這case沒有什麽複雜的吧？

首先H1三年免稅是有條件的。非贏利機構，直接從中國大陸簽出。在美國後轉的都不適用。
其次，你０６年來美，肯定不是這種到非贏利機構的簽證，所以你從開始就不能享受免稅條款。而你０８年後在美國轉為非贏利機構的H1，不符合從中國簽出的原則，故你會作為美國納稅人對待，和你０５年B1/B2根本沒關係。
如果你學校的人這麽說，你就會死心，而不是糾結於那１１天。
這事和那１１天根本沒關係。
最後，即使你是回中國簽出的H1，還要看你在中國的逗留時間超過１８０天沒？如果沒有，你仍然不能作為中國納稅人員對待。

除非你沒說清楚，否則那幾千塊是省不了的。