唉，隻好由我老人家勉為其難吧，捋一捋。不廢話，略過漢、唐、清，隻看其它朝代：
魏晉南北朝時期：曹魏、西晉承襲漢製，在西域繼續設置西域長史、戊己校尉，維持軍政管轄；前涼在吐魯番設立高昌郡，首次將中原的郡、縣、鄉、裏四級行政製度推行到新疆；北魏設置鄯善鎮、焉耆鎮。
隋朝設置鄯善、且末、伊吾三郡，推行軍政一體管理。此時的西域還沒有回鶻人（即維吾爾人），他們是在唐代後期被人一路追殺，逃到西域，靠武力奪取地盤後與當地包括漢人在內的原住民逐漸融合。
五代至宋：後晉、北宋先後冊封於闐王李聖天、高昌回鶻可汗等西域首領，宋神宗還下詔冊封喀喇汗王朝統治於闐的可汗為“於闐國王”。雖然有宋一代自顧自偏安一隅，西域各地方政權始終把中原王朝視為漢家阿舅大官家，保持朝貢與臣屬關係。大宋呀，你桃花石，我也桃花石，咱們一家親！（注，桃花石是中亞、西亞及拜占庭等地區對中原漢地的別稱，喀喇汗國把自己也歸為桃花石，並把桃花石字樣刻在錢幣最上方）
元朝，元朝！公元1251年設立北庭都元帥府，後續又設置別失八裏等處行尚書省，直接管轄新疆軍政事務，東部哈密地區由中央直接管控，子嗣封地向西橫跨中亞至歐洲。
明代比較複雜。其中也有一個誤區：元朝滅亡後，蒙古人隻是離開了東土，可從未撤出西域。請東土的同胞們、地球村的街坊們弄清楚：整個明代，全疆的地盤都歸屬於蒙古各部落，回鶻人一直處於被壓迫的地位，麵對高高在上的蒙古人乖乖地要啥給啥，隻有交租出苦役的義務沒有表達意願的權力與實力。他們從13世紀初的南宋時期起足足隱忍了幾百年，直到大清八旗從天而降，機會來了，幫著出力消滅了盤踞新疆的老牌蒙古勢力才得以見天日，到最終竟然還把信奉伊斯蘭教的蒙古人全部給同化了，逆襲成功。需要說明的是：清朝前期曾把蒙古穆斯林與回鶻人分開建群，但後來就混在一起了，回部囊括了原本是蒙、漢及其它原住民族的所有穆斯林群體。到民國與新中國劃分民族成分時，除了幾個特別堅持自身族裔身份的少數族群，大多數非維吾爾血統的伊斯蘭教眾模棱兩可，此時他們已基本都說維語，於是政府來了劑神助攻，幹脆把他們全都打包歸為維吾爾族，幫助他們完成了同化。更有甚者，今天的史學界、文宣部門居然還把清朝的葉爾羌王、哈密王、庫車王等蒙古王公貴族都籠統歸為維吾爾族，替那些早就過世、未曾立專門遺囑的王爺們完成了身後同化。猶如天上掉餡餅，一直被奴役的那一方一個鹹魚翻身就成了正統王公、正牌主人，利索地接管了土地、地位、曆史乃至文化遺產，零成本。某些部門這嫁衣裳的縫製工藝遙遙領先。老有東土人士躺在貌似安穩的灶台上高枕無憂，沾沾自喜地吹噓大漢族的同化能力，其實在真正的高手麵前你啥也不是。
在明朝從1368年至1644年的276年中，哈密正式歸附中央王朝是1392年（之前已非正式歸順），之後設哈密衛直至1570年，也就是說明朝對哈密的直接管轄長達178年（期間雖有數次爭奪失守過，但機構沒撤）。四舍五入是科學共識，咱當然可以高調宣稱明朝中央政權對整個哈密地區有管轄權。這是東疆。北疆伊犁那邊，永樂十三年（1415年），亦力把裏首領馬哈木派遣使臣向朝廷進貢馬匹謝罪，主動歸還此前扣押的明朝使臣，明成祖隨即下發了一道敕諭，賞其大量絲緞等財物，並要求他“益堅臣節，永效勤誠”。敕諭原文為：“爾能敬順天道，尊事朝廷，遣使以阿魯骨馬來進，誠意可嘉。特賜爾絲緞表裏，爾宜益堅臣節，永效勤誠，以副朕望。故諭”。此諭有回鶻譯文版，馬哈木表示接受，持續朝貢。
在準噶爾部崛起之前，明朝西域最大的勢力先後是東察合台與葉爾羌汗國。明抄本《高昌館課》作為當時與西域20多個地方政權的官方文書匯編，保留了漢文與回鶻文對照釋文資料，其中包括西域諸頭領請求皇帝授予官方職銜的奏表，這就明確表明新疆地方政權與明朝中央是隸屬關係。例如東察合台汗國時期的一份吐魯番奏表，即火州千戶亦思麻因求升職奏表，其回鶻文逐字直譯為：“火州 地麵 千戶 亦思麻因 叩頭 奏：奴婢 安定衛 所管 頭目 是，邊 上 效力 年久，升賞 未蒙。羊兒年 吐魯番 搶掠 時，也曾 效力。天皇帝 仰望 憐憫，照例 都督指揮 職事 加升，奴婢 邊 上 用心 補報 好”。後來葉兒羌汗國滅了東察合台接管吐魯番，直接沿用了明朝此前頒發給吐魯番速檀（蘇丹）的舊勘合，以吐魯番的名義繼續遣使朝貢，行文用同樣的口氣，直至崇禎時期。明王朝對西域方麵的朝貢公文同朝鮮、安南等明確“外國”的朝貢文書體例有本質區別，始終將西域各藩定義為地方地麵政權，而非獨立的域外國家，哈密王獲封“忠順王”即出於此。
綜上種種，我們完全可以得出這樣的結論：跟很多人想象中的不一樣，明朝時期新疆仍是中國的一部分。
說實在的，曆史真枯燥啊，但用來吵架就變得有趣！
2026年9月3日