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2019年12月26日,呼吸與重症醫學科醫生張繼先首次發現此不明原因肺炎,並懷疑該病屬傳染病[71]。12月27日,廣州微遠基因從武漢中心醫院提供的病人樣本中首次發現存在新冠狀病毒,於28、29日前往武漢親自向醫院、疾控中心匯報分析結果[72]。12月30日,武漢市衛生健康委員會醫政醫管處發布兩份文件以下達救治措施[注 8],該文件於晚間在網上廣傳。12月31日,武漢市疾控中心向傳媒證實文件屬實,並發布情況通報[注 9],開始向公眾通報病例,指正在查證是何種肺炎[73]。2020年1月3日,國家衛健委辦公廳發布通知,要求任何機構不得擅自對外發布有關病原檢測信息或實驗活動結果[72]。1月5日淩晨,複旦大學上海公共衛生臨床中心張永振團隊從武漢中心醫院提供樣本中檢測出一種新型SARS樣冠狀病毒,獲得病毒全基因組序列,於當日向上海市衛健委和國家衛健委報告[72]。1月6日,中國疾病預防控製中心內部啟動二級應急響應[72],1月15日轉為一級應急響應[74]。1月7日,中共中央總書記習近平在中共中央政治局常委會上提及了武漢的肺炎疫情[75][76]。