫龍子注》等著作，都是他們研究的成果。導師陳垣編著的《中西國曆對照二十四史朔閏表》也在這時出版，為研究二十四史提供了重要工具書。當然，這些學術研究活動，由於受到當時條件的限製，還不夠廣泛和深入，研究的成果主要是整理和收集資料方麵，而且也不夠係統和完整。
當時北大除研究所外，還設有國史編纂處，是一個屬於研究和編纂性質的機構。還在袁世凱當政時，聘湖南名士王閽運主持成立了一個國史館。王死後，機構徒有虛名。蔡元培長校後，援各國大學的成例，經北京政府準許，將國史館改隸北京大學，改稱國史編輯處，蔡元培兼任處長。移交時，除一塊木牌、幾包卷宗外，有關國史材料一篇也沒有。蔡元培親自籌劃，擬訂編纂略例，將該處分征輯及編纂兩股，聘請葉瀚、屠寄、張相文、劉師培等史學係教授分任各股負責人。當時還擬訂了頗具規模的編纂計劃，分通史、民國史兩部。通史部分為政治史長編（包括年表、大事記及誌三類）、文明史即專史（分為經濟、風俗、宗教、科學、哲學、文學、美術等類），同時還要編一部包括人名、地名、職官、器物、方言等類的詞典。民國史則編纂前五年的長編。蔡元培主張編史從長編入手，然後由專門史學家編為通史。編纂工作從二十四史等原始史料做起，每月提出工作報告，由蔡元培親加校閱，取得一些成績。屠寄的專著《蒙兀兒史》也是在這時完成的。但到1919年五四運動發生，蔡元培離京出走，徐樹錚乘機向國務院提出取消北大國史編纂處，收回直屬國務院，仍稱國史館，致使這項工作被迫中斷。
