在前蘇聯（今天的俄羅斯）的策劃下，40年代的新疆曾經發生過一次嚴重的分裂暴亂，但是由於意識形態的原因，這一次叛亂沒有得到準確的定性，延至今日，遂釀成東突之禍。這，就是赫赫有名的“三區反革命”事件！
1944年，新疆的東突分子以盛世才的“獻馬運動”為借口，在伊犁鞏哈挑動突厥暴民發起叛亂。與此同時，在蘇聯內務人民委員貝裏亞親自坐鎮阿拉木圖指揮下，大批在蘇聯學習了特種作戰戰術的突厥極端分子也紛紛越過國境進入暴動地區，直接參與了“三區分裂暴亂”。
叛亂初期，突厥叛軍利用國軍在伊犁河穀兵力空虛的契機，取得了一些“勝利”，一度占領尼勒克。蔣介石盛怒之下命朱紹良接替了盛世才的職位調遣內地的國軍西進平叛，一舉擊潰了突厥叛軍。
蘇聯不甘心失敗，繼續向伊犁的突厥恐怖組織提供軍火及人員的援助。於是在1944年11月7日這天的夜裏，突厥暴徒在伊寧暴亂，屠殺當地漢族軍民，奸淫漢族婦女，連5、6歲的幼女都不放過，其殘酷程度超過了侵華日軍在南京的暴行。同時，蘇聯間諜、二台公路養路段段長列斯肯帶領蘇軍特種部隊在果子溝切斷了進入伊犁的唯一公路—迪伊公路；突厥極端組織頭目阿巴索夫和蘇聯彼得·羅曼諾維奇·阿列克山德洛夫率領另一支蘇軍從霍城越界潛入了伊犁市區，隨後殺害了國民政府官員，切斷了伊犁河大橋的交通。
國軍守軍一個排試圖重新奪回大橋，未出城即遭突厥暴徒伏擊。入夜，鞏哈一帶的恐怖分子繞道趕到伊寧城，開始四處進攻國軍守軍。暴動很快成功。於是這些凶殘的突厥狗再一次把屠刀揮向了手無寸鐵的漢族平民。
幸存的國軍守軍掩護一部分伊寧居民撤退到了惠遠老城和艾林巴克。殺紅了眼的突厥暴徒在蘇軍的協助下窮追不舍。12月31日，在數十架轟炸機和十門火炮的支援下，蘇軍軍官科茲洛夫指揮突厥暴徒攻下了惠遠城，國軍守將陳伯良、高煒用中正劍切腹自裁。突厥暴徒再屠惠遠。
在這樣的情況下，伊犁郊縣的很多的漢族居民紛紛逃往焉耆，結果在至玉爾都斯山被蘇軍和突厥暴徒追及，隨後就是一場慘絕人寰的大屠殺，最後生抵焉耆者隻餘三十多人。整個伊犁地區隻有艾林巴克一地的國軍還在堅守……
艾林巴克，在突厥語中為“髒園子”，位於伊寧東北，是全城最高處，北為飛機場，南是亂墳崗，原來是沙俄軍隊營房，當時是國民黨中央航空分校教導總隊。伊寧叛亂後，城內軍民退守此地約8000人。從1944年11月9日，突厥暴徒開始圍攻艾林巴克，久攻不克。1945年元月10日，國軍第45師和預備役第7師試圖救援艾林巴克，其中第45師一個團冒嚴寒跨越天山抵達伊寧東郊，遭到大批裝備精良、受過正規訓練的突厥暴徒圍殲。艾林巴克守軍見救援不成，遂決定冒險突圍，突圍後殘餘2000軍民又被突厥騎兵追擊，預備第7師副師長守將杜德孚,預備第7師參謀長曹日靈戰死，最後這批死守艾林巴克的軍民僅有800多人生還，其餘皆被屠殺。
伊寧淪陷後，大批東突分子手持大刀木棒，四處搜殺漢人。其中東北籍漢人無一人幸免，伊寧救濟院的殘廢漢人都被拖到河邊用木棒打死，數千婦女被奸汙。幾十年後，還有一些突厥人威脅漢人說：“難道你忘記伊犁河水的顏色了嗎？”，這裏說的伊犁河的顏色就是指當時大屠殺將河水都染紅了。
早在戰鬥還在繼續的1944年11月12日，突厥暴徒就匆匆忙忙成立了“東突厥斯坦共和國”，艾力汗·吐烈成為偽“政府主席”，阿奇木伯克為副主席，規定的國旗是綠地、中間是黃色星月標誌的帶有明顯伊斯蘭教標誌的旗幟。
1945年2月，伊犁偽政府發布兵役法，規定20—22歲“公民”要應征入伍，服役三年，在目前總動員時期，23—44歲“公民”也要入伍。
1945年4月8日，在伊寧市西公園,,後來的斯大林公園，現在叫人民公園,,廣場上，進行了一場東突分子的誓師大會。在大會上，偽政府主席艾力汗·吐烈發表了帶有泛伊斯蘭主義、泛突厥主義的煽動性講話，並給突厥叛軍各部隊授予標有伊斯蘭星月徽、寫有“為東突厥斯坦的獨立前進”文字的軍旗和寫有經文的白色伊斯蘭教教旗。授旗後還進行了閱兵式。
這些暴徒合計有：
1、1944年8月成立的烏拉斯台遊擊隊，也就是後來的鞏哈遊擊隊，這是伊犁叛亂的主力，人員最多。這也是伊寧大屠殺的元凶之一。
2、索夫和阿列克山德洛夫在蘇聯編組訓練後秘密潛入的遊擊隊，人員雖然少，但是裝備精良，戰鬥力很強。
3、列斯肯率領的蘆草溝遊擊隊，這個遊擊隊主要是俄羅斯族人。
4、鮑裏諾夫和伊斯哈克伯克從蘇聯帶回來的突厥騎兵。就是他們製造了玉爾都斯山和艾林巴克的大屠殺。
1945年2月開始，伊犁的國軍基本陣亡。叛亂開始向北疆和南疆發展。7月在叛亂軍和當地暴徒的夾擊下，塔城淪陷。
此時北疆的阿山地區局勢更加混亂，烏斯滿和達列力汗兩次大規模進攻承化，那裏的國軍守軍英勇還擊，將之擊潰；8月7日，一支來自蒙古的騎兵部隊和達列力汗的叛亂軍會合，第三次進攻承化，在國軍的抵抗下，仍然未能奪取承化；9月，叛亂軍獨立騎兵旅趕來，於9月6日攻破了城牆，國軍守將高伯玉率守軍和百姓3000餘人棄城北逃，希望能進入蒙古避難，但在中蒙邊境奧爾尕提達阪遭到蒙方阻攔；9日，叛亂軍趕到，殘酷的殺害了高伯玉以下國軍官兵1130人。9月20日，在阿山的暴徒被改編為叛亂軍阿山哈薩克族騎兵團，達列力汗為團長。
與此同時1945年4月，叛亂軍主力在蘇聯紅軍的步兵、炮兵、裝甲車和飛機的支援和參戰下開始向迪化進軍，到9月將戰線推進到距離迪化僅150公裏的瑪納斯河西岸。在南疆，蘇聯顧問納斯洛夫和阿巴索夫直出天山，進攻庫車，在阿克蘇一帶和國軍展開拉鋸戰。在蒲犁，以蘇聯的托合托米什為基地的恐怖組織奪取了蒲犁等地，成立了偽“蒲犁專署”，隨後開始向英吉沙、喀什、庫車進犯。10月，叛亂軍和國軍守軍對峙在這些地區。
叛亂軍和國軍對峙在瑪納斯河沿岸。國軍調集大批部隊，“死守大迪化”，第八戰區副司令長官兼參謀長郭寄鞽奉命抵達迪化，將第46師部署在綏來，在這裏成立前線指揮部，第46師師長徐汝誠擔任指揮官，以瑪納斯河為第一道防線。謝義鋒的新2軍軍部由綏來遷移到景化,,今天的呼圖壁,,為第二道防線。從青海趕來的整編騎兵第1師,,馬呈祥,,接替暫編第3師的防地，進駐迪化、景化一帶；暫3師調往焉耆。第43軍楊德亮指揮的新45師加強伊吾、哈密的防守，其中徐達率領新45師一部防守在七角井。
盡管如此，第八戰區司令長官朱紹良仍然十分擔心迪化將不保，在戰事最危急的時候，朱紹良曾經八小時內給蔣介石連發三份急電“……內乏可用之兵，外無一旅之援……迪化危在旦夕，卑職惟有以身殉職，與國共存亡，上報黨國……懇請鈞座速籌良策”。
後國軍援兵陸續開至，終於解了迪化之圍。
五十多年過去了，當年慘遭屠殺的同胞已經化為累累白骨，卻還有幾人記得他們的悲慘遭遇？當年保家衛國的國軍將士也將陸續故去，不知還有誰能記住他們為民族和國家作出的貢獻？
三區暴動的產生有其複雜的背景，近的方麵來說，盛世才統治時期長期的民族歧視政策激化了民族矛盾，還有盛世才長期和蘇聯交惡，蘇聯對中亞的擴張野心和對盛的報複心態，另外中央政府忙於抗戰無暇顧及新疆。官逼民反和蘇聯暗中支持，致使危機最終激化。
暴動初期有很強烈的仇漢行為，包括漢人和回人，當然仇外和分裂也隻是部分人的行為，到1946年5月，激進派下台，取而代之的是較溫和的阿合買提江，這表示多數人並不認可激進的排外和分裂做法。之後便是和中央張治中長期的政治訴求談判，不過之後幾年談判始終曲折，加上國內國共內戰，直到49年新政權成立後新疆駐軍，新疆問題才算告一段落。
以前此事多被稱為“三區革命”，現在已經改成“三區暴動”，稱呼的改變也表明了曆史觀在發展。
