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1995年中共執政當局開始尋求強化法 *輪 *功的組織構架及與政府的關係。[50]中國政府的國家體委、公共健康部和氣功科研會,訪問李 洪 誌,要求聯合成立法 輪功協會,但李 洪 誌表示拒絕。同年,氣功科研會通過一項新規定,命令所有氣功分會必須建立中國共產黨黨支部,但李 洪 誌再次表示拒絕。[24]
李 洪 誌與中國氣功科研會的關係在1996年持續惡化。[47]1996 年3月,法 輪 功因拒不接受中國氣功協會新負責人在「氣功團體內部收取會員費創收」和「成立中國共產黨黨支部組織」的要求,主動申請退出中國氣功協會和中國 氣功科研會, 以獨立非政府形式運作。自此,李 洪 誌及其法 輪 功脫離了中國氣功協會中的人脈和利益交換,同時失去了功派在中國政府體製係統的保護[24][51]。
法 輪 功申請退出中國氣功協會,是與中國政府對氣功的態度產生變化相對應的;當時隨氣功激進反對者在政府部門中的影響力增加,中國政府開始控製和影響各氣功組織。90年代中期,中國政府主管的媒體開始發表文章批評氣功。[24][32]法 輪 功起初並沒有受批評,但在1996年3月退出中國氣功協會後,失去了政府體製的保護。
中國作家協會前副主席劉賓雁稱,法 輪 功行為平和、理性、建設性,在文革式迫害中表現了史無前例的勇氣,成為「中共獨裁50年來第一個無法征服的社會組織」。[287]《北京之春》主編胡平稱,法 輪 功對非暴力的堅定執著,為中國與全世界,樹立了一個非暴力抗爭的典範。[288]六四領袖王丹表示,法 輪 功的被鎮壓及其反抗的過程,成了對當代社會中國公民,進行非暴力抗爭運動的思想啟蒙過程。中共無所不用其極的刑訊被廣泛揭露,在中共官員群體中也引起對法 輪 功普遍的同情。[289]