東突組織被英美等國政府認定為恐怖主義組織，但並不包括世界維吾爾人大會，後者主張和平方式爭取獨立所以不會被認為是恐怖分子

2007年6月，參加第六次中美執法合作聯合聯絡小組會議的美國聯邦調查局副局長托馬斯·富恩斯特在北京回答記者提問時表示，聯邦調查局的首要任務就是調查恐怖分子的活動，聯邦調查局正與中華人民共和國公安部合作，調查“東突”勢力在國際恐怖活動中發揮的作用，以及“東突”與“基地”組織的關係。^[103]

巴基斯坦當局在2002年將東伊運加入恐怖組織名單。2003年10月2日，東伊運發起人之一艾山·買合蘇木在巴基斯坦、阿富汗邊境的一次反恐怖聯合行動中被巴基斯坦軍隊擊斃。2010年3月1日，巴基斯坦情報機構和塔利班官員證實，東突組織“突厥斯坦伊斯蘭黨”頭目阿卜杜勒·哈克·阿爾-蒂爾基斯坦尼在巴基斯坦，被美軍無人機發射的導彈擊中身亡。

英國內政部在2016年7月15日將東突厥斯坦伊斯蘭運動加入恐怖組織名單。^[104]