台灣九合一選舉，國民黨大敗，也是有史以來最大的挫敗，身兼國民黨主席的馬英九總統在中常會對所有黨員道歉，辭去國民黨主席，他表示自己為敗選負責，責無旁貸，鞠躬長達10秒鍾。馬英九說，“這次選舉結束提醒我們，掌握權力，就必須謙卑傾聽”。
國民黨3日中常會，馬英九表示，身為黨主席，“我向所有支持者道歉，有負創黨先烈先賢，很慚愧，我讓大家失望了，我責無旁 貸必須為敗選負起最大責任，今天我向常會宣布，辭去中國國民黨主席職務，再次向大家誠懇道歉”。接著向現場中常委鞠躬，因選舉挫敗，加上未來黨前途迷茫， 現場不少中常委流下眼淚。
馬英九提到，所有選民的選票，都代表人民對台灣這塊土地的愛，他強調：“這次敗選告訴我們，改革還不夠快，還不能符合人民期待，國民黨在選舉中得不到多數選民支持，也許我做得不夠好，但我從來不是為了個人，是為了黨、為了國家與人民，為了讓台灣更好。”
他接著說，國民黨要努力重新贏回人民的心，希望新任主席帶領黨員合作團結，重新振作，讓人民再給國民黨一次機會，並表示雖不再是國民黨主席，但對黨、對國家忠誠和熱愛永遠不會改變。
中國國民黨主席馬英九3日向國民黨中常會請辭主席，將由副總統吳敦義（右）代理主席。
黨主席暫由吳敦義代理
中常會緊接著由副主席與中常委討論黨務人事案，除了確定由副總統吳敦義代理主席、立院副院長洪秀柱代理黨秘書長，針對外界質疑，馬辭黨主席必須修改黨章等問題，中常會將通過黨章解釋案，為不必召開臨時全代會修黨章解套。
黨務人士表示，代理的吳、洪就位後，最重要的工作就是辦理新任主席選舉，黨中央下周就會公布選舉時程，預估12月中下旬就會辦理領表、登記作業，明年1月中旬舉行黨員投票，選出新主席，1月底前新任黨主席就會正式上任。
