部分藍營人士對馬英九處理達賴事件，沒有先照會大陸，私下頗有微詞。
在民進黨操作下，馬英九前天深夜拍板批準達賴喇嘛訪台，出席南部綠營執政縣市舉行的88水災祈福法會。根據國民黨高層的說法，府方決定前並未經由國共平台與大陸協商；府發言人王鬱琦也表示，是政府內部自己作的決策。馬英九此一擱置國共平台之舉若成常態，對未來的兩岸關係發展將造成一定程度風險。
達賴訪台事件在台灣鬧得沸沸揚揚，惟經由媒體廣泛報導、討論，全案幾已定調。第一、這是綠營為了給馬英九出難題的政治操作；第二、達賴訪台是政治事件，非全為宗教事件；第三、馬英九是在壓力下批準達賴訪台；第四、部分藍營人士並不認同達賴此時抵台。第五、達賴訪台升高藍綠衝突，不利於88水災重建工作。
繼之，馬英九批準達賴訪台決策過程，也成為各方矚目焦點。從兩岸角度，基於大陸與達賴之間的敏感關係，馬政府在批準達賴訪台之前，沒有道理不先向大陸打聲招呼。馬政府從前天下午高雄市政府閃電宣布邀請達賴訪台，展開高層馬拉鬆會議，一直到深夜11時拍板定案，中間有6至7個小時。如果馬英九為了穩定政局，必須讓達賴入境，大可好好與大陸溝通，說明用意。而不是先做了決定，再對外表示“應該不會對兩岸關係產生影響。”乃至讓大陸從媒體得知訊息。
據了解，部分藍營人士對馬英九處理達賴事件，沒有先照會大陸，私下頗有微詞。包括“立法院長”王金平、府發言人王鬱琦才會統一口徑表示，“對兩岸關係應該沒什麽傷害”、“希望大陸能諒解”雲雲。相關高層為什麽要這麽說？其實正是反映，馬政府也擔心兩岸因達賴事件產生裂痕。
可以理解，府方特別強調，“邀請達賴是政府內部自己作的決策”，是不願讓綠營又大作文章批評“批準達賴訪台也要看大陸臉色”。進而防止拒絕國際援助的烏龍事件重演，被綠營扭曲成馬政府是因北京才拒絕國際援助。不過話又說回來，隻要涉及兩岸的事，綠營哪項不會見縫插針，趁機撩撥，不善於處理藍綠衝突的馬英九是否會慢慢落入綠營的框架，走向衝撞大陸的不歸路？
馬英九決定兼任國民黨主席之初，外界多把焦點放在馬任黨魁後會不會有“胡馬會”，經過這次的達賴事件，似乎更進一步嚴重到，國共平台未來能不能維係都有問題。馬英九月前將“國共論壇”稀釋為“兩岸論壇”，這次又擱置國共平台不用，這是否代表“馬主席”的調子已定？國共平台即將被送進冷凍庫？
達賴事件或許很快落幕，但馬英九少了國民黨居中磨合，如何維持兩岸和諧榮景，毋寧是讓人擔心的。這幾年來，兩岸經貿對台灣的重要性不斷升高，台灣也期待能簽署ECFA來化解東協加一、加三啟動後被邊緣化危機。在此之前，大陸不斷對台輸出善意，直航、陸客觀光、陸企來台投資，乃至這一次88水災的踴躍捐輸。但馬英九遇到像達賴這種大陸極度在乎的事情時，竟連一聲招呼都不打，未免太過不盡人情。
這次馬政府同意美軍派遣直升機來台救災，卻拒絕大陸派遣直升機、搜救隊，不難看出馬英九對美中台關係的操作。再加上這次達賴事件的傷害，如果馬英九明著推進兩岸關係，期盼大陸的善意來鞏固執政基礎；卻持續暗合綠營的主軸，走非典型的衝撞路線，這其實是有很大的風險。
回首陳水扁2千年執政之初，一度也是這樣玩，一方麵向大陸喊話，希望兩岸政策有所進展，另一方麵又與深綠糾葛不清，府院黨加上外圍組織黑白臉交相運用，想要左右、藍綠都吃，最後結果就是什麽都吃不到，愈陷愈深。
陳水扁對兩岸關係的投機做法，可以給馬政府極佳的啟示，馬英九口頭宣示“不統、不獨、不武”很簡單，個案的操作卻沒那麽容易，尤其又遇到擅長給他製造難題的民進黨。在吳伯雄擔任國民黨主席期間，“胡吳會”以及國共平台，可以發揮兩岸在兩會之外的第二軌功能，現在馬英九要黨政一把抓，在某些事情上又顯得一意孤行，少了潤滑劑的兩岸關係，與台灣的88水災一樣，都須要一次大型的重建工程。
