問個報稅與綠卡申請的問題，謝謝！

我在紐約市工作，一個孩子隨我住在紐約，老公在外州工作，我們兩人都扣稅了。周末去報稅時，會計師說我們的主要居住地是紐約市，我老公要補紐約市稅和紐約州稅，大概要補幾千刀，老公在外州扣的稅大概可退回一半（$900）。是這樣的規定嗎？這樣下來，我老公等於交一個半州稅和一個紐約市稅。我們可以分開報稅嗎？查出來會對我們的綠卡申請有影響嗎？我們也不想這樣作，可是幾千刀對我們是很大一筆錢，而且覺得很不公平。以前上學其間，都是老公自己作稅表，也不懂，我們夫妻都是分開報的，也沒人查我們。