陳水扁家族貪汙案中，扁家和特偵組纏鬥，結果扁家四口人被起訴，特偵組兩名資深檢察官吳文忠、朱朝亮遭撤換。搜證過程中，特偵組軟硬兼施，譬如善待在日本的辜仲諒，使他回來指證扁嫂「收錢」。
負責偵辦扁家洗錢案的最高法院特別偵查組近期改組，兩位辦案經驗豐富的資深檢察官朱朝亮和吳文忠遭撤換，以回應監察院先前要求換人的建議。但這次人事異動，最興奮的可能是仍被收押的陳水扁，他曾透過嫡係立委高誌鵬轉述，做鬼也不放過朱、吳，對他們的恨意表露無遺。
特偵組在短短四個月內，抽絲剝繭，將複雜的扁家跨國洗錢案偵查終結，起訴陳水扁夫婦、兒子陳致中、媳婦黃睿靚等人，起訴的十四名被告中有十位俯首認罪。但陳水扁不斷運用媒體及各種關係放話幹擾，雙方展開激烈攻防。
吳文忠在檢察官論壇上引述民進黨前主席許信良曾說過的話表示，在謀略學上，近三、四百年的中國曆史上，最厲害的人是毛澤東和陳水扁，這次偵辦扁案，他真正領教了扁謀略的厲害。
陳水扁在位八年，在他第二任後期，有關他和家人斂財手法才逐一曝光，但很多罪證已遭演滅。媒體報道零八年政權交接前夕，總統府購置很多台碎紙機，作何用途不得而知。換言之，要打擊陳水扁貪腐案，對特偵組本就是難度很高的挑戰。
吳文忠接受亞洲週刊訪問時指出，特偵組的偵辦戰略很簡單，就是實力原則，當有足夠的證據就聲押被告，防止串供；若無充足證據，但被告居關鍵角色時，就以「懷柔」對應，換取對方合作，以「紅火案」遭通緝的前中信金控副董事長辜仲諒為例，他滯日不歸，特偵組檢察官越芳如赴日遊說，談好返台受審條件，辜因而回台供出許多內情，但其備受禮遇的偵訊過程，也讓外界議論紛紛。
扁案被告、前新光醫院副院長黃芳彥去年十一月離台赴美，至今下落不明，特偵組原想循辜仲諒模式策動黃返台，但過程並不順利。
扁家涉及的洗錢、SOGO案，甚至最近震動台北政壇的軍中賣官案等，都有黃芳彥穿針引線的影子。黃自知法網難逃，搶在特偵組約談前離境。吳文忠指出，特偵組透過黃一位友人和黃聯絡上，本想對其採取懷柔手段，把他當「友性證人」。事實上，黃在美過得頗逍遙自在，媒體甚至還捕捉到他與美女出雙入對的畫麵，但這隻是表象。吳文忠透露，黃芳彥罹患憂鬱症，在極大心理壓力下，一度鬧自殺，後來還是靠做過觀護人、對被告心理有相當程度了解的越芳如出麵開導，才讓黃打消輕生念頭。
黃芳彥赴美之初，並非就打算一去不回，因為他買的是來回機票。吳文忠指出，黃芳彥人在美國，台灣司法機構對他無可奈何，既不能拘捕，也無法引渡，在毫無籌碼的情況下，隻能動之以情。黃也曾釋出善意，吐露他辦公室西裝藏有一批吳淑珍的珠寶鑽石，後經專家鑑定，該首飾價值高達一億多新台幣。此前，特偵組也曾對黃進行搜索，發現他有一百多套西裝，但未搜西裝，所以並未有重大發現。
剛開始特偵組跟黃芳彥之間的互動還算不錯，但台灣媒體壞了大計。吳文忠指出，媒體將特偵組對黃芳彥的禮遇解讀為放水，並稱黃為「帝王證人」。電視談話節目中，名嘴一口咬定是檢察總長陳聰明縱放，對特偵組嚴加撻伐，因為黃曾宴請過陳，兩人素有交情。媒體打草驚蛇，讓黃更不敢返台，迫使特偵組對滯美不歸的黃發布通緝。吳文忠失望表示，「通緝等於幫阿扁，黃芳彥絕對不回來了」。
吳文忠指出，黃芳彥滯美最早由陳水扁辦公室放出消息，這是「負負得正」的反間計，故意放話表示黃滯美不歸，讓民眾反感。而黃與陳聰明的關係，很容易就讓人聯想到黃得以順利出境是陳幕後操作的結果，媒體捕風捉影的指控讓黃芳彥返台之心為之動搖。
台北地方法院審理扁案後，陳致中夫婦即請求認罪協商，盼藉此換取減刑或免刑的機會，特偵組私下對此表示歡迎。陳致中委任律師葉大慧公開表示，陳致中正積極與瑞士方麵聯繫，希望被瑞士當局凍結的錢能盡快匯回。吳文忠表示，認罪協商能否成立，「關鍵在錢是否回來」。
為取信特偵組，陳致中對特偵組交代的事絕不打折，包括國務機要費案審理，吳淑珍稱病十八次拒不出庭，但陳致中請求認罪協商後，吳的病突然好了，現在每次都出庭。吳文忠表示，這正是認罪協商的效果。
對吳淑珍而言，兒子已經認罪，丈夫卻不認罪，她究竟要幫誰，陷入天人交戰。吳文忠表示，「護夫救子是魚與熊掌，相互矛盾的」。特偵組提醒陳致中，吳淑珍缺乏安全感，要多多陪伴，陳聽進去了，舉家遷居高雄後，近日也將吳淑珍接去同住。
朱朝亮、吳文忠遭調離特偵組，原因是他們在偵辦扁案過程中，曾與扁私通電話，並卷入與扁合照等風波，監察院在糾正案中指名應將兩人調開，但除去心中之患，正合扁意。
造成吳文忠、朱朝亮被調離特偵組重要原因是私下與扁接觸。吳文忠強調，那次是不期而遇，去年七月底，他學佛師父日慧法師過世三週，他和朱朝亮前往弔祭，不料陳水扁也出現在法會現場，他們本想閃避，但被眼尖的扁家友人張瑋津叫住，他們隻好硬著頭皮留下和陳水扁閒話幾句，大約隻有三、五分鍾。
對扁懷柔策略成功
那次初遇，雙方都有不錯印象。吳文忠認為，扁趁機拉攏他們，顯然是希望特偵組手下留情，特偵組也有盤算。事實上，特偵組初步對扁採取的懷柔政策是成功的，雙方互動極佳，扁為取信特偵組，包括交出扁家兩位理財專員的名字葉玲玲、徐立德，並透過張瑋津勸陳致中夫婦返台等，皆對案情突破有相當大的幫助。
吳文忠指出，扁家洗錢流向非常複雜，當時他們試著拚湊資金流向，都無法突破，直到徐立德到案提供極為重要的線索，才讓扁家洗錢路徑曝光。因此，藉由新加坡司法互助，得以查出扁家的「海角七億」，沒有陳水扁吐露兩名理財專家身份，案情可能陷入膠著，這不能不說是扁對破案的「貢獻」。吳文忠指，陳水扁後來跟特偵組翻臉，主因是扁不滿兒媳返台仍被列被告。
吳文忠曾在電視《2100全民開講》公開表示：「起訴陳水扁有漏洞，偵辦李界木也有漏洞，才需要陳致中認罪協商來補，這樣才能扣住陳水扁和吳淑珍。」
吳文忠解釋，起訴扁有漏洞，是因龍潭購地案中，如何認定陳水扁、吳淑珍和前新竹科學園區管理局局長長李界木有犯意連絡，並不容易。尤其要證明吳淑珍和陳水扁有犯意連絡，很不容易。但也並非無法突破，關鍵就在辜講的一句話：「陳水扁講大道理，吳淑珍收錢。」讓扁構築的防火牆瓦解，坐實扁夫婦貪汙的罪名。因此，扁很氣辜仲諒。近日兩人在庭上對質，扁一句「我跟你很熟嗎？」辜以「我們的關係建立在金錢上」回應，扁頓時語塞。
國務機要費案和龍潭購地案都緊緊扣住阿扁，前者尤為致命。不過吳文忠指出，國務機要費案若要認真查下去，前總統李登輝可能也躲不掉，問題就看「上上層」要辦到什麽程度。
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