有關聯合政府的議題，馬吳競選總部發言人殷瑋表示，2000年總統大選前，陳水扁就曾經喊出「台灣民主大聯盟」和「全民政府」，還說「新院長一定不是民進黨籍」，和蔡英文現在的主張並無不同。
而陳水扁勝選後，確實邀請國民黨籍的唐飛出任閣揆，結果唐飛從上任到去職隻有137天，成為史上任期最短的行政院長。當時唐飛黯然下台，陳水扁還說「石頭已經搬開」。
蔡英文表示，「唐飛組閣模式」不成功，因為當時沒找在野黨談，未來她組閣前，不排除先以「黨對黨」方式協商。
國民黨榮譽主席連戰則重批蔡英文表示，能不能阻聯合政府，憲法都已經有清楚的規定，不必胡說八道。國民黨副總統候選人吳敦義說，蔡英文拋出聯合政府這項議題，很明顯就是她對民進黨的立委選情不樂觀。
當年黯然下台的唐飛，後來在回憶錄中形容自己出任陳水扁的行政院長是「跳火坑」，結果「遍體鱗傷」。唐飛因為反對停建已經蓋了三分之一的第四核能發電廠，和陳水扁意見相左，被無預警撤換。
