伊寧事變爆發後,大批極端民族主義者以“殺回滅漢”為口號,四處殘殺漢族和回族人,東北籍漢人幾乎被殺絕。張治中曾記述道:“三區漢人被殺的很多,有些地方隻剩了老弱婦孺數十人,在伊寧殘留的漢人中,也是老弱婦孺占大多數,青壯年都被殺光了”。關於伊寧事變中被害的漢回平民數量至今沒有準確的統計。[1]
中國共產黨對此次事件高度評價,譽其為“三區革命”。毛澤東的評價為:“三區革命是全中國人民民主革命的一部分”,“在新疆牽製了近十萬國民黨軍隊”,[2]“伊犁、塔城、阿山三區人民的奮鬥,對於全新疆的解放和全中國的解放,是一個重要的貢獻”[3]。