中國醫學科學院是中國最高的國家級醫學科學學術中心和綜合性醫學科學研究機構，類似於美國國立衛生研究院。長期以來她是中國的最高醫學研究機構和科研主力軍。可是九十年代以來，特別是進入21世紀以來，中國醫學科學院、協和醫科大學的發展似乎有停頓的跡象。以研究所的建設為例，研究所和研究中心尚停留在以前的模式上，一些新興的學科和研究方向都沒有收到重視。下表是中國醫學科學院現有的研究所，中心。從表中可以看到當時的建製是涵蓋了各科生物醫學研究學科和方向的。
中國醫學科學院現在的院所編製
臨床醫學研究所160;
基礎醫學研究所
心血管病研究所160;
整形外科研究所
藥物研究所160;
醫學實驗動物研究所
醫學信息研究所160;
藥物植物研究所
皮膚病研究所160;
醫學生物學研究所輸血研究所160;
腫瘤研究所
醫藥生物技術研究所160;
微循環研究所放射醫學研究所160;
生物醫學工程研究所
神經科學研究所160;
血液學研究所圖書館160;
病原生物學研究所
八十年代中期，原中國醫學科學院的一些研究所，像病毒所，微生物所，流行病所等從中國醫學科學院分離出去了，成立了中國預防醫學科學院，使中國醫學科學院的整體實力有所下降，後來的中國預防醫學科學院則變成了中國疾病預防中心，類似於美國的CDC（Center for Diseases Control).中國醫學科學院、協和醫科大學的發展曾經受製於北京市的昂貴有限的地皮而阻礙其校園建設和學科發展，因為中國醫學科學院、協和醫科大學座落在北京最繁華的商業中心-王府井大街，那裏的每寸土地都是寸土寸金。其實，在王府井地去隻留下一個協和醫院就行了，中國醫學科學院、協和醫科大學應該搬到郊區去，做學文還是需要安靜的地方，很難像想，中國最繁華的商業中心旁邊樹立著中國最優秀，最高水平的醫學研究院，很多的難處是可想而知的。
整個90年代，生物醫學界的熱點是人類基因組學，從疾病基因的定位克隆到基因圖譜，基因物理圖譜，基因多態性圖譜最後到全基因測序，其間還催生和發展了生物信息學，但是人類基因組學在疾病的製療方麵並沒有帶來很多新的方法和途徑，原來抱有極大希望的基因治療方法也因為基因治療效率低，負作用大而變得離臨床應用遙不可及。自2001年人類基因組學在完成了人類基因組全序列測定之後，海量的基因數據庫建立了起來，共有120多個物種的基因組的序列完成了測序，現在正在進行其他600種物種的基因組序列測序。可是海量基因組序列並沒有給我們帶來很多重大的突破，雖然希統生物學和生物信息學得到了極大的發展。
進入了後基因組學後，許多生物科學的亮點不斷湧現，生理病理機製的信號轉導途徑越來越清楚，TGF-beta, Hedgehog，WNT,mTOR， TLR等等信號圖經與疾病的關係越來越密切，信號轉導途徑的深入和細致使小分子藥物的研發希望不斷擴大。這些信號途徑也涉及疾病生理病理機製，而且很多也交叉涉及炎症，腫瘤多種致病種類和環節。另一個活躍的熱點就是表觀遺傳學的興起和成熟，有關甲基化和組蛋白的調控分子更直接的參與，調節，影響疾病的發生，這給疾病的治療方法帶來了新觀念，也給新藥的研發帶來了新的方向。
最近10年生物醫學最突出的進展就是幹細胞研究的進展，幹細胞介導的再生醫學，包括細胞種植，器官植換，組織修複，血液再生等等會成為未來醫療的一個主要方向，特別是誘導性萬能幹細胞（iPS)的突破給未來的生物醫學帶來了無限的潛力。與此同時，小RNA治療疾病的前景也越來越好，加上人源性單克隆抗體，新一代的疫苗的研製技術的成熟和係統生物學，後基因組學所推動的數字醫學使今天的生物醫學處在大變革的門檻上！
當今主要的新藥研發方向：
1。幹細胞（主要是IPS）和再生醫學；
2. 小RNA（MiRNA和SiRNA）治療，成本低，效果不錯，研發周期短；
3. 治療性單克隆抗體（人源化的），效果可靠，治療麵廣；
4. 小分子藥物（主要靠信號轉道和結構生物學的成果）；
5. 新技術介道的藥物嗮選（基因組學，表觀遺傳學和旦白組學的應用）
6. 疫苗
7. 多肽類藥物
8. 高通量離子通到靶藥物
中國是一個人口大國，擁有雲雲13億人口，人民的健保和醫療的任務是全世界最繁重的，生物醫學的基礎研究是推進現代醫學發展的基礎！當今世界上誰把握住早日應用數字醫學和開發出新藥這些機會，誰就是贏家。中國醫學科學院（醫科院）長期以來一直是國家醫學研究方麵的主力軍，擁有強大完備的科研隊伍！可是最近 5-8年來，醫科院在科研成果方麵已落到了很多高校和中科院係統的研究所的後麵，致使醫科院這幾年鮮有Nature,Science的文章發表。
最重要的還沒有訊速建立起一些新型學科的研究所。特別要提及的是像幹細胞這樣極具潛力的學科，美國幾乎所有的研究性大學的醫學院都成立了幹細胞與再生醫學研究所，美國加州在州政府財力嚴重短缺的情況下還立法通過了州政府支持幹細胞研究的立法，在布什總統禁止用聯邦政府的經費做幹細胞的研究的逆流中，加州政府慷慨的撥出30億美元支持幹細胞的研究,這還不包括私人捐助的資金！
中國是個大國，現在經濟上也有了一定的實力，這麽重要的學科，我們如果不行動，將來會在幹細胞治療上向別人付出天文數字的專利費用和研發技術費用的！再看看鄰國，日本，韓國都在幹細胞研究上有不俗的表現！中國現在在海外有5-10萬生物博士，博後人才，其中有CNS文章的博後都有近萬人，他們在美歐一流大學和頂尖實研室工作，擁有最前沿的專業知識和技能，像做出iPS幹細胞的餘君瑛就是一個優秀的代表！另外中國也有像林海凡這樣的幹細胞研究的世界頂尖人才，以中國現在的財力，人力，成立像幹細胞與再生研究所這樣的新型生物醫學研究所可以說是萬事俱備，隻欠有關部門（領導）的批準這一東風！真誠的希望這些研究所能很快成立，使我們國家在未來的數十年裏在生物醫學方麵不致於再落後美歐日很多！這也是考驗一個民族的智慧和能力的決定！
希望中國醫學界盡快成立的研究所：
1. 幹細胞與再生研究所
2. 疫苗研究所
3. 細胞與信號傳導研究所
4. 器官與移植研究所
5. 小RNA治療研究所
6. 蛋白組與疾病研究所
7. 環境與疾病研究所
8. 醫學信息學與數字醫學研究所
9. 分子醫學研究所
10. 心腦疾病研究所
11. 呼吸疾病與急重症研究所
12. 炎症病理腫瘤研究所
13. 係統生物學研究所
14. 光電醫學儀器研究所
15. 納米生物醫學研究所
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