該軍前身是國民革命軍第18軍第52師、國民革命軍第5軍第59師各一部合編組成的第99師。1936年12月西安事變後，第99師編入國民革命軍第9軍留守貴州，隸屬駐黔綏靖公署。1938年6月，國民黨軍為加強對遵義警備和湘黔公路護路的軍事力量，以第9軍第99師為基礎擴編組成第99軍，下轄第99師，直屬國民政府軍事委員會。傅仲芳任軍長兼師長。該軍組成後駐防貴州遵義，擔任貴州警備和湘黔公路護路及後方守備任務。1939年春，該軍由貴州調往湖南茶陵、攸縣地區進行整訓時，將國民革命軍第37軍第92師、國民革命軍第32軍之第142師改隸屬該軍。此時，該軍下轄：
第92師，梁漢民任師長；
第99師，薑敏亭任師長；
第142師，傅立平任師長。
此次編製調整後，該軍奉命開赴廣西參加了桂南會戰。1940年1月，該軍原轄第142師改隸國民革命軍第52軍，另將第１８軍第197師改隸第99軍。同年3月，第99師師長薑敏亭在南寧八塘鎮指揮作戰不力被撤職，高魁元繼任師長。1941年9月至12月，該軍先後參加了第二、第三次長沙會戰。在第三次長沙會戰中，第99是師長高魁元指揮作戰不力被撤職，朱誌席任師長。1942年5月，該軍參加了浙贛會戰。1943年4月，該軍隸屬第9戰區時，軍長傅仲芳升任國民革命軍第二十四集團軍副總司令，梁漢民升任軍長，張一能任副軍長，下轄：第92師，艾瑗任師長；第99師，朱誌席任師長；第197師周鴻恩任師長。此後至1945年初，該軍先後參加了鄂西會戰、常德會戰、長衡會戰和湘粵贛邊區作戰等。1945年4月，國民黨軍進行編製調整時，該軍所轄的第197師被裁減，另將第9戰區第60師改隸第99軍。
1945年8月，該軍先後由湖南瀏陽調至江西永修駐防。1946年春，又調至江蘇江陰、鎮江一線駐防。1946年月，國民黨軍進行整編時，該軍改編為整編第69師，隸屬國民革命軍第十集團軍。梁漢民改任師長，原下轄第60師改編為整編第60旅，黃保德任旅長；第92師改編為整編第92旅，艾瑗任旅長；第99師改編為整編第99旅，朱誌席任旅長。同年7月，整編第92旅在朝陽集戰役中被解放軍全殲。不久，整編第99旅在蘇中戰役中被人民解放軍全殲，少將旅長朱誌席、副旅長劉光國、參謀長梁鳳德被俘。同年11月，該師師長梁漢民因在蘇中戰役中指揮作戰不力被撤職，戴子奇任師長。12月，徐州綏靖公署鑒於該師大部兵力已喪失，將整編第51師第41旅、整編第57師預備第3旅調撥該整編師準備參加蘇北戰役，向蘇北解放區進攻。其後，該整編師在蘇北宿北戰役中民解放軍全殲，中將師長戴子奇自戕斃命，少將副師長饒少偉、少將參謀長張秉蒞、少將軍務處長李哲江等被俘。
1947年夏，國民黨軍隊在廣東重建整編第69師。胡長青任師長。此次重建整編第69師後，下轄整編第92旅、整編第99旅。改師重建後由廣東調到河南，擔任豫北和鄭州附近守備任務。1948年9月，整編抵9師恢複第99軍番號，隸屬第16兵團。胡長青任軍長，胡建修任副軍長。下轄：
第92師，艾瑗任師長；
第99師，楊達任師長。
同年10月，該軍在鄭州戰役中，第268師被人民解放軍殲滅。11月，該軍由河南鄭州調至安徽蚌埠，編入第6兵團，參加了徐蚌會戰。1949撚月，該軍調至蕪湖地區守長江江防，並重新組建第268師。同年4月下旬，解放軍發起渡江戰役時，該軍擔任長江防線南京東西地段的防禦任務。在渡江戰役發起後，該軍第68師被解放軍全殲，軍部和第92師逃到郎溪、廣德地區後被解放軍合圍殲滅，軍長胡長青、師長艾瑗逃往台灣。殘部由第99師師長代理軍長鄒鵬奇率領逃往上海。後在上海戰役中又被殲一部。5月24日，該軍殘部由吳淞登船逃往台灣。同年8月，國民黨以第92師、第99師殘部為基礎，在台灣重建第99軍，鄒鵬奇任軍長，轄：
第92師，艾瑗任師長；
第99師，鄧親民任師長。
