1659年（順治十六年，永曆十三年）四月，鄭成功，張煌言親統大軍北上。二十八日到達浙江定海，經過兩天激戰，全殲鎮守該地的清軍，奪取了定海炮城，焚毀清水師船隻一百餘艘。如此，既解除了後顧之憂，又製造了一個進攻浙江寧波的假象，吸引江蘇，浙江清軍來援。五月初，鄭成功率領兵馬十餘萬分乘大小船艦三千餘隻從定海北上，分三撥進發，由中提督甘輝統帥前軍，鄭成功親率兵將居中，總兵陳文達殿後，浩浩蕩蕩起航向長江口進發。十九日，鄭軍由吳淞口進入長江。清蘇淞提督馬逢知（原名馬進寶）事前也已經同鄭成功有秘密聯係，他按兵不動，實際上是心懷觀望，看鄭成功是否能夠攻下南京才決定公開表態。
當時鄭成功的兵力是相當強大的。不僅出動了三千多艘船艦，十餘萬兵力，而且裝備十分精良，擁有數量驚人的進攻性火炮和彈藥。鄭軍的弱點是：一，缺少馬；二，攜帶婦女家眷。明朝末年軍事裝備已經由冷兵器為主逐漸向銃炮等熱兵器為主過渡。隻是由於當時火器性能較差，裝藥填彈費時，在一些場合下不如使用弓箭刀槍等冷兵器的騎兵機動靈活。清朝統治者雖然繼承了明代的部分火器，但總的來說更重視傳統的騎馬射箭。火器的優越性在江海水戰中能夠充分發揮，這正是鄭成功，張煌言的軍隊克敵製勝的主要原因。
六月初一日 ，鄭軍進至江陰，鄭成功以縣小不攻，直接率師北上，十六日進攻瓜州，陣斬清遊擊左雲龍，破敵滿漢兵馬數千，截斷清方用鐵鏈將船隻連接構成的鎖江防線“滾江龍”，焚毀清軍江上浮營三座，奪得大炮數十門，使得清方苦心經營的江防工事全部瓦解。同日，鄭軍攻克瓜州，鄭成功派人鎮守該城。接著，鄭軍於二十二日在鎮江銀山大破清朝江寧巡撫蔣國柱，提督管效忠派來的援兵，清鎮江守將高謙，知府戴可進獻城投降。鄭成功留下兵將入城防守，主力前往進攻南京。二十六日，張煌言帶領的一支為數不多的舟艦已經進抵南京城下。
占領瓜州，鎮將以後，南京已經近在咫尺，鄭成功本可以派主力登陸，直趨南京，以迅雷不及掩耳之勢立即攻城，並且切斷清方援軍入城的進路。可惜，他沒有這樣做，失去了一次戰機。清朝進攻貴州的部分滿洲八旗兵由荊州乘船四十艘趕在鄭成功軍抵達南京之前入城，增強了城防力量。但即便有了這支援軍，當時南京清軍實力相較於鄭軍仍然處於劣勢。
此後，清，鄭雙方展開軍事部署，這個部署直接關係到南京之役的勝負。
鄭成功軍方麵：六月二十四日占領鎮江後，行動非常緩慢。花了數日時間和精力安撫鎮江秩序，進攻南京這一頭等大事卻遲遲未進行。到六月二十八日，鄭成功認為鎮江地區已經安撫就緒，才召集各提督，統鎮會議，討論進攻南京事宜。會上中提督甘輝主張：兵貴神速，應該乘勝由陸地長驅直入，不舍晝夜兼程前進，直下南京。鄭成功開始讚成甘輝提議。可是，其他大部分將領卻認為：“我師遠來，不習水土，兵多負重，值此嚴暑酷熱，難責兼程之行也。”又提出正下大雨，河溝皆滿，不利於行軍。主張由水路前往南京。鄭成功最後竟然放棄原主張，采納了由水路進發南京的主張。
鎮江距離南京不過百裏之遙，如果由陸路直趨南京，按照甘輝所建議的晝夜兼程，那麽最多兩天內就可以到達。一些將領所提出的所謂“不習水土”“嚴暑酷熱”雖然有一定道理，但如果比較於以遼東和北方人為主組成的清滿，漢軍隊，就很難有說服力。而至於正逢大雨，不利陸軍行軍，更是說不過去，因為清方援兵由上海，杭州等地趕赴南京，相比鄭軍路程要遠得多，竟然在決戰之前進入南京，這說明鄭成功和他的多數部將缺乏戰略目光，太過依靠和拘泥於自己擅長的水上作戰了。（待續）
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