1989年，六四天安門事件發生後，馬英九每年6月4日都會參加相關的紀念追悼會。他堅持：「六四不翻案，統一不能談」。 2007年，他以前國民黨主席的身份發表《自由民主 兩岸對話基礎》的文章。開頭為：「今天（6月4日）是六四事件18周年，中共政權以武力血腥鎮壓了學生的民主運動，讓它多年來試圖建立的改革開放形像毀於一旦。」
2008年4月14日，他在記者會上明確表示，5月上任後，他會繼續參加悼念「六四天安門事件」活動，但形式會有所變化。他對平反「六四」的立場不會改變，是至今未變的堅持。他還相信中共遲早會改變對「六四」的態度。
今天（2009年6月4日），馬英九又發表了64事件20周年感言。馬英九指出，這段傷痛的曆史必須勇敢麵對，不能回避。任何一個政府，麵對不幸的曆史要就事論事，麵對沈痛的家屬要將心比心。唯有如此，才能避免悲劇重演。
馬英九「64事件20周年感言」全文如下：
20年前的今天，在北京天安門廣場發生震驚全球的64事件。今年，世界各地的華人社會都有紀念活動，我們認為，這段傷痛的曆史，必須勇敢麵對，不能刻意回避。
政府與人民之間的流血衝突，史不絕書，中外皆然。過去半世紀，包括美國、東歐、韓國、東南亞等都曾出現，並在社會留下了長久的傷痕。政府是為人民而存在，流血衝突造成的怨恨與恐懼不會隨時間消逝，握有公權力的政府永遠有責任虛心檢討，設法愈合傷口。
我們認為：任何一個政府，麵對不幸的曆史，要「就事論事」，麵對沈痛的家屬，要「將心比心」。唯有如此，才能避免悲劇重演。
台灣也曾經曆經類似不易化解的曆史傷痛，不論民國36年228事件或民國40年代白色恐怖時期，都製造了不少冤魂，也讓很多人失去自由與健康，許多家庭因而破碎，妻離子散，痛苦終生，人民與政府的關係蒙上怨恨與恐懼的陰影。
民國76年台灣刪除戒嚴之後，政府花很長的時間，拿出很大的決心和誠意，經由調查、認錯、道歉、建紀念碑、立法補償、恢複名譽、設國定紀念日並降半旗等係列作為，期能撫平曆史的傷痛，促進社會的和解。這一段努力實踐轉型正義與人權法治的曆史，對台灣、對中華民族，乃至對其他國家，都具有正麵意義與參考價值。
64之後20年間，海峽兩岸都發生巨大變化，大陸經濟改革成功，人民生活大幅改善。最近10年，大陸當局比過去更為注意人權議題，除參與1966年聯合國「政治與公民權利國際公約（簽署）」與「經濟、社會、文化權利國際公約（批準）外」，並多次提出「人權白皮書」，今年4月也正式公布「國家人權行動計畫」。盡管國際社會對此褒貶不一，但是這些作為顯示，大陸當局已經願意直接麵對這個議題，展現與過去完全不同的開放與自信。
過去20年間，台灣則曆經民主化的過程：解嚴之後，從開放組黨、國會改選、終止動員戡亂時期、廢止臨時條款、省市長民選，到總統直選，台灣一步一步回歸民主憲政常態。人民並以選票在8年內完成兩次政黨輪替，台灣逐漸邁向成熟的民主社會。上個月，台灣也批準了兩項聯合國人權公約，並轉化為國內法，未來將以兩年時間，徹底檢討相關國內法律，以符合國家人權的標準。
這1年來，兩岸關係開始改善，雙方敵意逐漸降低，經貿來往與文化交流日益密切。兩岸在60年的軍事衝突與政治對立之後，不約而同開始采取具體行動，關切人權議題，尤其令人感到欣慰。這種良性發展不該隻是曆史的偶然幸運，而應成為不可逆轉的趨勢，才能為兩岸人民造福。
我們認為，曆史是指引我們前進的明燈，記取曆史教訓不是為了深化仇恨，而是為了策勵未來。如今兩岸關係的緩和，已為台海和平帶來曙光。
我們認為：兩岸之間，最不需要的就是軍備競賽或外交惡鬥。兩岸之間最需要的是法治與人權的競相提升，這些普世價值應該成為兩岸人民永遠共同的語言，來為中華民族下一代子孫開創一個自由、民主的未來。這是我們對「64」20周年的感言，也是對未來和平發展的期望。（據中央社）
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