聲明：我不是病毒學專家，對基因學也一知半解。也沒有什麽內部消息，所有有關知識都是從網上得來。這篇文章隻是試圖梳理一下這幾天對這個問題的學習，思考。本文不涉及任何陰謀論。
懷疑新冠病毒可能是實驗室泄漏，是基於以下事實：2019新冠狀病毒肺炎是在武漢暴發，而武漢病毒研究所，特別是該所石正麗研究員的團隊，恰恰是中國研究蝙蝠類SARS冠狀病毒的重鎮。更要命的是，石研究員的團隊在1月23日發表了一篇文章，首次披露該組2013年在雲南獲得的一種蝙蝠冠狀病毒，RaTG13，與新冠狀病毒2019-nCoV高度相似，兩者在全基因組水平上有96.2%重合。而人類已知的其它冠狀病毒與2019-nCoV的相似度都在80%左右或以下。這證明新冠狀病毒也源自雲南蝙蝠。
對於一個普通人來說，不發生聯想恐怕才是不正常的。要知道石研究員的團隊是花了十幾年的時間，才於2013年7月在雲南一個山洞的中華菊頭蝠中，發現了包括RaTG13在內的數十種蝙蝠類SARS冠狀病毒。與很多人的想象不同，這些冠狀病毒絕不是哪裏的蝙蝠身上都有的。武漢的蝙蝠就是不冬眠，也不可能攜帶和傳播這一類病毒，而新冠狀病毒卻還是在武漢出現了！如果不是從實驗室泄漏出來的，還能是哪裏來的呢？！
但是基因這東西的妙處，就是讓人可以追蹤一個生命的來龍去脈。石研究員的團隊於27日發布了RaTG13的全基因圖譜，這就讓全世界的研究者能夠仔細研讀分析RaTG13和2019-nCoV兩種病毒基因的異同，特別是那些不同的地方，它們能告訴我們二者究竟是繼承，還是平行的關係。打個比方，就是祖孫，還是遠房親戚的關係。如果兩個病毒是祖孫，那新冠病毒是從實驗室泄漏的可能性就非常大了。
華盛頓大學的基因和流行病學家Trevor Bedford根據已知冠狀病毒的基因製作了一幅進化樹圖。這種圖和我們常見的人類進化樹很相似，可以看到每種病毒在進化中的位置，也可以看到兩種病毒在進化上距離有多遠，它們的祖先是從什麽時候分開的。在Bedford教授的圖中，RaTG13和新冠狀病毒2019-nCoV是遠房親戚，在很多年前兩者有共同的祖先，後來就分家了。就憑這一點，我們就可以斷定，2019新冠狀病毒不可能是從RaTG13繁衍變異而來。
據Bedford教授，RaTG13與這個共同祖先有563個位點不同，而2019-nCoV則有554個（別問我怎麽知道的，我也不懂）。看到這兩個數據，我是有一些懷疑的。因為RaTG13是6年半以前獲取的，那時之後它就不再變異了。而2019-nCoV則一直在進化變異，二者變異的數量怎麽會大體一樣呢？甚至RaTG13還稍多一些？會不會RaTG13有什麽問題？
如果兩個病毒的這個共同祖先生活在遙遠的過去，比如說數百年前，那麽6年半的時間差就可以忽略不計了。這個時間的計算，需要知道兩種病毒的變異速度。這個數據目前還沒有，但是我們可以用SARS病毒的變異速度來估算，因為它們都是同一類。SARS暴發之後的一些早期研究表明SARS病毒的變異速度在1x10-3變異/每個位點/每年。按這個速度，RaTG13和2019-nCoV是在大約20年前從一個共同祖先分化而來的。與這個時間尺度相比，6年半的時間差無法忽略。
但是晚一些的研究表明，這類病毒在繁殖過程中存在一種糾錯機製，大大抑製了變異速度，可能比上述速度慢2-3個數量級。那麽RaTG13和2019-nCoV的共同祖先就不是在20年前，而是數百甚至上千年前，那麽6年半的差別就無足輕重了。
綜上所述，目前看到的數據看起來相當合理，沒有證據能表明新冠狀病毒是從武漢病毒所的實驗室泄漏的。新冠狀病毒出現在蝙蝠冠狀病毒研究重鎮武漢似乎確實是一件概率很小的巧合。
https://blog.wenxuecity.com/myblog/78185/202102/20141.html
https://blog.wenxuecity.com/myblog/78185/202102/20141.html
這與今天說的應該是同一件事。馬來穿山甲分布在東南亞各國，已被列入需要受保護的動物名單。廣東生物資源應用研究所是從動物保護組織接收了一批這種動物。他們從其中11隻已死亡穿山甲中分離了出了冠狀病毒。結果發布於去年10月。
＂團隊通過分析1000多份宏基因組樣品，鎖定穿山甲為新型冠狀病毒的潛在中間宿主；繼而通過分子生物學檢測，揭示穿山甲中β冠狀病毒的陽性率為70%；進一步對病毒進行分離鑒定，電鏡下觀察到典型的冠狀病毒顆粒結構；最後通過對病毒的基因組分析，發現分離的病毒株與目前感染人的毒株序列相似度高達99%＂
謝謝介紹分享Bedford的觀點和結果。James Lyons-Weiler似乎與Bedford有所不同。
他最初發文的時候還沒看到RaTG13，當然他現在也還有不同意見。我覺得有了RaTG13以後，他原文中提到的第一種可能性就大大提高了。
“On The Origins Of The 2019-NCoV Virus, Wuhan, China”
https://principia-scientific.org/on-the-origins-of-the-2019-ncov-virus-wuhan-china/
另外，武漢以外地區死亡人數較少不是因為病毒發生了變異，事實上迄今為止這個病毒的變異很少。
你越說我越緊張。
我們討論的前提是相信對方的誠信，否則永遠可以無根據地懷疑對方還有更接近新冠狀病毒的蝙蝠病毒數據沒有披露。
https://twitter.com/trvrb
Jon Cohen寫的。提到的幾位都是基於新冠是全天然的前提，看法也不同。如果有人工過的呢？
從中國政府壓製言論，哪怕是呼喊救命，呼喊伸冤的言論，哪怕是警告身邊人防範可能的疫情的聲音都要壓製來看，在如此荒謬愚蠢的政府和政府機構的管理下，出現病毒泄露的可能性是極大的。
還有什麽邏輯解釋？