公元前60年,西漢統一西域,次年設置細雨都護府,自此,新疆正式列入漢朝版圖。
從公元327年前涼再高昌設置高昌郡開始,曆代中央政府對新疆的治理方式,由軍府製逐漸向郡縣製過渡。
公元640年,唐朝滅麯氏高昌政權後,在今烏魯木齊、昌吉、哈密和吐魯番地區推行縣、鄉、裏製度,先後建立伊、西、庭三州。三州共轄12縣,40多個鄉。
1251年,蒙哥汗即位後,便設立了別失八裏(今吉木薩爾)行尚書省。
清朝統一新疆後,在漢族聚集較為集中的巴裏坤、古城(今齊台)、烏魯木齊,及其以西直至烏蘇一帶,實行州、縣製度。
1884年清朝政府正式在新疆建省,實現了新疆與內地其他省行政製度的完全統一。
新中國建立時把新疆從省改為民族自治區,實在是自找麻煩。