扶蘇的親生母親因「秦俗多忌諱之禁」,歷史失載。
日本歷史學家藤田勝久在《項羽與劉邦的時代:秦漢帝國興亡史》(東京:講談社,2006)一書中,從陳勝、吳廣起義將扶蘇、項燕並舉為號召的事例中,推測出扶蘇可能同項燕一般具有楚國貴族的血統,所以扶蘇的母親應是來自楚國的宗室。
中國歷史學家李開元提出佐證之二:秦王政九年(公元前238年),嬴政22歲行冠禮成年,開始親政,按照秦國王室秦惠文王的先例推斷,嬴政應於23歲時舉辦大婚,婚事多由太後操辦。嬴政13歲即位之初本有三名太後;親祖母夏太後早於秦王政七年(公元前240年)過世、生母帝太後趙姬因前一年的「嫪毐之亂」牽涉過深,無力左右嬴政婚事、僅剩養祖母華陽太後有權力決定王後人選。華陽太後是楚國人,欽定娘家出身的楚國王女下嫁嬴政,乃合乎情理與華陽太後利益的安排,而這位楚國王女極有可能即是扶蘇的母親