平等性的世間

我旅經這紅塵,因著一株帶露的白蓮,而停留了片刻 。。。
個人資料
平等性 (熱門博主)
  • 博客訪問:
正文

癌症的一些切身體會(八)預測癌症的發生

(2022-11-10 09:51:20) 下一個

癌症的一些切身體會(八)預測癌症的發生

平等性

前麵幾篇講了癌症的預測,以及預測因子和生物標誌物,有朋友提到了最近頗為流行的液體活檢,並問我液體活檢和生物標誌物有什麽關係。這一篇我先來談談液體活檢的事兒,再介紹一下關於癌症的預測模型。

根據教科書上的解釋,液體活檢是指一種從血液等非實性生物組織中取樣並分析,主要用於診斷或監測腫瘤疾病的方法。液體活檢的主要檢測指標,是血液中的循環腫瘤細胞(circulating tumor cells, CTC)和循環腫瘤DNA(circulating tumor DNA, ctDNA)。因為CTC和ctDNA直接與腫瘤有關係,因此我們可以通過血液取樣,利用細胞分離和測序技術,使用液體活檢技術來幫助醫療工作者估算CTC和ctDNA的數量,這樣就能夠顯著提高腫瘤的預測精度和治療的準確性。

因為液體活檢技術主要是通過抽取患者的外周血液進行檢測分析並獲得腫瘤的相關信息,這樣就不會對被檢測者造成任何創傷,操作起來也方便快捷,而且能夠反複取樣,易於實時檢測和監控。從血液中獲得的CTC和ctDNA可以是來源於實時的腫瘤組織的任何部分,同時也包含了異質性的各個方麵,因此能夠更全麵地反映腫瘤的全貌。有研究顯示,CTC和ctDNA攜帶的信息各有側重,其中ctDNA相比較CTC會更實時,更能夠動態地反映人體內腫瘤的變化情況,所以在現有的癌症預測中使用得最為廣泛;不過CTC也非常重要,它不僅包含了DNA信息,還有RNA和蛋白質信息,因此能夠全方位地揭示腫瘤特征。總的來說,這兩者的相互結合,對於癌症預測的作用更大。

通過前麵的介紹,我們可以看出液體活檢是一整套生物信息技術,它所提取的CTC和ctDNA其實也是屬於生物標誌物的範疇。而不管是利用液體活檢,還是利用其它生物標誌物進行癌症的預測和確定精準治療方案,都需要用到我前麵幾篇所提到的統計模型和機器學習的方法。

大家可能都聽說過數學模型,也就是用抽象化的數學公式去描述現實世界的規律,最有名的幾個數學模型,有勾股定理,牛頓的三大定律,麥克斯韋的電磁方程組,愛因斯坦的質能公式,等等。這些都是在理想情況下,將確定性的規律定量化的經典。但是,在實際生活中,還有很多的規律是具有不確定性的。比如說,天氣變化,量子態的分布,股市起伏,以及和這一個係列有關係的,癌症的發病率和生存預期。

對具有不確定性的規律進行歸納和總結,就需要用到統計模型。而統計模型的基礎,一個是數據,一個是概率。研究概率是對生活智慧和經驗的總結,是個極其實用的法門,我們日常的生活中其實也在不自覺的運用概率而幫助我們的決定。比如說天陰了出門要拿傘,打雷了就最好不要出門,甚至在疫情期間去人多的地方戴口罩,都有一個根據概率做出相應決定的過程。

概率的基礎就是差異和分布,通俗的說就是多種可能性。最簡單的例子就是拋硬幣,有可能是正麵,也有可能是反麵;複雜一點的是擲骰子,一到六,哪一麵都有可能。這個就叫差異。簡單點說,就是即使給足了條件,也不會隻有一個結局,這個是和決定論的最大不同。然後就是分布,也就是每一麵出現的可能性。

建立統計模型,就是需要在收集的數據基礎上建立概率分布的模型,然後根據這個模型去計算具體的概率分布值,並作出相應的判斷和執行。有一些人因為不確定性,就走向了不可知論。他們的理論是,既然事情的真相或發展都有不同的可能性,那麽不如什麽結論都不做,反正怎麽也說不準。這個當然不對,因為如果能深入了解不確定性,並且能夠量化概率並總結出規律,是可以有效幫助我們作出最優化判斷與決策的。在進行癌症預測的時候,我們就是基於曆年收集來的所有致癌因子和生物標誌物,建立一套最符合實際發生率的統計模型,並對新的樣本進行預測,來精確計算發病的概率。

這是統計模型,那什麽又是機器學習呢?機器學習和傳統的統計模型其實是有很多交叉的,一般來說,機器學習是建立在大樣本和高維數據的基礎上,運用更複雜的計算方法,包括了一些人工智能的算法,來建立預測模型的,比如說,決策樹,隨機森林,神經網絡或深度學習神經網絡,蒙特卡洛方法,等等。也就是說,統計模型和機器學習的最終目的,在癌症預測這一點上是一致的,都是為了提供更精確的癌症預測。

正因為癌症的預測是基於統計模型和機器學習,所以它們所得到的,都是概率判斷。概率判斷並不能保證百分百的正確,但是它們可以顯著提高預測的成功率。有些學術界的人士對這些預測模型有所質疑,尤其是擔心那些關於預測的假陽性,假陰性,以及相關的成本和風險是否超過了挽救實際壽命的可能收益。為什麽呢?這是因為建立這樣的預測模型,必須進行回顧性研究,並收集和存儲大量的患者和健康人群的數據。這樣的研究,往往非常燒錢,因此這些大型的研究幾乎從未由私營部門完成,基本上都是由政府提供讚助。因此,用於早期檢測大多數癌症的血液測試的使用範例在幾十年內進展甚微。比如說,在美國,PSA仍然是唯一廣泛使用的用於癌症篩查的血液試驗,且甚至其使用已成為有爭議的。在世界上其它地區,尤其是遠東地區,檢測各種癌症的血液檢測更為普遍,但幾乎沒有標準化或經驗性方法來確定或改善世界這類地區這類測試的準確性。

我自己的看法是,研究都是一步一步的向前發展的,總的來說,統計模型和機器學習係統對於分析信息,幫助我們進行癌症預測和判斷,是起到了顯著成效的。不過盡管現在已經開發了很多的癌症預測和決策係統,但是這樣的係統在醫療實踐中並未廣泛使用,而且因為這些係統遭受了限製,從而無法將其融入到衛生組織的日常操作中。其它還有一些具體實施中的難點,比如說患者數據的錄入繁瑣,需要檢查的項目太多太昂貴,預測模型背後的機理不太透明,等等。

現在的液體活檢,對預測全癌(overall cancer)的敏感性和特異性都達到了相當高的精度。當然,液體活檢技術目前也存在著很多局限性,比如說,液體活檢對區分不同癌症的精確度也還有很大的提升空間,而且無論CTC還是ctDNA在血液中都極其微量,需要更好的技術來增加儀器檢測的靈敏度。現在液體活檢的使用成本較高,應用範圍不廣,主要還是在實驗室的研究階段,到臨床的大規模應用還有很長一段路要走。將來液體活檢在癌症的早期診斷中究竟能達到多及時?液體活檢揭示腫瘤動態變化的反應有多靈敏?對每個特定種類癌症的敏感性與特異性如何?它與現在做為金標準的病理組織活檢的相關性有多高?這些都是當前液體活檢技術亟待解決的問題。

我自己覺得液體活檢是個非常有前景的方向,使用血液測試的方法和技術所收集的數據,建立並提供更多更精確的統計模型和機器學習係統,可以極大程度的幫助癌症的早期檢測和預測。

(本文圖片來自網絡)

癌症的一些切身體會(九)

[ 打印 ]
閱讀 ()評論 (62)
評論
平等性 回複 悄悄話 回複 '深度思考' 的評論 : 是的,現在的大數據和深度學習的深入,讓我們對預測癌症有了更多的手段。當然,這也需要在方法論上麵有大的突破,比如說,現在對不同種類癌症的區分,特異性並不高,值得更深入的探討。
深度思考 回複 悄悄話 現在最有前途的,是大panel DNA檢測。一個檢測查很多癌症。另外免疫療法的response預測也是熱門研究方向。
平等性 回複 悄悄話 回複 '亦緣' 的評論 : 謝謝亦緣!周末愉快!
亦緣 回複 悄悄話 看來血液檢測挺靠譜的,希望技術和精度很快提高
平等性 回複 悄悄話 回複 '彩煙遊士' 的評論 : 彩煙好問題。我覺得如果再過500年,如果人類還沒有滅亡的話,從一滴血真的有可能能檢查出所有的癌症。問題是,那位現在就拿出來忽悠大家,就和共產黨忽悠我們共產主義的偉大理想一樣,不是騙子又是什麽呢?
彩煙遊士 回複 悄悄話 那是不是加州“女喬布斯”的一滴血查癌症,也是有一定的道理的?
平等性 回複 悄悄話 回複 '南山烏鴉' 的評論 : 南山兄太客氣了,大夥兒一起交流,豈不快哉!
南山烏鴉 回複 悄悄話 回複 '平等性' 的評論 :

謝謝平教授。
平等性 回複 悄悄話 回複 '亮亮媽媽' 的評論 : 亮媽說得對。後麵這幾個問題,都有可能是將來癌症研究的課題,研究無止境呀。周末愉快!
平等性 回複 悄悄話 回複 'xiaxi' 的評論 : 謝謝暇西,周末愉快!
平等性 回複 悄悄話 回複 '黑貝王妃' 的評論 : 唉,這個疫情,真的是沒完沒了。不過,總算是毒性下降得比較多,我身邊的朋友,有好多最近感染了新冠,都是休息了三四天就好了。最近,別的流感病毒和細菌感染也來勢洶洶,老姐在旅途還要多加注意。
亮亮媽媽 回複 悄悄話 學術論文級的文章在平教授筆下變得通俗易懂。後麵的問題也許會成為癌症研究的好課題呢。讚!
xiaxi 回複 悄悄話 繼續學習!平等老師周末快樂!
黑貝王妃 回複 悄悄話 回複你的問題:東京一切如常了,但最近疫情又回升,大家都戴口罩好一些,我也很注意。要在這邊住一陣子呢!
平等性 回複 悄悄話 回複 '雲霞姐姐' 的評論 : 很高興看到雲霞!咱們還分什麽應用不應用的,都是為了治病救人,心都連在一起了嘛 :)
平等性 回複 悄悄話 回複 '無法弄' 的評論 : 謝謝弄弄!活檢是現在癌症診斷的金標準,隻不過很繁瑣,對取樣者也有一定的傷害。液體活檢的確是個非常有前景的方向。
雲霞姐姐 回複 悄悄話 來看平等兄,都學醫,我們是實用醫學,你是應用醫學,好高深哦,先默默地點個讚,以後再慢慢跟學吧
無法弄 回複 悄悄話 謝謝科普!活檢精準度高,對判斷起決定作用。希望這塊發展快些,拯救更多的人群:)
平等性 回複 悄悄話 回複 '我心依舊2008' 的評論 : 多謝依舊兄支持,周末愉快!
我心依舊2008 回複 悄悄話 多謝平等兄科譜,學到許多知識,祝周末快樂!
平等性 回複 悄悄話 回複 '梧桐之丘' 的評論 : 哈哈哈,可不是嘛 :) 多謝梧桐兄鼓勵,周末愉快!
平等性 回複 悄悄話 回複 '梅華書香' 的評論 : 多謝梅華姐,祝吉祥如意!
平等性 回複 悄悄話 回複 'spot321' 的評論 : 點點太客氣了,周末愉快!
平等性 回複 悄悄話 回複 '水沫' 的評論 : 謝謝水沫,周末愉快!
平等性 回複 悄悄話 回複 '南山烏鴉' 的評論 : 南山兄這個問題問得非常好,這也是現在液體活檢的局限所知。就像我在文章描述的,現在的液體活檢對預測全癌(overall cancer)的敏感性和特異性都達到了相當高的精度,但是,對不同類型癌症的區分,還有一個很大的瓶頸。這一點,還亟待有一個技術上和方法論上的突破。
平等性 回複 悄悄話 回複 '花似鹿蔥' 的評論 : 謝謝花姐,周末愉快!
平等性 回複 悄悄話 回複 '水星98' 的評論 : 多謝水星兄鼓勵!概率統計的確是太重要了,特別是在醫學研究領域。
平等性 回複 悄悄話 回複 '清漪園' 的評論 : 謝謝清漪園,周末愉快!
梧桐之丘 回複 悄悄話 記得平等性這個ID就好了,以後要查資料,就到平兄博客去找。謝謝平兄,辛苦了。
梅華書香 回複 悄悄話 周末快樂,喜樂安康!!
spot321 回複 悄悄話 太專業了。學到了許多知識。
水沫 回複 悄悄話 謝謝平等科普,學到了不少知識~~周末愉快~~
南山烏鴉 回複 悄悄話 回複 '平等性' 的評論 : 謝謝平教授。液體活檢能測出具體那種癌症嗎?
花似鹿蔥 回複 悄悄話 平等費心好科普!但願人類早日攻克癌症!
水星98 回複 悄悄話 很喜歡讀平兄的這個係列,清晰透徹,明白易懂。我教過多年概率統計,這一集尤其親切。謝謝!
清漪園 回複 悄悄話 謝謝專家科普。
平等性 回複 悄悄話 回複 '越live越精彩' 的評論 : 非常感謝您的支持和鼓勵!我會堅持寫完這個係列,希望能對大家有所助益。
平等性 回複 悄悄話 回複 '南山烏鴉' 的評論 : 謝謝南山兄!現在基因測序和確定癌症高危人群的工作已經非常深入。而運用幹細胞治療癌症的研究,還在不斷發展,離實際的臨床應有還有一段距離。我也很希望將來會有更多更有效的突破。
平等性 回複 悄悄話 回複 '悉采心' 的評論 : 多謝采心!我覺得要做一件事就把它做好,多花一點時間是應該的。周末愉快!
平等性 回複 悄悄話 回複 '曉青' 的評論 : 謝謝曉青姐鼓勵!
越live越精彩 回複 悄悄話 平教授寫得真好,點讚!我第一次看到這麽先進的檢測技術,希望可以讓病人早檢測出來癌症,盡早治療,挽救更多的生命。
南山烏鴉 回複 悄悄話 謝謝平教授的科普。不知道有沒有基因檢測技術,什麽樣的人最易得癌,然後還有關於幹細胞神乎其神的技術應用在治療癌症了嗎
悉采心 回複 悄悄話
嚴謹抽象而又表達清晰,還能讀出花功夫準備的誠摯。很多衍生而出的數學概念,都是超過期待的大福利:)

曉青 回複 悄悄話 學習了!
平等性 回複 悄悄話 回複 '山鄉不仕老了' 的評論 : 山鄉兄說得非常好!是的,液體活檢雖然有很多的優點,但是這項新技術的使用成本較高,應用範圍不廣,從實驗室到臨床上大規模應用還有很長一段路要走。就如山鄉兄所言,目前還沒有到普遍應用的階段。
平等性 回複 悄悄話 回複 '歲月沈香' 的評論 : 謝謝沈香!是這樣的,液體活檢現在還是主要用在實驗室裏,做為前沿研究的階段。如果要廣泛運用到臨床實踐,還有很長的路要走。首先檢測的精確性和穩定性還需要進一步提高,另外就是一個立法的問題。當然,我覺得這是一個很好的方向,很有前景。
山鄉不仕老了 回複 悄悄話 平等兄好文!
讚!
液體活檢在臨床應用上還有許多地方有待改進。目前還沒有到普遍應用的階段。(not a part of standard care)
許多醫療保險還不能報銷。也限製了應用。
歲月沈香 回複 悄悄話 讚平等性好文!講得非常清晰易懂!液體活檢好像現在開展不普遍,我在台灣都沒有做過,我術後每半年一次複查,隻是肺部CT和一般血液的癌胚抗原的檢查,下次複查時我問問醫生,能否做一次液體活檢,預測我的癌症預後情況。謝謝平等性辛苦介紹!順祝平等性周四愉快!
平等性 回複 悄悄話 回複 '杜鵑盛開' 的評論 : 杜鵑說得對!這一篇比較專業化一點,下一篇應該會更通俗一些。
平等性 回複 悄悄話 回複 'momo_sharon' 的評論 : 現在的血液檢測還隻能提供是否患有癌症,對特定的癌症類型還不能準確判斷。不過,科技是在不斷進步的,相信將來還會有更精確的預測手段。
平等性 回複 悄悄話 回複 '菲兒天地' 的評論 : 謝謝菲兒!
平等性 回複 悄悄話 回複 '姍姍d來遲' 的評論 : 多謝多謝!
平等性 回複 悄悄話 回複 '南山鬆' 的評論 : 多謝鬆鬆一直跟讀鼓勵!
平等性 回複 悄悄話 回複 '海風隨意吹' 的評論 : 謝謝海風!
杜鵑盛開 回複 悄悄話 這篇更偏專業,學校分享!
momo_sharon 回複 悄悄話 好專業!日本現在也通過血液來檢測癌,確實很方便。隻是不知準確率有多高,要什麽等級的癌症才能檢測出。
菲兒天地 回複 悄悄話 回複 '姍姍d來遲' 的評論 : +1

一如既往的的翔實,多謝平等兄科普!
姍姍d來遲 回複 悄悄話 學習了!博主這個係列幫助太大了。感恩。
南山鬆 回複 悄悄話 又學到了不少知識,謝謝好分享。
海風隨意吹 回複 悄悄話 謝謝平等科普好文,長知識了。
平等性 回複 悄悄話 回複 'Dayoufan' 的評論 : 好久沒看到扇兄,問好!很高興你喜歡這個係列。
Dayoufan 回複 悄悄話 總讚平兄分享這個係列,學到不少東西。
[1]
[2]
[3]
[尾頁]
登錄後才可評論.