印第安人麵對全副武裝的歐洲士兵,他們帶來的疾病,甚至經過訓練的狗,毫無招架之力,唯一能選擇的就是逃避。於是他們的莊稼爛在地裏,這又造成了饑荒。哥倫布的士兵們抓住沒來得及逃走的人,對他們嚴刑拷打,要他們交代裝滿黃金的藏寶屋在什麽地方。
還有一個名字叫作哈圖易部落的頭人認為侵略者殺他們是想搶劫他們的黃金,於是率領族人把黃金扔到了附近的河裏。但這顯然不行,哥倫布的士兵找到了他們,殺死了一大部分,把青壯年抓起來作為奴隸。對於頭人哈圖易,他們把他吊起來燒死了。點火之前,隨行的牧師為他進行了祈禱,並讓他把手放在胸口上,這樣死後就可以進入天堂。但哈圖易沒有經過文明的教化,他拒絕了,他說:“如果天堂是基督徒去的地方,我情願去地獄。”
牧師和軍隊同行是歐洲向外殖民過程中的一個重要特點,1500年一支葡萄牙艦隊曾在基盧瓦島避難,當地的非洲土著人熱情的幫助了他們。五年後,另一支艦隊根據前者的地圖找到了這裏,用無情的掠奪報答了這裏的友好。一位遠征隊員描述說,他們沒有遇到驚愕的居民的反抗,然後代理主教和方濟各會的一些長老帶著兩個十字架,唱著感恩讚美詩,列隊登上岸去。他們走進宮殿,放下十字架,船隊隊長也做了禱告,然後開始搶劫這座城市所有的商品和糧食。人們形象的概括了這個過程:他們來的時候手裏捧著聖經,而走的時候把聖經交給了我們,帶走了我們的黃金。
從1494年到1495年,據殖民者自己記載,超過五萬亞速爾群島土著人死於疾病或屠殺。他們並不是簡單的把人殺死,更重要的是威懾。比如他們會把一個印第安的人砍掉,但還留一點皮肉連著,讓斷手在下麵晃悠。這樣他們就不會直接死掉,而是跑到自己的族群裏麵,所有人的就會意識到殖民者的可怕和不可戰勝。士兵們還把把俘獲的普通土著人捆好,相互比賽,賭他們的刀劍的鋒利程度和個人能力,看誰能一刀砍掉人的腦袋或者把人劈成兩段。而對於部落頭人,則一般是祈禱之後吊起來燒死。
哥倫布對土著人規定,除兒童之外,每個人要定期向他們繳納一定量的黃金。繳納之後會發給他們每人一個標誌,戴在脖子上,以示他們完成了任務,任何沒有佩戴這種標準的成年人都會被砍掉雙手。然而完成了繳納任務之後並不能保證他們的安全,殖民者後來在南美大陸俘獲印卡人的首領,索要能裝滿一間屋子的黃金和兩間屋子的白銀的贖金,但拿到贖金後還是殺了他。
亞速爾群島的黃金沒辦法和大陸的印卡帝國相比,遠不能滿足殖民者的要求,土著人為了活命,隻好用食物換取他們暫時的饒恕,這造成了他們自己的饑荒。而找不到足夠黃金的士兵則以殺戮土著人練兵,有人記錄了在一個叫做祖卡約(Zucayo)的地方的屠殺:他們從母親的懷裏奪過吃奶的嬰兒,把他們的頭摔在石頭上,或者扔向跟隨他們的獵狗。一隊一百多人的士兵,在一條河邊停下來磨他們的刀劍,為了試一下磨的效果,他們找了附近的村莊:把室外的村民剖開肚子,然後衝進屋子,殺掉所有他們能找到的活物。幾個臨時逃過劫難的人被吊起來,士兵剖開他們的肚子,把腸子纏在身上,然後點火燒死。這個城鎮原來有大約兩萬人口,不久之前他們還給這些外來者提供了木薯,水果和魚,經過屠殺之後,這個城鎮消失了。
軍隊的屠殺引起了一定的反抗,有一些還是有組織的反抗,基於這種情況,哥倫布著手建設地方政權。地方政權以一個西班牙總督為主,負責管理土著人。總督擁有至高無上的權力,他擁有治下的所有的人的財產處置權,他們的糧食,房屋,可以讓他做任何事情,免費服役,築路,或者到礦井幹活。
礦藏的發現是印第安人另一個噩夢的開始,他們在殖民者的監視下日夜勞作,稍有不慎就會拳打腳踢,皮鞭伺候。這樣的情況下肯定會有人逃跑,而如果逃跑的人被抓回來,綁起來用皮鞭抽打至死。這種懲罰的主要目的不是處死逃跑者,否則他們有更快捷的辦法,更多的意義是公開行刑,以恐嚇別的礦工。如果礦工生病,或者不能再幹活了,他們會被開除。然而隻有大約10%的礦工可以活到被開除,其餘的全都在這之前死掉了。
這種生活狀況導致了印第安人的生育率嚴重下降,這從另一個方麵加速了人口的減少。很多人選擇主動不要孩子,因為他們認為即便孩子能在殖民者的統治下存活下來,也是奴隸。少量出生的嬰兒,也會因為母親沒有足夠的奶水而早亡。有一個記錄者稱他在古巴的三個月內,看到了7000個死亡的嬰兒。男人死在礦上,家庭缺少食物,女人隻好承擔整個家庭,導致過勞死亡,嬰兒奶水不足而夭折,是那時候印第安人家庭的典型結局。
根據殖民者的描述估算,在哥倫布到來之前,亞速爾群島大約有800萬人口。而從1492年哥倫布到達,截至1496年,這裏的人口減少了三分之一到一半。1508年的時候,這裏的人口減少到了不足10萬,1518年這個數字變成了2萬。亞速爾群島人口的銳減促使殖民者去附近的島嶼捕獲奴隸,從1515年他們開始在洪都拉斯附近島嶼捕捉奴隸,運往古巴。到1525年,埃爾南.科爾特斯,後來的墨西哥總督到來的時候,洪都拉斯附近的原住民全部消失。而到1535年的時候,亞速爾群島上的印第安人徹底滅絕了。