1.無黨籍 李敖 7,795 0.61%
2.台灣團結聯盟 周玉蔻 3,372 0.26%
3.民主進步黨 謝長廷 525,869 40.89%
4.無黨籍 宋楚瑜 53,281 4.14%
5.中國國民黨 郝龍斌 692,085 53.81%
6.無黨籍 柯賜海 3,687 0.29%
2006年,台灣團結聯盟提名周玉蔻代表該黨參選台北市市長。周玉蔻獲得台聯黨內提名之後,主張支持第三度罷免時任總統陳水扁(“三罷”),並攻擊與台聯同屬泛綠陣營的民主進步黨台北市長參選人謝長廷。2006年10 月26日上午,周玉蔻在立法院召開記者會,指控謝長廷派姚文智傳話,以「三條件」交換她退選。周玉蔻的這些行為與台灣團結聯盟的立場相左,故同年11月9日遭到台聯開除黨籍,但她並未因此而退出選舉。台北市長選舉開票後,周玉蔻共得3,372票,在六名候選人之中得票最少,竟輸給以收集賭爛選票著稱的柯賜海。
台聯人士給予的評價:
1.台灣團結聯盟提名的2006年台北市議員參選人陳建銘說:「我們肯定周玉蔻的衝勁;但是不能沒有方向,跟無頭蒼蠅一樣莽撞亂衝。如果她繼續這種不理性作法(指控民進黨提名的2006年台北市長參選人謝長廷指派姚文智傳話、以三條件交換周玉蔻退選),沒人敢跟她一起選舉。」(《爽報》2006年10月30日V8版)
2.台灣團結聯盟立法院黨團總召廖本煙說:「部分台聯民代及參選人接獲基層反映,指周玉蔻的選戰主軸有失期待,沒有端出政見,也偏離台聯『愛台灣、重本土』等核心價值。」(《爽報》 2006年10月30日V8版)
3.台灣政論名嘴黃光芹說:「周玉蔻絕對有她的問題。她之所以惹來非議,不是出在她會不會說台語,而在於她性格善於製造事端,以及選戰策略大錯特錯;兩大缺憾合而為一的結果,是動見她對內拿小雞開刀,對外則突兀地將砲口對準謝長廷。」(〈真正的母雞是李登輝〉)
4.台灣團結聯盟主席蘇進強說:「周玉蔻的個人強烈色彩與競選方式,已讓台聯支持者感到無法接受,引發媒體對台聯的負麵報導,嚴重破壞本黨團結與形象,完全失去對台聯最起碼的尊重與分際。」(2006年11 月10日《東森新聞報》:〈周玉蔻遭開除黨籍 台聯:她嚴重破壞本黨形象〉)