1989年6月5日，被中國政府通緝的方勵之李淑嫻夫婦畏罪潛入美國使館文化處尋求“庇護”。美國駐華大使李潔明聞訊後，考慮再三，不敢接受這一 請求，生怕此事對使館不利，便派使館政治處的官員博格哈特和盧賽爾與方夫婦交談。二人向他們說明：給予“庇護”會引起很多麻煩。如方一家住下，其他被通緝 的人也跑來，使館將無法應付。他們建議方勵之另找地方躲藏，或實在無處去，美方可給辦出國簽證，方夫婦可設法逃往國外。經過3小時的勸說，方夫婦同意留下 護照。請美方辦簽證次日自行去取。李潔明如此處理，是根據美國國務院過去曾對駐外使館做過的規定，即不要輕易接受庇護申請，否則將給使館帶來麻煩。
美國駐華使館當即將上述過程申報國務院。國務院中國處代處長貝德爾接到申報後，立即表示不同意見，認為過去的規定隻適用於一般情況，是針對 不明身份的人闖入使館而製定的。他認為現在是美國支持的“知名不同政見者”在危機情況下求救於美國使館，若拒之門外，一旦遭受不測，讓美國公眾得和後，必 然興師問罪。貝德爾於是緊急請示副國務卿金米特、還打電話給白宮主管官員，提出自己的意見，得到上級批準後，他立即向使館下達指示：馬上接受方勵之入館。
李潔明得到指示後，即派博格哈特和盧賽爾二人前往尋找方夫婦。此時方勵之夫婦已在身份特殊的美國人佩裏•林克護送下到了建國飯店，住進《華 盛頓郵報》駐華記者馬修斯的房間（馬修斯去上海出差）。博格哈特這次對方夫婦優禮有加，不但同意他們進使館，還說“你們將是布什總統的客人”。
他們四人像間諜一樣行事，從建國飯店後門溜出，進入事先等候在那裏的小麵包車，直奔李潔明的大使官邸，把方夫婦安置在官邸的客房內。那時李 潔明的大批家具行裝尚在運輸途中，室內空空如也。李潔明自己還在三裏屯公寓內住著，因此方勵之夫婦成了官邸的惟一住戶。美方規定，夜晚方夫婦不能開燈，白 天不能出門，絕對不能讓中國警衛人員發現行蹤。
中國政府很快就得知方勵之夫婦的下落，不但馬上增派警衛把官邸團團圍住，嚴查出入人員，而且兩天後，即6月8日，外交部副部長朱啟禎就召見 李潔明，嚴正警告美方，方勵之犯有策動動亂的罪行，美方庇護這種罪犯是幹涉中國內政，中國政府對此表示極大的遺憾，並提出嚴重抗議。
從此，美國非法庇護方勵之便成為中美政府間的一場嚴重外交交涉，長達一年之久。
李潔明正式遷入官邸後，便叫方夫婦遷出客房，重新把他們安置在官邸大院後麵的醫務室內。原來的門診室成了臥室，化驗室成了廚房，牙醫室成了電腦房和工作室。室內窗簾都拉上，大門加固，全室安裝報警係統，任何人不準入內，還安排了專人為方夫婦采購食品、選送書報。
李潔明不輕易與方夫婦會麵，有事要見時都安排在夜晚。等中國工人、傭人皆已離去，才偷偷與方見麵。
有一次，美國的泰德•肯尼迪參議員委派一個叫希爾的人來見方勵之，要發給他羅伯特•肯尼迪人權獎章。李潔明不但同意讓二人暗中會麵，還讓方有充足的時間寫出發言稿，讓希爾帶走。後來證明，那篇發言充滿反華言論，連美國國務院也對此事不滿意。
李潔明曾製定一項計劃，想用外交信使郵箱或男扮女裝偷運方勵之出境，被美國國務院製止。中方聽到風聲後也向李清明提出交涉，不得偷運方離開北京。李潔明隻好作罷。
方勵之夫婦待在美國大使官邸內，對中美兩國都成了提心吊膽的事。對中國來說，總怕他通過化裝隱蔽在汽車內逃出。因此加強了對美國大使官邸的 警力和檢查，不勝其煩，而且更重要的是美國反華勢力常以此製造反華輿論。對美國來說，也如魚刺在喉，不吐不快，但又吐不出來，造成了極大不便。
第一個提出解決此難題的是鄧小平。1989年11月7日—10日美國前國務卿基辛格訪華時，鄧小平提出了恢複中美關係的“一攬子解決建 議”，包括雙方談判解決方勵之間題和美方解除對中方的製裁等。當時鄧小平指出，在方勵之承認違法的基礎上了中方可讓他離境，但美方要保證他不得從事反對中 國的政治活動。基辛格認為這一方案是可行的。向布什總統轉達。美國政府幾經考慮後、由副國務卿伊格爾伯格向中方作出正式答複；（一）由李潔明大使就近與中 方討論解決方勵之問題的辦法：（二）中美關係的其他方麵由中國駐美大使朱啟禎與美方代表在華盛頓會談；（三）歡迎雙方就經濟合作上的大項目進行研究； （四）原則同意邀請江澤民總書記在明年合適的時間訪美，以完成關係正常化的進程。從美方的答複來看，似乎頗有誠意。但由於隨後東歐政局發生劇變，美方錯誤 地對國際形勢進行重估，放棄了與中國改善關係的努力，使上述答複中的大部分內容落空或未談出結果，隻剩下關於方勵之問題的談判還在持續進行中。
關於方勵之問題的談判是由外交部副部長劉華秋與李潔明大使進行的。這一談判延續的時間很長。直到 1990年6月 25日雙方才達成諒解， 主要內容是：在方勵之承認錯誤的基礎上（方書麵承認他的言行違背了中國憲法的有關規定），中方以健康原因批準方勵之夫婦出國就醫。方夫婦出境後，先在英國 住了半年，後又移至美國賓夕法尼亞州的普林斯頓大學待了一段時間。最後落腳在美國南方的亞利桑那大學。方夫婦出境後過了一段時間，中方也批準他們的兒子去 美國。
這一案件的解決，雖未能使美方全麵解除對中國的製裁，但部分製裁得以取消或放鬆，如當月美國宣布不再阻撓中國取得世界銀行貸款。更重要的是，它對緩解中美緊張關係起了一定作用，對布什總統當月宣布無條件延長對中國的最惠國待遇創造了較為有利的氣氛。
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