蔣介石率國民黨在1949年退守台灣後，為了穩固政權、防止中共滲透與內部異議，先後發動了幾次較大規模的清洗與政治鎮壓，史稱 “白色恐怖” 時期。這些清洗主要針對共產黨嫌疑分子、地方派係、知識分子與軍政體係中的異己。大致可分為以下幾個階段：
1. 初期“肅清匪諜”運動（1949–1950年代初）
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背景：1949年國府撤退台灣時，島上已有部分中共地下組織活動；國民黨軍政高層擔心台灣成為“第二個失陷的大陸”。
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做法：蔣介石下令台灣省保安司令部、軍法單位大規模搜捕“共匪”、“匪諜”，軍隊和憲警到處設崗盤查。
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特點：凡與左翼、社運、學生運動有關，或僅僅因思想、書籍、交友而被懷疑者，都可能被捕。
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知名案件：
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“基隆中學案”、“台灣省立師範學院案”（大量學生被捕、槍決或長期囚禁）
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雷震、殷海光等知識分子受到壓製
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2. “戡亂時期臨時條款”下的長期清洗（1950s–1960s）
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法律工具：1949年5月10日頒布《戒嚴令》，再加上“戡亂時期臨時條款”，賦予蔣介石超憲法的權力。
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內容：
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嚴格限製出版、結社、言論自由
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國民黨一黨專政體製全麵確立
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軍情局、保安司令部持續監控知識界、軍界、地方勢力
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特點：不僅肅清共產黨，也打擊本土精英、台籍政治力量，防止形成對中央的挑戰。
3. 軍中與黨內清洗（1950s–1970s）
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軍中整肅：蔣介石擔心軍隊中有“潛在兵變”或地方勢力，定期通過情報係統偵辦軍官（如“郭國基案”），處決或流放許多將領。
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黨內整肅：國民黨內部如有不同聲音，往往以“通匪”、“不忠”罪名遭排擠或鎮壓。
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結果：黨國體製高度集中，軍隊絕對忠於“領袖”。
4. 知識分子與社會運動清洗（1960s–1970s）
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學界：自由主義學者與《自由中國》雜誌（雷震、胡適支持）在1960年被查封，雷震被捕，象征自由派知識分子受壓製。
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社會：工會、學生運動、地方自治運動都受到情治機關滲透與打壓。
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效果：台灣社會進入高度壓抑與自我審查氛圍。
5. 1970s–1980s的延續與轉折
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延續：蔣經國接班前期仍維持監控與壓製，例如1979年的“美麗島事件”，進一步打壓民主運動人士。
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轉折：1980年代，國際環境與內部壓力使得蔣經國逐步鬆綁，最後在1987年宣布解除長達38年的戒嚴，白色恐怖時期才真正結束。
主要集中在 1949–1950年代的“匪諜肅清” 和 後續數十年的黨國體製整肅。這些行動的實質，是為了 消滅共產黨勢力、壓製本土菁英、穩固國民黨威權統治。結果是造成數萬到十幾萬人被捕、審判或處決，台灣社會長期處於白色恐怖之下。
