二是杭城初建時，錢唐門內有一座可算是寶石山餘脈的土阜。這座小山據明代田汝成的《西湖遊覽誌》記載：“ ……高可三丈，廣不滿百步，弄虎出焉，故名虎林。”可見當時甚至在杭州城內還有老虎出沒，新建的杭城，其北門在虎林山的北側，所以就叫虎林門，這是杭州又名虎林的原因。唐朝建立後，唐高祖李淵的祖父叫李虎，為避諱，才把虎林門改稱武林門，直到現在還保留武林門這地名。不過避諱的說法恐怕不確切，因為如上所述，早在班固寫《漢書》的時候就已經有武林山、武林水的說法。何況不遠的蘇州虎丘當時也沒有改成武丘或別的名字，虎林訛成武林的原因更可能是浙北方言中“虎”字和“武”字發音相近。
西漢承秦製，杭州仍稱錢唐，又被稱為“泉唐”。漢武帝元狩二年（前121）廢江都國之前，錢唐是漢初一些侯國的屬地，此後仍歸會稽郡管轄。漢平帝元始四年（4）改錢唐縣為泉亭縣，王莽建立新朝承襲之。東漢初，複錢唐縣舊名，但被劃歸郡治在吳縣（蘇州）的吳郡。這時北麵寶石山腳和南麵萬鬆嶺下的海灘已經合攏，錢塘江帶來上遊的泥沙，在現今的杭州市區繼續淤積，陸地麵積逐漸擴大，上麵開始有人居住，農田水利興修也初具規模。武林水給杭城先民帶來生活和生產必需的淡水，但潮水倒灌時就不能用了。
為了抵禦海潮侵襲，《錢唐記》中說東漢時會稽郡的郡議曹（官職名）華信在縣東一裏許修築了杭城的第一條海塘，西湖從此與海隔斷，成為內湖，也是杭城先民的唯一水源。《錢唐記》又說：“明聖湖在縣南二百步，縣西有石姥山”。按明聖湖是南朝時期西湖的名字，石姥山即寶石山，可見南朝劉宋時錢唐縣政府已經從初設縣時的北高峰東麓搬到寶石山東北山腳下，今天的浙江省人民大會堂附近。該地離那時的海邊約一裏路，那麽華信所修建的海塘，應該就在今天杭州延安路稍東一點，北起寶石山南到萬鬆嶺，大體與西湖東岸平行。
三國時期，杭州屬於吳國的揚州吳興郡。因外族相繼入侵，晉室南遷，東晉初年南方沒有北方那樣連年戰亂。錢唐縣因有山川湖澤之利，北人南遷有不少在此定居，人口增長很快，促進了江南和錢塘江兩岸經濟文化的發展。此時已有印度佛教徒來東土傳教，也有來到江南的。靈隱一帶的山峰怪石嵯峨，風景絕異，當時有一個來到錢唐的印度僧人慧理見到和現在的靈隱寺隔澗相望的小山以後稱：“此乃中天竺國靈鷲山之小嶺，不知何以飛來？”，於是就叫它“飛來峰”。晉成帝鹹和元年（326）他就在飛來峰下建佛寺，因為他認為此地乃神靈隱居之地，故取名為靈隱寺，從這個時候起才有靈隱的名字。靈隱寺不僅是杭州最古的佛寺建築，也是江南最古老的名刹。差不多同時，道教也在西湖一帶留下活動蹤跡，葛嶺就是因為東晉著名煉丹術士、抱樸子葛洪在此煉丹而得名。
隨著人口的增加，梁武帝太清三年（549），升錢唐縣為臨江郡，從此上升為郡一級的治所。陳後主禎明元年（587），又改稱為錢唐郡，下轄錢唐、於潛、富陽、新城四縣，屬吳州。 隋王朝建立後，廢郡存州縣，開皇九年（589）平陳，改錢唐郡為州時，置餘杭縣並將州治移於此處，因名杭州，下轄錢唐、餘杭、富陽、鹽官、於潛、武康六個縣，這是曆史上第一次出現杭州的名字。錢唐縣成為杭州的屬縣，次年（590），把州治從餘杭移到錢唐縣城內。
