第四次產業革命
2023-03-15 09:19 · 北京
。。。看下文就知道“出非洲說”，從理論到事實，錯漏是顯而易的，近來可以大行其道，可見無底限到何種程度。
（按照分子鍾假說，DNA序列變異與進化時間是成線性關係的。進化時間越長，DNA序列差異越大，即遺傳距離越大，遺傳距離（即遺傳多樣性）與進化時間成正比。那麽遺傳多樣性最高的種群意味著進化時間最長或最先出現。這個分子鍾邏輯就是出非洲模型最初建立時所依賴的邏輯。
後來，研究者還采用了另外一個方法邏輯來構建了出非洲模型，這就是所謂外群定樹根方法。與外群物種（黑猩猩）DNA序列最近，意味著帶有更多的祖先型變異基因，最接近外群的DNA序列，被認為是人類祖先所帶有的DNA。這個邏輯貌似合理，但假定了一個位點隻能突變一次，不能有回複突變或獨立突變 （回複突變指的是從A變到B又變回A）。這也是需要中性理論成立才有可能。）
出非洲說的分子模型的建立依賴於分子鍾假設和中性理論，其基本邏輯是把DNA序列的樹根定在遺傳多樣性最高的種群裏，或與組外物種DNA序列最近的種群裏。而這裏的祖先型變異基因指的是與黑猩猩相同的變異基因，恰好非洲南部的桑人符合這個要求，非洲桑人遺傳多樣性又最高，因此，業內把非洲桑人的DNA序列單倍群作為DNA進化樹的根部型。
非洲桑人，亦稱布須曼人，非洲南部一支原住民民族。（桑人主要生活在博茨瓦納、納米比亞及南非共和國的西北部，目前隻有6萬人。布須曼人的皮膚並不像常見的非洲黑人那樣黝黑，而是呈黃色或黃褐色，麵貌特征接近亞洲黃種人。來自葡萄牙的早期探險者初次遇到布須曼人時，曾誤以為他們是中國人的後裔。）他們有自己的語言，卻沒有文字。其語言非常獨特，許多發音靠舌尖與口腔唇齒摩擦而成，這種發聲方法產生於人類的發音器官還沒有完全形成之時。
一般來說或按照分子鍾假說，DNA序列相似性被認為是反映了血緣關係或分化時間，DNA序列越近則血緣關係越近，種群分化時間也越短。所以從樹枝部的DNA序列開始，找到相近的DNA序列，一級級找下去，就確定了樹根部在非洲的出非洲說的DNA進化樹。（注意，DNA序列相似性也被認為是反映了功能或生理相似性，但這個含義被出非洲說武斷地無視了。）
人類遷移、分化的過程也反映了DNA序列進化的過程，所以看起來DNA序列的排列形成了遷移路線圖。以上就是出非洲說DNA進化樹建立的邏輯過程。
令人驚訝的是，業內一直未用古人類DNA來驗證出非洲說，這是因為出非洲說的DNA進化樹模型過不了古人類DNA檢驗這一關。把出非洲說的DNA進化樹用於古人類化石DNA時，會發現DNA序列上下遊關係與化石年代關係是顛倒的。
（事實是，北非的當代人基本是白人特征高於黑人。）古DNA顯示，15000年前的摩洛哥Taforalt古人也是歐亞DNA占多數，明顯體現歐亞人進入非洲是更常見的事情。另外，45000年前的歐洲古人Ust-Ishim和Bacho Bira Cave，都沒有帶有非洲人的基因，反而是帶有東亞人或南亞人的基因。（如果按照出非洲說，早期歐洲現代人應該主要是非洲人基因才對。而事實上古北非人是帶有歐亞基因，古歐洲人都是帶有亞洲人基因。）
這也說明是亞洲人進入了歐洲，歐洲人進入了北非。而不是現在的出非洲說DNA進化樹排列的那樣，非洲人進入了歐洲和亞洲。
中性理論是把遺傳變異大部分看成是中性的假設，而不是一個實證後的結論。這個理論最初是來自少數幾個序列比對的數據，今天是海量基因組時代，中性理論已經被時間和數據推翻。過去60年的分子生物學功能研究已經發現大量被認為是中性的序列，其實具備生物功能性，不是中性的。古化石DNA序列分析也反駁了中性理論。
先驗邏輯常識推理認為遺傳距離或遺傳多樣性必須有上限，不可能無限變化。這種上限就決定了進化變異與時間不是線性關係，分子鍾假設和中性理論是錯誤的，所以分子鍾和中性理論計算出來的物種進化分支時間與實際情況經常對不上號。
根據遺傳多樣性上限理論，物種越優異，則其基因越精密，允許基因變異的比例越低，則遺傳多樣性越低；反之則反之。非洲桑人遺傳多樣性高是因為進化發育滯後，在基因相對不精密的情況下，允許基因變異的比例大，所以表現為遺傳多樣性高。而不是因為其存在祖先型基因、進化時間長造成的，分子鍾和中性理論對此的解釋是錯誤的。
從以上分析可以看出，出非洲說的DNA進化樹漏洞百出，不但跟古人類化石年代順序對不上號，很多生物現象解釋錯誤，而且其前提假定分子鍾和中性理論也是存在錯漏的，所以以此構建的出非洲說DNA進化樹模型是錯誤的。（出非洲說無法建立正確的、符合古人類化石年代順序的DNA進化樹。）
近些年之所以出非洲說得到更多的認可和宣傳，是因為出非洲說比多地區說和出東亞說更符合西方的政治正確，所以被西方接納和廣為傳播。（即使現在有很多西方生物學家發現了出非洲說、分子鍾假說和中性理論的問題和不足，發表了現代人起源於東亞的文章，但是未能被主流輿論媒體報道傳播。主流雜誌如自然出版社所屬雜誌長期以來在人類學領域有政治優先科學的嫌疑，近期更是直接宣稱不歡迎政治不正確的科學，很多正義學者公開譴責了自然出版社這種反科學的立場。）
《Human Genetics》《人類遺傳學》雜誌，2021年7月發表了《A Southeast Asian origin for present day non-African human Y chromosomes》《今天非洲之外的人類Y染色體全部起源自東南亞》一文，闡釋了5萬-6萬年前，所有非洲之外的人類，他們的父係Y染色體全部起源於東亞和東南亞地區。多說一句，這篇文章的最初名字叫《Early replacement of West Eurasian male Y chromosomes from the east》《早期的東方男性對西歐亞男性的Y染色體的替代》，因為這個題目名稱可能是讓一些歐美審稿人十分不爽，5萬年前的東亞男性憑什麽取代西歐的男性？這篇文章被雜誌編輯積壓2年多不給排期，直到作者同意改了這個溫和的標題才得以發表。
。。。。
顛倒黑白的“現代人出非洲”：智力最差的非洲人竟然成了全人類祖先
https://n顛覆“出非洲說”的DNA進化樹——古人類化石DNA來作證
引子
相信大家對下麵這個圖形並不陌生，一看就知道是說明現代人（注：現代人即現代智人，是全世界所有當代人的祖先）20萬年前在非洲產生，5、6萬年前從非洲走出來，遷移到世界各地並代替了當地原始人類，所以非洲現代人是現在全世界所有人類的祖先。
出非洲說的現代人類遷移路線圖
下麵的這張遷移圖還帶有線粒體基因序列單倍型（mtDNA，母係遺傳），內容更詳細。
出非洲說的現代人類遷移路線圖（帶有線粒體基因類型）
按照常理，如果非洲現代人是全世界人類的祖先，並且代替了被遷移地區的古人類，說明非洲人類及優先遷移地區的人類是優先進化的，是他們把他們已經具備的文化、技術、能力帶到被遷移的地區，而且代替了被遷移地區的古人類。所以遷移進來的古人類在文明、文化、能力等方麵應該是優於被遷移地區的，而未遷移出來的當年的現代人群體也自然是具有同等水平的，所以原遷移地區應該優於、至少是等於被遷移地區的水平。
換句話說，在20-5萬年前的現代人出現的時代，古非洲地區的人類心智能力和文化技術水平應該優於同時期的所有其他地區，先遷移的歐洲地區應該優於後遷移的亞洲地區，至少在遷移的那個時期應該是這樣的。當然，人們進入了歐亞的較嚴酷環境可能會鍛煉了心智和其它適應能力，導致了歐亞人在這些能力方麵高出同時代的非洲人，那至少歐洲因為是先遷移的地區，歐洲人理應發展出較東亞人更高的心智能力和文明水平。
大家還記得1944年美國學者莫維斯創造的“莫維斯理論”吧，西方考古學界曾認為東亞地區人種落後，文化落後。但是在中國考古事業發達以後，大量的考古和曆史研究表明，上古時期以前，中國地區的文化技術水平都是明顯大大優於非東亞地區的。詳見明文廣記文章：《一塊石頭也能被西方拿來歧視中國：最新考古發現再添反駁力證》、《又發現比良渚還大的史前古城遺址：中華文明是一元還是多元？》
按照出非洲說，東亞地區是比較末端的現代人被遷移地區。但是無論從曆史記載還是考古研究來看，從20萬年前到中國的上古時期，無論是舊石器時代，還是新石器時代，原始人的石器、骨器、陶器、玉器、青銅器、鐵器、裝飾品、漁獵、農耕、養殖、藝術、及其他文明文化等等，按照同期比較，都明顯的表現出東亞地區優於非東亞地區的水平，無論是中亞西亞南亞，還是歐洲非洲，都是如此。
一方麵按照出非洲說，歐洲文明水平應該優於同期的東亞水平，一方麵實際上東亞文明水平優於同時期的歐洲水平。為什麽會出現這種悖論呢？事出反常，必有妖孽。本文就來分析一下原因到底在哪裏。
一、出非洲說DNA進化樹及其問題
可能有人會以為出非洲說是根據分子生物學理論、根據古人類DNA基因序列產生的年代順序排出的DNA進化樹，所以是科學的理論。但請注意，出非洲說其實是一種假說，並且是一種來自分子係統發生學的假說，而這類假說在分子係統發生學業內是公認不能被當成是確定無疑的，除非有其它獨立證據的驗證。
出非洲說有DNA進化樹不假，但那不是根據古人類DNA基因序列排出來的譜係，絕對不是！正因為不是，所以它缺乏真正的獨立驗證，隻是一種不確定的假說！是根據當代人的DNA來推理古代的分化事件，既然是推理，就會有推理的邏輯和前提條件，而問題就是，這個邏輯和條件真的成立嗎？
出非洲說的DNA進化樹是有前提條件的，首先它是依賴於＂分子鍾假說＂和＂中性理論＂建立的，其次是根據當代人的DNA基因序列分布情況，依據一定的假設前提建立的DNA進化樹。
所以出非洲說的DNA進化樹正確與否，首先它的假設條件＂分子鍾假說＂和＂中性理論＂必須是正確的；其次把這個DNA進化樹應用於古人類的DNA去檢驗，看看古人類化石的年代順序與DNA進化樹表示的DNA基因序列先後順序是否吻合，隻有都吻合了的才能證明這個DNA進化樹是正確的。
而事實情況是怎麽樣的呢？讓我們來看一下實際情況。
出非洲說是一種非洲單地起源說。出非洲說認為，最早在非洲進化出一批和現代人關係最近的祖先人群，並且已經表現出了全部或至少絕大部分現代人群攜帶的體質學特征。這個祖先人群大約於20萬年前起源於非洲，開始時帶有非洲的地域特性，隨後5、6萬年前從非洲向外擴散，並且最終構建出如今歐亞大陸各地區帶有不同特征的人群。
在此過程中，這些出生於非洲的祖先人群完全取代了歐亞大陸上生活的直立人，發生的基因交流非常少。歐亞大陸地區的古老人種均未能成功進化成現代人，他們的後代要麽自然滅絕了，要麽被從非洲遷徙而來的現代人取代了，最多隻對當地的現代人貢獻了一小部分基因。
根據出非洲說的假設和邏輯建立的DNA進化樹（進化即圖譜、譜係，在本文中為同一含義）如下所示：
出非洲說線粒體進化樹（mtDNA，母係遺傳)
出非洲說Y染色體進化樹（DNA，父係遺傳）
出非洲說的DNA進化樹最開始是按照這個邏輯鏈條建立的：1、遺傳等距離——2、分子鍾假說——3、中性理論——4、遺傳多樣性最高的人種進化時間最長，因此這個人種的祖先就是所有人的祖先——5、用DNA序列相似性找血緣關係確定DNA序列的上下遊關係。（後來還有用其它邏輯構建的出非洲進化樹，比如通過外群定樹跟方法，但也同樣需要假定中性理論成立。）
接下來詳細介紹一下出非洲說DNA進化樹的建立過程。
１、遺傳等距離
1963年美國生物化學家馬戈利來希首次發現了令人震驚的遺傳等距離現象。
遺傳距離，也叫遺傳多樣性，是指兩個物種因為基因序列不同而體現出來的基因差異。這個差異一般是指兩個物種群體差異的平均值。
例如，兩個物種的同源蛋白（名稱一樣來自同一祖先，然後分開積累突變導致序列差異），假設長度為100 個氨基酸。他們倆比對時，部分基因序列是一樣的，部分基因不一樣，不一樣是因為突變積累。如果是20個位置不一樣，則遺傳距離就是20/100=20% 或 0.2。
遺傳等距離是指任何一個低等生物與其他多種高等級的生物相比，這些高等級生物雖然各自也有不同等級的區分，但與低等級生物的遺傳距離是大致相同的，即基因序列差異的比例是相同的。這是因為這些生物間的遺傳距離隻能取決於被比較的這個低等生物的遺傳變異，所以是相同的。這就是遺傳等距離。
遺傳等距離現象可以被遺傳多樣性上限理論完美解讀。下圖中綠色部分為各物種不可變異的基因序列，藍色部門為可以變異的基因序列，複雜高級物種自身可以容忍的最大限度的變異範圍要小於低等物種，因為高等物種需要更加精密的基因組作為建構零件。據此可計算各物種本身的可容忍的遺傳變異範圍或遺傳距離的上限，一個物種本身的遺傳距離上限指的是該物種類裏遺傳差異最大的不同種或亞種之間的距離，見右側數據。人、鳥、青蛙都是從魚這個物種進化來的，都帶有魚的基因序列，所以各物種紅虛線左側部門的基因序列與魚都是相同的。
所以人、鳥、青蛙與魚相比，基因序列不同的部分都是40%，所以他們與魚相比，遺傳距離都是40%，即人、鳥、青蛙與魚的遺傳距離都等於魚本身的最大或上限遺傳距離，魚本身的最大遺傳距離指的是魚類裏差異最大的不同魚種之間的距離。即高等級生物與低等級生物相比，他們之間的遺傳距離都取決於低等級生物本身的最大遺傳距離。
注意比較對象的不同，如果人與青蛙相比，遺傳距離 就是30%,所以遺傳距離還是人與青蛙近，與魚遠，另外，鳥與青蛙比，遺傳距離也是30%，也是鳥與青蛙近，與魚遠。
遺傳等距離示意圖
２、分子鍾假說
馬戈利來希發現遺傳等距離現象後，用分子鍾假說來解釋該現象。分子鍾假說認為不同物種的進化速率大致相同。注意這個假說與上述遺傳多樣性上限理論完全對立，一個認為遺傳距離沒有上限，一個認為有。
遺傳等距離結果和分子鍾對它的解釋如下圖所示。 這個示例把三種不同複雜等級的四足動物物種（T1–T3；人類、鳥類、青蛙）與另外一個低等物種（X；魚）進行比較，這些四足物種具有最近的共同祖先 (T)。物種 X 是外群物種並且是與物種 T1-T3 具有較遠的親緣關係，而T1-T3這些物種是群內物種。物種 T1-T3 的進化譜係在同一點 V 與 X 的譜係分離。此外，物種 T1-T3 是進化過程的產物，該過程自 V 以來已經運行了完全相同的時間。
從T這個共同祖先點開始，人、鳥、青蛙各自都進化了同樣長的時間，化石證據顯示是3.5億年，它們共享一個共同的最近祖先V。同時，他們與魚在V這個點分開，他們各自與魚分開的時間就是相同的。根據前述遺傳等距離現象，他們與魚的遺傳距離相同，進化時間都相同，進化速率等於遺傳距離除以進化時間，所以他們的進化速率也相同。
遺傳等距離和分子鍾假說
如果當我們將同源的魚蛋白質與來自不同其他三種動物（人、鳥、青蛙）的蛋白質進行比較時，如果這些動物與魚的遺傳距離是相等的（遺傳等距離現象），那麽這些不同動物差異積累的進化速率就應該是相似的 (T1–T3)。這就是分子鍾，即不同物種的進化速率是大致相同的。分子鍾假說就是說不同物種的進化速率大致相同，因此分子鍾假說是來自遺傳等距離的啟發，是把距離假定成了與時間一直是成正比的線性距離，但這個假定已經被多重數據和遺傳多樣性上限理論證偽。
遺傳等距離現象的發現，使人們注意到了遺傳距離與進化時間的相關關係：隻要是某兩個物種與某一第三個物種的分離時間是相等的，則它們與第三個物種的遺傳分子差異就是相等的。這就是分子鍾假說，即認為不同物種的進化速率大致相同。
３、中性理論
分子鍾的高速度直接給了木村資生靈感，讓他提出大進化中的中性理論。他認為絕大多數物種間的DNA序列差異是由中性突變加上隨機漂移造成的，進而推出分子進化速率以世代時間為單位是恒定的。
中性假說從分子層麵上對進化動力提出了見解。木村資生提出, 進化的動力來源於分子層麵上中性或者近中性的突變，所以外界環境這些無關痛癢的突變變化不會產生影響，而這些所謂中性變異也對生物適應環境不會產生影響。它顛覆了達爾文的進化動力——非中性突變和自然選擇。
中性假說更加傾向於得出一個完全隨機、絕對偶然的進化曆程。既然中性理論中的這些突變僅僅是從分子層麵上加以考慮, 自然就會認為：同類的分子, 不論在何種生物中, 都將是擁有一樣的突變速率。而這正是分子鍾假說的概念。其實中性學說與分子鍾假說是循環論證，二者含義基本相同，中性學說基本就是為了解釋分子鍾而提出的，木村資生認為分子鍾是他學說的最強證據，這是犯了明顯的循環論證的錯誤。
４、遺傳多樣性最高的人種進化時間最長，因此這個人種的祖先就是所有人的祖先
按照分子鍾假說，DNA序列變異與進化時間是成線性關係的。進化時間越長，DNA序列差異越大，即遺傳距離越大，遺傳距離（即遺傳多樣性）與進化時間成正比。那麽遺傳多樣性最高的種群意味著進化時間最長或最先出現。這個分子鍾邏輯就是出非洲模型最初建立時所依賴的邏輯。
後來，研究者還采用了另外一個方法邏輯來構建了出非洲模型，這就是所謂外群定樹根方法。與外群物種（黑猩猩）DNA序列最近，意味著帶有更多的祖先型變異基因，最接近外群的DNA序列，被認為是人類祖先所帶有的DNA。這個邏輯貌似合理，但假定了一個位點隻能突變一次，不能有回複突變或獨立突變 （回複突變指的是從A變到B又變回A）。這也是需要中性理論成立才有可能。
非洲起源說將組外物種黑猩猩作為與人類最相近的物種，即人種與黑猩猩擁有最近的相同祖先，人類與黑猩猩是從相同的祖先那裏分離開來的。
非洲南部的桑人（或稱布須曼人）恰好是人類遺傳多樣性最高的人種，並且與組外物種黑猩猩和尼安德特人序列最近，因此被認為是現代人的祖先族群。
出非洲說的分子模型的建立依賴於分子鍾假設和中性理論，其基本邏輯是把DNA序列的樹根定在遺傳多樣性最高的種群裏，或與組外物種DNA序列最近的種群裏。而這裏的祖先型變異基因指的是與黑猩猩相同的變異基因，恰好非洲南部的桑人符合這個要求，非洲桑人遺傳多樣性又最高，因此，業內把非洲桑人的DNA序列單倍群作為DNA進化樹的根部型。
根據非洲桑人內部的遺傳多樣性最高得出現代人出非洲的結論。根據出非洲說，所有現代人都來自一個約20萬年前的老祖母，她很可能是個非洲人，因此"出非洲說“也被稱為夏娃理論。
非洲桑人，亦稱布須曼人，非洲南部一支原住民民族。桑人主要生活在博茨瓦納、納米比亞及南非共和國的西北部，目前隻有6萬人。布須曼人的皮膚並不像常見的非洲黑人那樣黝黑，而是呈黃色或黃褐色，麵貌特征接近亞洲黃種人。來自葡萄牙的早期探險者初次遇到布須曼人時，曾誤以為他們是中國人的後裔。他們有自己的語言，卻沒有文字。其語言非常獨特，許多發音靠舌尖與口腔唇齒摩擦而成，這種發聲方法產生於人類的發音器官還沒有完全形成之時。
非洲桑人
５、用DNA序列相似性找血緣關係確定DNA序列的上下遊關係。
一般來說或按照分子鍾假說，DNA序列相似性被認為是反映了血緣關係或分化時間，DNA序列越近則血緣關係越近，種群分化時間也越短。所以從樹枝部的DNA序列開始，找到相近的DNA序列，一級級找下去，就確定了樹根部在非洲的出非洲說的DNA進化樹。注意，DNA序列相似性也被認為是反映了功能或生理相似性，但這個含義被出非洲說武斷地無視了。
人類遷移、分化的過程也反映了DNA序列進化的過程，所以看起來DNA序列的排列形成了遷移路線圖。
以上就是出非洲說DNA進化樹建立的邏輯過程。
二、出非洲說DNA進化樹的錯誤和原因分析
出非洲說的DNA進化樹是在分子鍾和中性理論假設的前提下建立的，雖然偶然會得出一些與化石和形態證據吻合的結果， 但更經常的是矛盾的結果。
1、非洲起源說DNA進化樹模型無法通過古人類化石DNA驗證
非洲起源說DNA進化樹模型甚至無法滿足最基本的自洽性的科學模型要求。古人類化石DNA才能真正見證DNA序列事件，才是最有發言權或說服力的。令人驚訝的是，業內一直未用古人類DNA來驗證出非洲說，這是因為出非洲說的DNA進化樹模型過不了古人類DNA檢驗這一關。把出非洲說的DNA進化樹用於古人類化石DNA時，會發現DNA序列上下遊關係與化石年代關係是顛倒的。
舉個例子說明。在出非洲說的線粒體進化樹模型裏，R和N處於進化樹的下遊。但是古人類化石的DNA測序的結果卻正好相反。
出非洲說的線粒體進化樹模型裏N和R的位置
目前發現的最古老的現代人祖先共3個分別為出土於西伯利亞距今45000年的 Ust-Ishim，來自中國北方距今40328年的田園洞人，以及發現於意大利Riparo Bombrini距今39805 年的Fumane2。這三個人線粒體都屬於單倍群R，其中田園洞人屬於單倍群R下遊的亞單倍群 B，Fumane2 更接近單倍群R下遊的亞單倍群HV或者H，或者說是 NCBI中的現代人KP34013 和 KF523402。隻有最古老的Ust-Ishim，不出所料的表現為是最原始的分化最少的單倍群R0。
通過對目前已有的相對年輕，距今在 39500-30000 年間的古代樣本進行分析，發現隻有兩例屬於單倍群N的個體，分別為位於羅馬尼亞距今39500年的 Oase19和發掘於蒙古距今34425年的 Salkhit。
目前發現的最早的現代人祖先古人類化石單倍群為R，基本處於出非洲說DNA進化樹模型的最下遊。目前還發現一些古老的歐洲DNA，單倍型是N，年代類似Ust-Ishim。
這些最古老的現代人化石的單倍群R和N，反而處於出非洲說DNA進化樹的最下遊，說明這個進化樹一個顛倒的排序，這個DNA排序是錯誤的。
2、北非和歐洲古人類化石DNA問題
按照出非洲說，非洲現代人遷移到世界各地，那麽歐洲人的古DNA應該與非洲人更接近才對。
但事實是，北非的當代人基本是白人特征高於黑人。古DNA顯示，15000年前的摩洛哥Taforalt古人也是歐亞DNA占多數，明顯體現歐亞人進入非洲是更常見的事情。另外，45000年前的歐洲古人Ust-Ishim和Bacho Bira Cave，都沒有帶有非洲人的基因，反而是帶有東亞人或南亞人的基因。如果按照出非洲說，早期歐洲現代人應該主要是非洲人基因才對。而事實上古北非人是帶有歐亞基因，古歐洲人都是帶有亞洲人基因。
這也說明是亞洲人進入了歐洲，歐洲人進入了北非。而不是現在的出非洲說DNA進化樹排列的那樣，非洲人進入了歐洲和亞洲。
3、非洲現代人起源年限問題
目前發現的最古老的完全現代人化石位於中國南方道縣，距今8萬至12萬年，而在非洲尚未發現2萬年前的完全現代人化石。(道縣遺址中的化石隻有牙齒部分，無法確定其他部分是否含有現代人的特征。)
根據出非洲說理論，最早的現代人應該來自遺傳多樣性最高的撒哈拉以南地區，具體就是在非洲西南部納米比亞和南非的邊界地區，但最早的非洲現代人化石基本都是在東非和北非，這也從一個角度否定了出非洲說所認為的遺傳多樣性與人類遺傳年限線性相關的關係。
根據出非洲說的分子鍾計算結果，非洲現代人起源於20萬年前。事實上，盡管在非洲和亞洲各個地區的大量遺址中都發現了帶有部分現代人特征、距今310000-80000 年的古代人遺骸，但至今為止，考古學家仍沒有找到一例早於4.5萬年的攜帶所有現代人特征的人類遺骸。這是出非洲說的又一漏洞。
4、分子鍾假說的進化時間計算問題
根據分子鍾假說，基因變異與進化時間呈線性關係。所以遺傳多樣性越高的，意味著進化時間越長，也即是這個物種的祖先。
在計算物種分支時間時，其結果往往與現實數據不吻合。這是由於分子鍾將極限距離草率地等同於線性距離，即與時間成正比，但這個分子鍾假說隱含的假定是錯誤的。
在距今 34000 -35000 年的古人中發現了三個攜帶單倍群 M的個體，包括兩個 Belgium 的Goyet Q116-1和 Goyet Q376-3，以及一個發現於法國 La Rochette 地區，距今28000年的個體54.1。
在出非洲說中，根據分子鍾計算結論，N* 最早出現在5萬年前的。單倍群M在出非洲說DNA進化樹模型中被認為是單倍型 N的姊妹單倍型。所以單倍群 M 罕見於35000 年以前的而多見於 35000 年以後的古人類化石中的這種現象，明顯不支持出非洲說的結論。M出現的時間計算是錯誤的。
5、中性理論不中性的問題
中性理論是把遺傳變異大部分看成是中性的假設，而不是一個實證後的結論。這個理論最初是來自少數幾個序列比對的數據，今天是海量基因組時代，中性理論已經被時間和數據推翻。過去60年的分子生物學功能研究已經發現大量被認為是中性的序列，其實具備生物功能性，不是中性的。古化石DNA序列分析也反駁了中性理論。
對於中性學說的解讀，很多科學家提出了反對意見。首先,同一分子在不同的物種間， 其突變速率都是迥然不同的。近期研究發現，這種速率差異可以高達40倍。
觀察到的大部分遺傳變異是否為中性是一個有待實驗證明的問題。越來越多的證據顯示，隻有一小部分的變異是中性的，大部分變異不是中性的，是與自然選擇理論相吻合的。
6、關於人與黑猩猩的關係問題
在分子進化研究出現之前，形態分類學家和古人類學家通常是把類人猿類歸為一組(Pongid),包括猩猩(orangutan)、大猩猩(gorilla)和黑猩猩(chimpanzee)，而人是另外一組，人與類人猿分支時間大約是在1800萬年前。
但在 20 世紀 60 年代，以分子鍾假說和中性理論為基礎的分子分類方法，誤把上限飽和距離當成線性距離來處理，得出了黑猩猩是人類最近物種的結論，認為人與黑猩猩分支時間僅是 450 萬年前(Wilson and Sarich,1969)。
這個時間被後來所發現的 700 多萬年前的人類化石所證偽(Graecopithecus freybergi和 Sahelanthropus tchadensis)。因此業內現在普遍接受的人與黑猩猩分支的時間主要是由化石發現來決定的，這也就凸顯了中性理論和分子鍾方法的片麵性。
來自德國、保加利亞和法國的國際研究團隊在保加利亞奇爾潘(Chirpan) 附近地區發現了歐洲700萬年前仍有類人猿存在的證據，這是屬於古類人猿的一塊前日齒化石。這比過去化石證據所反映的古類人猿延續時間延長了220萬年。
以分子鍾假說和中性理論為基礎的分子分類方法，確定黑猩猩與人類有最近的血緣關係。後來的全基因組測序發現，其實隻有 70%的基因組是黑猩猩與人類最近，而有30%的基因組是大猩猩與人最近，另外有1%的基因組是猩猩與人最近。重新分析人猿關係，發現黑猩猩和大猩猩與猩猩的基因序列相似性高於人與猩猩的相似性，顯示人與類人猿類分開後，類人猿才分化出了黑猩猩、大猩猩和猩猩。計算顯示人與類人猿類分支的時間是1760萬年前，與化石發現基本一致。
7、出非洲說DNA進化樹模型的祖先單倍型人數極少問題
出非洲說裏DNA進化樹模型的第一個現代個體或群體攜帶的是 A00 單倍型，一個目前隻有數百人的極其小眾的非洲單倍型，而第一次分化出現的單倍型是 AO-T，一個目前有 70 多億人之眾的單倍型。
一個群體中通常隻是個別人發生了突變成為新單倍型的祖先，因此一個新出現的單倍型的人數多於祖先群體人數千萬倍是極不正常的，隻有新突變受到正選擇向高級進化才有可能。但作為非洲說理論基礎的中性理論是否認具有自然選擇的作用的，認為進化是隨機的，無方向的。
這種現象與中性理論相衝突，要麽中性理論錯了，要麽進化樹搞錯了。當然中性理論錯了，出非洲說裏DNA進化樹模型的前提條件不成立，這個進化樹也要重新排列了。
而且出非洲說裏DNA進化樹裏麵的早期分支裏有7個分支新突變形成的單倍型群體的人數都大大多於祖先群體的人數。若每一次中性遺傳漂變的結果都是讓帶有新突變的個體的人數大大超過祖先群體，這顯然是不合理、不現實的。
8、出非洲說DNA進化樹模型中沒有考慮遺傳多樣性上限問題
出非洲說DNA進化樹模型、分子鍾假說、中性理論都認為基因序列是隨時間線性進化的，這其實也就隱含了遺傳距離是沒有上限的，基因序列是可以一直無窮盡的變異下去的。
這樣不同物種的同源基因的相似性會隨時間下降到沒有任何相似性，這也就意味著一個基因的功能可以被隨意編碼，而這是完全不現實不合理的。細菌與人分離了至少10億年，它們還有很多共享的同源蛋白，這些蛋白的相似性也較高，那麽這種人與細菌的有限的基因序列差異是否達到了上限?
先驗邏輯常識推理認為遺傳距離或遺傳多樣性必須有上限，不可能無限變化。這種上限就決定了進化變異與時間不是線性關係，分子鍾假設和中性理論是錯誤的，所以分子鍾和中性理論計算出來的物種進化分支時間與實際情況經常對不上號。
根據遺傳多樣性上限理論，物種越優異，則其基因越精密，允許基因變異的比例越低，則遺傳多樣性越低；反之則反之。非洲桑人遺傳多樣性高是因為進化發育滯後，在基因相對不精密的情況下，允許基因變異的比例大，所以表現為遺傳多樣性高。而不是因為其存在祖先型基因、進化時間長造成的，分子鍾和中性理論對此的解釋是錯誤的。
一個簡單的思想實驗可以通俗解釋遺傳等距離。 如果我們能通過使用相同的某一基因序列，創造一個細菌，一條魚，和一個人，然後讓三種生物分化很長時間或大約 5 億年,並假定他們那時還是各自與原先物種表型差異不大的物種，細菌中的一個基因會改變很多，比如 50%，而它在魚中的對應基因也會變的較多但會低於細菌，比如說，30%，它在人類中的對應基因則會發生變化很少，比如說1%。任何超過50%的變化對細菌是致命的；任何超過 30% 的變化都會對魚類是致命的；任何超過 1% 的變化都是對人類是致命的。
細菌中的一個基因之所以能夠變化比魚或人多得多，而魚變的能比人多很多，是因為人類的基因遇到了相對更多功能和生理限製。因此，細菌與人類或魚類之間的遺傳距離主要由細菌中的突變決定。 在這種情況下，細菌中50%的變化將解釋細菌和人之間50%的距離數值，也將解釋細菌和魚之間的50%的距離數值，以及細菌與細菌之間50%的距離數值。也就是說一個簡單物種細菌與高等物種人和魚的距離，等於低等物種的最大種內遺傳距離，這就是遺傳等距離現象。同理，魚的30%變化會決定了魚與人距離值是30%。
相比之下，流行進化論中性理論會預測，人類和魚都可以像細菌一樣變化高達 50%，因此，他們之間的遺傳距離都是50%或更多，不管是人與細菌、人與魚，還是細菌與魚 。
這裏一個關鍵概念是，高等生物能容忍的變異，低等也能容忍，但反之不然。所以一個能容忍60%變異的低等物種，與一個能容忍50%變異的高等物種的遺傳距離隻能是60%。如果不是這樣而是不同物種的突變很少有重疊，則他們的距離就會是60%+50%=110%。顯然這是荒謬的，因為遺傳距離不可能超過100%差異。
另外一種通俗解讀遺傳等距離是把人看成是一種魚來看人與魚的遺傳距離。
先問幾個簡單問題，人是一種黑猩猩，對嗎？對呀，有本著名科普書【第三種黑猩猩】，作者是普利策獎得主戴蒙德，認為人是第三種黑猩猩，第一種和第二種都生活在非洲的樹林裏，他們與人共享了一個最近的共同祖先，都是同一個祖先的後代。
人是一種猴子嗎？當然，道理與人是一種黑猩猩是一樣的，因為與猴子共享一個最近共同祖先。
人是一種哺乳動物嗎？當然。
人是一種魚嗎？當然，所有陸上脊椎動物都共享了一個最近共同祖先脊椎動物魚。
青蛙是一種魚嗎？當然是，道理同上。人與青蛙共享了一個共同祖先兩棲動物，因此人也是一種青蛙。
在遠古時代，人支係與魚分開時，是在大部分魚類還沒有分化出現時，因此人與魚的分開時間或遺傳差異屬於是魚類的最大限度的，人應該是保留了所有魚類的共性表型和基因型，但同時又積累了屬於人的突變，因此人的序列與魚的序列有高度相似係。
魚類包括很多種魚，其中分開時間類似於人魚分開時間的兩種魚，就應該是代表了魚類的最大遺傳距離。因為進化時間已經很長，這個最大距離就是上限距離，超出這個距離上限就會變成不是魚類而是其它物種了。
這個最大距離就應該是等於人與魚的距離，因為人無非就是一種魚，就是屬於魚類的變異最多的一種魚，它與魚的遺傳距離不可能超過魚類能容忍的最大限度的距離，因此隻能是等於這個最大距離。超過意味著不再是魚，但人是一種魚。
同理，青蛙也是一種魚，其與魚的遺傳距離也自然是等於魚能容忍的最大限度的距離。這就會出現遺傳等距離現象，既 魚與人的距離， 等於魚與蛙的距離，等於兩種分開時間最久的兩種魚的距離，也即等於魚類能容忍的最大遺傳距離。
所有魚的後代都保留了魚的共性以及維持這些共性的基因序列，同時也有自己的特異序列，這些特異序列都是屬於與魚的共性不矛盾的，他們有的導致了一個後代與大部分魚類有很大的表型差異，比如人或青蛙，但有的則沒有改變後代作為魚的表型，沒有改變的原因是因為沒有發生建構圖紙或表觀遺傳編程的改變。
從以上分析可以看出，出非洲說的DNA進化樹漏洞百出，不但跟古人類化石年代順序對不上號，很多生物現象解釋錯誤，而且其前提假定分子鍾和中性理論也是存在錯漏的，所以以此構建的出非洲說DNA進化樹模型是錯誤的，出非洲說無法建立正確的、符合古人類化石年代順序的DNA進化樹。
近些年之所以出非洲說得到更多的認可和宣傳，是因為出非洲說比多地區說和出東亞說更符合西方的政治正確，所以被西方接納和廣為傳播。即使現在有很多西方生物學家發現了出非洲說、分子鍾假說和中性理論的問題和不足，發表了現代人起源於東亞的文章，但是未能被主流輿論媒體報道傳播。主流雜誌如自然出版社所屬雜誌長期以來在人類學領域有政治優先科學的嫌疑，近期更是直接宣稱不歡迎政治不正確的科學，很多正義學者公開譴責了自然出版社這種反科學的立場。
三、出東亞說DNA進化樹的建立及其科學性
在各類物種的大規模測序結果逐漸得到完成和公開後，分子遺傳學者黃石很快意識到分子鍾和中性理論對遺傳等距離的解釋是荒謬的。經過深入研究，黃石發表了遺傳多樣性上限理論，即最大遺傳變異理論，對遺傳等距離及其他主要進化現象重新解讀，並隨後發現了遺傳距離存在極限距離，即基因突變到一定極限不再導致遺傳距離的增加。
遺傳多樣性上限理論也就是MGD理論，認為遺傳多樣性或遺傳距離存在上限，並且大部分是處在上限飽和平衡態，不再隨時間繼續遞增。遺傳多樣性理論吸取了分子鍾和中性理論中的正確成分，即在小進化內可以采用分子鍾和中性理論，但是遺傳多樣性達到上限飽和態以後，就不能用分子鍾和中性理論來解釋了，即此時基因進化與時間不再是線性關係了。
黃石根據遺傳多樣性上限理論創建了出東亞說的DNA進化樹。出東亞說的DNA進化樹是按照這個邏輯鏈條建立的：1、遺傳等距離——2、遺傳多樣性上限——3、具備中心型特征的DNA序列為祖先型DNA序列——4、用DNA序列相似性找血緣關係確定進化樹。
1、遺傳等距離
上文已有解釋，不再贅述。
2、遺傳多樣性上限
上文已有解釋，不再贅述。
3、具備中心型特征的DNA序列為祖先型DNA序列
在 1983 年已經有學者利用線粒體構建了以亞洲人群為起源地的DNA進化樹模型。這些學者們研究了包括高加索人、亞洲人和非洲人在內的 200 個樣本,構建線粒體進化樹，並得出兩種迥然不同的現代人起源結果，並提出了一種判斷最古老人群的方法：事先並不假定各種族人群的進化速率是否相同，而是首先假定 mtDNA 的最古老型或中心型的確定，應是基於高頻率、存在於多個不同種族或存在於其他靈長類動物中。
結果發現，全部人群的 mtDNA 單倍型一共有30餘種，其中隻有1型不僅在歐洲人中，而且在亞洲人和非洲人中也有分布，因此認為普遍存在的1型為祖先單倍型。而1型在亞洲人中頻率最高(亞洲人 69.6%、歐洲人58%、非洲人 14.9%)，這說明亞洲人是最古老的，進而可以得出現代人出亞洲的結論，而這些亞洲人樣本都是來自東亞，說明現代人出自東亞。
黃石構建的出東亞說的DNA進化樹模型將線粒體和Y染色體進化樹根部都定位在了亞洲人群中，重新獨立地證實了1983年提出的線粒體根源在亞洲的論述。新模型的樹根確定來自常理的推導，認為原始的單倍型應該是現代人群中存在最多的，因為基因突變屬於小概率事件，非常罕見，隻會在祖先人群當中的個別人中發生，因此原始祖先型的判斷可以從某單倍型的分布廣的特點來得出，帶有其頻率最高的族群就應該是祖先族群，這個推理的合理性也可以從它被兩組不同研究課題組獨立做出得到驗證。
出東亞說模型認為線粒體單倍群R0是所有線粒體單倍群的祖先型，這和非洲起源說提出的 R 單倍群位於N單倍群下遊的說法相左。通過研究千人基因組計劃的數據，發現單倍群 R0 在現今中國南方最為普遍，這表示現代人線粒體起源地可能在中國南方。現代人出東亞說的線粒體模型也得到了古DNA分析的支持。用同樣原理推導的新Y染色體進化樹也把樹根定在了東亞地區，認為單倍型F是祖先，而F在中國南方的拉枯族最常見。出東亞說Y染色體進化樹也同樣得到了古 DNA 分析的支持。英國學者通過獨立研究也同樣把F單倍型的起源地定在了東亞，因為歐洲人和亞洲人的常見單倍型都在F下遊，這就意味著歐洲人來自東亞。
4、用DNA序列相似性找血緣關係確定進化樹
從祖先型單倍群開始，按照DNA序列相近的為上下遊親緣關係，並依據遺傳多樣性上限理論原理，認為回複突變可以經常發生（A變成B，B後來又變成了A），就可以建立出東亞說的DNA進化樹。DNA序列主要分布與出非洲說正好相反。詳見下圖。
注：在父係Y染色體DNA研究中，現代的漢語和藏緬語人群中都高頻出現的單倍群Oa-F5，Oa-F5是上圖中F下的K係的下遊支係。
根據出東亞說的DNA進化樹，可以描繪出東亞人群的遷移路線圖，詳見下圖。
現代人父係Y染色體東亞南方起源並擴散到其它地區
出東亞說DNA進化樹基於科學的遺傳多樣性理論，不僅與古人類化石年代順序保持一致，還可以完美地解決出非洲說存在的矛盾問題，這才是科學的人類進化路線圖。出東亞說DNA進化樹解決了出非洲說的諸多邏輯不自洽問題。
1、根據遺傳多樣性上限理論創建的出東亞模型認為線粒體單倍群Ｒ0是所有線粒體單倍群的祖先型，這和非洲起源說提出的Ｒ單倍群位於Ｎ單倍群下遊的說法正好相反。
目前發現的最早的現代人化石距今45000年，線粒體單倍群為R和N，與出東亞說的DNA進化樹模型正好匹配。說明了出東亞說DNA進化樹的準確性。
2、所有歐亞人的Y染色體祖先是F，來自東亞，這是無爭議的來自多家實驗室的結論。古人類DNA測序結果表明，現代人起源於東亞，具體是出自東亞南方地區，包括今天的湖南、湖北、四川、貴州、廣西、雲南等地區。
3、出東亞說的分子鍾計算顯示人與類人猿類分支的時間是1760萬年前，與化石發現基本一致。
4、古DNA分析表明，45000年前的歐洲人種Bacho Kiro 的DNA序列與東亞近，與非洲遠，這說明歐洲人種出自東亞。
5、出東亞說的父係染色體根部單倍型F型分布在東亞，其下遊人群普遍分布在歐亞，擁有最多的人群。祖先群體的人數應該多於支係群體的人數，基因突變的隻是少數人，越下遊的人數越少，這才是根部單倍型應有的現象。這證明了出東亞說的科學性。
6、黃石教授團隊利用遺傳多樣性上限理論重新構建了靈長類動物的親緣關係樹, 重新肯定了所有猩猩是一組，而人是另外一組的常識性判斷， 而這正是古人類學者長期以來的共識。
如對於人和大型猿類(如黑猩猩等)來說, 印尼紅猩猩相對複雜程度低且遺傳多樣性上限高。因此，MGD選擇紅猩猩為參照來計算其他猩猩、人與該紅猩猩的遺傳距離。結果發現，非洲的黑猩猩和大猩猩比人跟紅猩猩遺傳距離近，因此, 應該把猩猩們歸為一類，而人是另外一類，遠在1760萬年前就已經與猿類分離。
黑猩猩與人距離更近或最近，反映的完全是極限距離，就如同鳥與人的遺傳距離比蛇與人的遺傳距離更近, 但鳥與蛇卻屬於同類。這種基於MGD理論基礎上的分子分類方法所得出的結論與獨立演算的化石證據契合度非常高，對人猿關係重新給出了一個符合常識和化石證據的科學結論，優於基於中性理論的結論，即人與黑猩猩為一類，並僅在5~7百萬年前人猿才分開。並有力支持了中國考古學者對800萬年前生活在雲南的祿豐古猿所作的判斷，即其為人科。
出東亞說與較早提出的化石版本的東亞人本土連續進化模型是一致的，東亞人是本土連續進化了200萬年，東亞地區的現代人主要源自本土的連續進化，北京猿人是中國人的直係祖先，中國有上百萬年的人類史。
7、四十年間有7個獨立方法和角度都得出了現代人起源於東亞的同樣結論，包括：
①吳新智團隊的化石證據鏈
②Cavalli-Sforza團隊的線粒體結論
③黃石團隊在遺傳多樣性上限理論指導下對現今DNA的分子研究結論
④黃石團隊利用古DNA單親染色體數據對出東亞說的驗證
⑤Pääbo團隊的早期歐洲保加利亞古人主要是東亞基因的結論
⑥Tyler-Smith團隊的歐州和西亞的Y染色體來自東南亞的結論
⑦Munch團隊的歐洲和西亞的X染色體可能來自東亞的結論
如此之多的獨立發現都指向同一個結論，說明出東亞說是科學的結論。
中南大學遺傳學黃石教授的“遺傳多樣性上限理論”和“出東亞說DNA進化樹”被分別寫進國外國內兩本教科書：一本是美國教授David Bickel寫的英文書《係統發育樹與分子進化》；另一本是國內朱作斌教授等學者們合寫的中文書《係統生物學》。書中介紹了黃石教授團隊以遺傳多樣性上限理論為基礎推導的現代人起源自東亞的理論，以及用古DNA驗證東亞起源的證據。這也是世界上首次用古DNA區分不同起源假說。
朱作斌等主編的《係統生物學》
美國教授David Bickel寫的英文書《係統發育樹與分子進化》
結語
遺傳多樣性上限理論和出東亞說DNA進化樹說明現代人是從東亞走出，並遷移到世界各地，通過雜交混血等方式同化了當地的古人類。所以我們也就明白了為什麽遠古時代東亞地區的人類心智能力和文化技術水平要高於非東亞地區，原因就在於此。
遺傳多樣性上限理論中的上限或最佳平衡概念, 與中國傳統哲學易經中的宇宙基本規律：陰陽平衡、中庸之道的思想是一致的，它能更科學合理的解釋困擾人類數十年的遺傳等距離現象和生物進化問題，為分子生物學的發展作出了重要貢獻，為人類遺傳進化曆史點亮了明燈，讓我們真正的看清古人類進化發展之路。
參考文獻：
東南大學出版社，《係統生物學》，朱作斌、張瀟、王亮主編
2019年《人類學學報》，《古DNA的新發現支持現代人東亞起源說》，張野、黃石著
2021年《今天非洲之外的人類Y染色體全部起源於東南亞》，英國桑格研究所的克裏斯·泰勒·史密斯教授等著
2023年1月31日《科技日報》，《新研究為“出東亞說”再添力證》，駱香茹著
以上一並表示感謝！
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