方舟子主張廢掉中醫，保留中藥。
他說“為中醫辯護的一個常見理由是說它有效。但是有效性並不等於科學性。科學 固然會有效，有效的卻未必是科學。何況，中醫治療的有效性是很值得懷疑的。”
他說出了爭論時的六個標準：
科學
有效
科學且有效
科學但無效
”不科學“但有效
不科學且無效
對科學或者醫學工作者來說，當然追求的是科學且有效。
但問題是，如果“科學但無效”或者“不科學”但是有效呢？是肯定還是否定還是不置可否？
多數科學工作者會不置可否或者在科學已經沒有辦法的情況下鼓勵嚐試非科學方法。
一位美國企業家患肺小細胞癌，全身擴散“如聖誕樹”。被醫生告知隻有幾個月的時間。 他偶然發現了一 個美國偏方。試了兩（？）個月，再查，“聖誕樹”消失。他就建了個博客來介紹這種方法。
很多人試了有效向他報告。有位病人說他的醫生覺得不可思議，“不科學”，他說“去他媽的科學”。
科學和生命之間做個選擇，他選生命。
對病人來說，生命是唯一標準。
那麽，在醫院，麵對同樣的疾病，醫生有沒有權力替病人選擇？
在國家政策層麵，麵對同樣的疾病，醫生沒有權力替病人決定哪種醫術應該存在？
當然，反過來看，如果有人明明可以科學地醫好，卻走偏方之路，耽誤了。那就更可悲。因為畢竟科學幾率大，偏方幾率小。
最終的判斷標準，似乎不是科學不科學，而是最合理的治療。
