首先介紹一下“中央研究院”是怎樣的一個機構：
1927年4月17日，國民政府定都南京，由李煜瀛、蔡元培（孑民）、張人傑（靜江）3位先生共同起草組織法，提出設立中央研究院案，此為設立該院最早的紀錄。 1928年年6月9日，舉行第1次院務會議，宣告正式成立。特任蔡元培先生為院長。
抗戰前，該院先後成立了10個研究所，分設京、滬兩地。及至抗日戰爭爆發，奉命西遷，分處昆明、桂林、重慶等地。 1949年國民政府堪亂失敗，再搬遷來台，及 時撤遷者隻有曆史語言與數學兩個研究所，圖書文物則暫時存放在楊梅火車站倉庫。之後在朱家驊代院長多方奔走下，方於1954年在南港現址建立院區。
來台後，複經繼任的幾位院長，胡適、王世傑、錢思亮、吳大猷、李遠哲之戮力經營，始有今日之規模。
中央研究院為中華民國學術研究最高機關，其基本權責如下：
一，人文及科學的研究。
二，指導，聯絡及獎勵學術的研究。
三，培養高級學術研究的人才。
未來將繼續秉持良好的學術傳統與研究基礎，開發新的科學知識領域、培育更多年輕的優秀人才、以及研議良好的政策建議，並持續加強對當代社會、人文與世界的關懷，借以豐富人類的文明，創造更美好的世界。
很明顯的，中央研究院乃是國家的最高學術研究機構和拔尖的科學人才培訓中心，它應該排除與任何政治、商業等利益的掛勾！
現任院長為翁啟惠院士，接任於2006年10月19日；副院長為王瑜、王惠鈞、王泛森三院士，襄助院長處理院務。
然而今天的中央研究院，由於浩鼎案的爆發，而揭露了院長翁啟惠炒股，缺乏誠信，甚至還涉嫌內線交易等法律責任問題，這不但傷及他個人的品德和地位，亦且對中央研究院的本身，也造成了重大的傷害！
中央研究院院長翁啟惠現在一直滯美未歸，而將浩鼎案推向利益輸送疑雲的高峰。目前台灣社會的輿論約分為兩派：
一派認為中研院院長為全國最高學術機構領導人，必須高風亮節，不可以牟私利；另一派則認為翁院長有可能獲得諾貝爾獎，有著學術崇高地位，不容社會糟蹋名節。這兩種說法卻是將個人的品德與學術成就緊緊扣在一起，而誤解了科學家這一職業的本質。
據媒報導：首先，翁院長一直強調他是以科學家立場發言，個人沒有股權，以示發言客觀公正，不涉利益糾葛，結果被發現是他的家人持股。其次，翁院長說不知道女兒買浩鼎股票，但浩鼎董事長說是翁院長本人下單賣出，這雙重謊言已涉及中研院院長的政治誠信。再者，翁院長下單交易的時間點太過接近浩鼎公布解盲結果時刻，引起大眾質疑是否有內線交易，亦是合理。
這些對翁院長言行的批評與質疑，若徑以諾貝爾獎的學術光環作為護體，是混淆了學術與商業利益的界線。因為學術應該絕對是清高的，尤其是作為一個全國學術機構的首長，他不僅代表這個機構，而且還代表這個國家！他若真心想要追求商業利益，他就應該辭去院長職務，專門從事企業經營！所以翁院長的學術成就，本就不應因他的不當言行，甚或可能的刑事偵查被否定，我相信諾貝爾獎（除和平獎與文學獎外）的審查委員會，也不會考慮學術貢獻以外的因素而給獎。但他卻不能以此作為謀取商業利益的罩門！
台灣近20餘年來，因教改所衍生自高教至國教的種種問題，不正是我們太迷信於李遠哲光環，讓他越界加持一個完全不屬於他的專業領域所造成的？翁院長的爭議其實無涉藍綠意識型態，而應該是學術聖人的除魅過程。
現在我再來談一談中央硏究院的幾位前任的院長：他們是如何高風亮節，不貪圖一己之私，默默地耕耘，為學術而貢獻自己！
一，首任院長蔡元培先生：
他認為教育與學術是立國的根本，而科學研究尤為一切事業的基礎，所以他努力科學研究的促進，創建中央斫究院，就是他對我國科學事業最大的一項貢獻。因 此他還認為，中央所究院是集中專門人才，分設各種研究所，使中國科學研究進入一個新的時代。所以中研院的設立，在我國科學事業上，是極具有重大意義的。晚 年，他辭去了一切兼職，但仍保留了中研院院長的職務，以貫徹他注重學術研究的主張。
二，繼任院長胡適：
1958年4月10日早上9點，胡適就任“中央研究院”院長。就職典禮結束之後，旋即召開了研究院第三次院士會議。
這時候，冠蓋雲集，蔣介石總統與陳誠副總統都來到了院士會議現場。於是，胡適以院長身份宣布召開院士會議，之後便邀請蔣介石講話；
老蔣一上台就說：既然中央研究院為學術之最高機構，當責無旁貸地擔負起複興民族文化的大任，目前我們大家共同努力的唯一工作目標，就是早日完成反共抗 俄的使命。如果此一工作不能完成，則吾人一切努力均將落空，因此希望今後學術研究，亦能配合此一工作來求進展。老蔣在講到胡適個人時說:“我對胡先生，不 但佩服他的學問，他的道德品格我尤其佩服。
然後話鋒一轉，蔣又再度將學術研究與政治聯係起來，略謂：“今日大陸上共匪以仇恨與暴力，為其一切倒行逆施的出發點，其目的在消滅我國家之傳統曆史與文化，而其重點則為毀滅我民族固有之倫理與道德，因此胡適先生之思想及其個人之德性，均不容於共匪，而必須予以“清算”，即為共匪摧毀我國倫常道德之一例……”
意想不到的是，蔣介石的這一番說辭，竟令身旁的胡適大為不快。胡適原本笑容可掬的臉突然陰沉下來。
結果老蔣講完之後，胡先生站起來繼續答話，他的答話讓大家臉色都凝住了，他一開始就說：”總統你錯了。我個人認為，我們學術界和中央研究院挑起反共複國的任務，我們所做的工作還是在學術方麵，我們要提倡學術……” 在當時那麽威權的時代，他這樣講使全場的人臉色都變白了，氣氛非常緊張。老蔣聽到胡院長這一段話，立即怫然變色，站起身來便要走，坐在他旁邊的陳誠，趕快拉他坐下，這樣老蔣才在典禮結束後告辭離開。
隻是在胡適院長任內，就未再來過南港了。這一件事，胡院長的表現可以說確實為中央研究院在追求學術自由與獨立上樹立了一個裏程碑。
三，第六任院長吳大猷：
1984年，中央研院當時的院長錢思亮，病逝台大醫院，依照中央研究院組織法，由四十一位院士投票，吳大猷獲得四十票，成為了中央研究院第六任的院長。
吳大猷是一位國際知名的物理學家，在科學發展指導委員會誕生後不久，1967年的五月來台，且建議改組國家科學委員會。總統蔣中正接受他的建議，並由吳大猷兼任國科會的主任委員。在他沒有接任中央研究院院長之前麵，對台灣要不要發展核子武器，曾經有過相當的影響力。
那是在1964年10月，中共試爆了他們的第一枚原子彈，當然這更加引起了蔣介石和國防部的關心和憂慮。隔年二月，國防會議及有關單位決定，除非我方 也能盡速研製出原子彈，否則海峽兩岸很難取得兵力對抗的平衡。於是老蔣立即決定成立一個以專門研究原子彈為首要任務的籌備委員會，並指定國防部常務次長唐 君鉑為籌備委員會主任。當時唐君鉑??還得到蔣的批示，禮聘以色列核彈與原子能發展之父伯格曼來台，擔任此籌備委員會的顧問。
籌備期間，在伯格曼顧問指導下，先後召開多次會議，獲致六項初步結論：籌備委員會將獲致的六項初步結論，先由唐君鉑陪同伯格曼向蔣介石麵報，老蔣經詳細核閱後批示：
一，侭速為此原子彈研製計劃籌款1.4億美元，並立即成立一定名為“中山科學研究院”的機構，院址選用石門園區。
二，院內設四個研究所：（1）核能研究所; （2）火箭飛彈研究所; （3）電子科技研究所;（4）化學研究所。
三，擬訂科技人才十年培訓計劃，考選各類人才，送美、英、法、以色列等國培訓。
此即所謂的“新竹計劃”，經過四年籌備後，1966年，“新竹計劃”正式啟動，並正式命名此機構為：“國防部中山科學研究院”。首任所長為錢積彭，他 原任職航空研究院，後到美國阿崗實驗所接受核反應器理論與工程教育，回國即為當時清華大學延攬，擔任該校核工組主任。後又在美國阿崗研究所從事中子物理研 究，先後榮獲碩士、博士學位。
在“新竹計劃”啟動前一年，蔣介石曾請吳大猷，擔任“國家安全會議”管轄的“科學發展指導委員會”主席，繼而又接任“國家科學委員會”主委。老蔣蔣把 “新竹計劃”內部文件交吳大猷審閱，冀望吳大猷貢獻智慧。出乎意料，吳大猷強烈反對台灣發展核武。此外曾參加美國曼哈頓核彈研究計劃的知名物理學家吳健 雄，她也表示反對！
吳大猷陳述道：
一，是國際間防止核武器擴散的大環境。在取得鈾原料與製造過程中，美國必然會強力阻止，不利於我們對美關係；
二，研製成功後必須試驗。美歐都有沙漠或大洋作試驗場地，台灣則沒有，如在公海投擲，必然引起鄰近國家強烈反應；
三，台灣製成原子彈後，向哪個方向使用？如果是彼岸此岸地投過來投過去，那就是中華民族自相殘殺，必將禍及後代子孫，何以麵對曆史責任？我看彼岸此岸，誰都不敢貿然嚐試。
因此據二呉的解釋，台灣腹地狹小，不利於從事核子戰爭，造之何用？況且當時台灣經濟正在發展階段，核武計劃必須花費龐大經費，這樣勢必造成台灣財政的沉重負荷。
吳大猷在接任中央研究院院長職務後，他認為，中研院的組織若沒有大學學生的新血的持續投入，就如同軍隊有將無兵，因此在任職院長期間，他積極推動中研院與大學間的學術交流，許多大學的年輕學子因此得到了中研院的師資以及研究設備的補助。
此外，吳大猷也在中研院的各研究所中增設”學術谘詢委員會”，由院方聘請了國內外的學者所組成，其任務是與所內人員檢討、建議研究方針及重要學術計畫和國內外合作的事宜。
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