軍事行動的短期目的是抓捕奧薩馬·本·拉登及其他阿爾基地組織首領,防止阿爾基地組織進行其他的恐怖攻擊,結束阿富汗成為庇護恐怖分子避風港,摧毀恐怖分子的訓練營和基礎設施,解除毛拉·奧馬爾和他的塔利班政權。長期的軍事目的是結束恐怖主義,阻止個別國家對恐怖主義的支持和使阿富汗重歸國際社會。