到了明朝，南曲日漸成熟，而雜劇則日趨衰落，於是南曲重新北上。嘉靖年間，魏良輔以山東左布政使致仕。退休後他專心致誌於南曲，改良了昆山腔，很快取代海鹽腔成為南曲主腔，被叫做“官聲” ，稍後就稱為昆曲。其餘聲腔由各地地方戲吸收，叫做“雜調”或“亂彈” ，入清以後又分別稱為“雅部”和“花部”。魏良輔對伴奏樂器也進行了改革。原來南曲伴奏以簫、管為主要樂器，為了使昆曲的演唱更富有感染力，他將笛、管、笙、琴、琵琶、弦子等樂器集合於一堂，用來伴奏昆曲的演唱，獲得成功。明中葉以後，又產生了不少優秀的傳世之作，南戲作品也逐漸改稱為傳奇，如梁辰魚的《浣紗記》和湯顯祖以《牡丹亭》為代表的臨川四夢。稍晚的嬗變為明清傳奇的南戲作品像《牡丹亭》 、《長生殿 》、《桃花扇》等，就用明代以來盛行的昆腔和其他聲腔一直傳唱至今，被稱為昆曲劇目。南戲音樂的遺響在“花部”中保留更多，比如溫州的甌劇（上世紀50年代前叫亂彈，當時溫州還有一種胡調，後來改叫和劇，近年好像已經消亡）和福建的梨園高甲戲幾乎可以說是南戲的孑遺。在昆曲和上述一些比較古老的聲腔和劇種中，南曲傳唱至今，當年的曲牌流傳到現在的不少。昆曲劇目中還保存有尚可演唱的元雜劇與明清雜劇，其中一些北曲的唱法，尚有若幹元代遺音。筆者年輕時在溫州聽過亂彈和胡調，恐怕現在已成絕響。
北曲和南曲雖然都是曲，但是有很多不同，決不能混淆。
首先，在宮調上是有區別的。北曲有六宮十一調，共十七調 (正宮，中呂宮，道宮，南呂宮，仙呂宮，黃鍾宮，大石調，雙調，小石調，歇指調，商調，越調，歇指角調，商角調，越角調，般涉調，高平調)。南曲中則隻有十三調 (正宮，中呂宮，南呂宮，仙呂宮，黃鍾宮，大石調，雙調，小石調，歇指調，商調，越調，般涉調，羽調)，清代傳奇常用的宮調不過九調 (正宮，中呂宮，南呂宮，仙呂宮，黃鍾宮，大石調，雙調，商調，越調)而已，叫做五宮四調或九宮。北曲用七音階，聲調遒勁樸實，以弦樂伴奏；南曲用五音階，聲調柔緩婉轉，以簫笛伴奏。
其次，采用的韻部不一樣。當然無論北曲或南曲開始都是習慣地用北方和南方當時當地的語言音韻，並沒有通用的專門韻書。元代泰定元年（1324）秋，周德清撰《中原音韻》一書，分19個韻部，沒有入聲，平聲分陰陽，後來就被奉為北曲之韻書。《中原音韻》把入聲分別歸入陽平、上聲和去聲，通常叫入派三聲。注意入聲沒有派入陰平的，這和普通話中也把入聲派入陰平不同。南曲到洪武八年（1375），樂韶鳳等奉旨編成《洪武正韻》一書。分為陰聲韻、陽聲韻22部，入聲韻10部，共32部，保留全濁聲母，能代表當時的南方語音，此後南曲作者幾乎都遵從這部韻書。
第三，曲牌各異。《康熙曲譜》（又叫《欽定曲譜》）包含北曲譜四卷，南曲譜八卷，各不相雜。北曲和南曲也有同名曲牌，例如《耍孩兒》，北曲九句，用於套曲。南曲七句，用於帶過曲。按照慣例，凡同名曲牌南曲應該標明“南”字如“南中呂”，以和北曲區別，北曲則不用標注，直接寫“中呂”“正宮”就可以。通常南北曲做套數時不能混用南北曲牌，除非南北合套，此時要逐一標明每個曲牌的南北，如上麵所舉《荊釵記 男祭》中的劇曲和貫雲石的散曲《西湖遊賞》都是這樣。
第四，組成套曲的要求不同。北曲套數必須同一宮調，一韻到底，南曲可以用不同宮調的曲牌組成套曲，而且允許換韻。
第五，曲是可以襯字的，但襯字多寡北曲和南曲明顯兩樣。北曲襯字相當多，劇曲更加如此，襯字比正文字數更多的為數不少。南曲則襯字少，有“襯不過三”的說法。
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