然而,最為悲慘的是印尼華僑,他們受到了雙重打擊。一方麵,印尼軍方以“清洗”共產黨為名,對華僑泛捕濫殺。另一方麵,開始實行嚴厲的“種族歧視”政策,嚴禁華人參政、辦學、辦報,對華人進入經濟領域實行歧視性限製和稅收。印尼政府長期的“種族歧視”,造成了印尼人對華人普遍的憎恨和蔑視。直到今天,印尼華僑仍是印尼極端分子和暴民發泄不滿、訴諸暴力的直接對象。還有一件不得不說的事情,在中國印尼關係十分友好的時期,中國政府做出了一個決定,不承認印尼華僑擁有雙重國籍,鼓勵華僑加入印尼國籍。這個決定對印尼華僑至今仍有巨大影響,使他們在受到迫害時失去了向祖國求援的著力點。