2017 (101)
2018 (52)
2023 (1)
一種病毒大體可有三種特征：傳染性，致病性和抗免疫性能。這三種特性有時候很難分開，因為一種變異可能導致病毒一種特性或者多種特性的變化。如果傳染性增加，其他變化不大，其結果就是染病的人多一些。致病性就不一樣了。致病性增加，重症患者增多，會讓醫療係統不堪重負。新冠的致病性應該主要由它的Ｓ蛋白引起（當然這是筆者的個人看法）理由是注射疫苗後在人體中僅僅生成了Ｓ蛋白，並沒有病毒的其他組成成分沒，但是人體的反應幾乎等同感染了新冠後的許多症狀。當然各種症狀都很輕，因為Ｓ蛋白的濃度很輕很有限，不像真正的感染，Ｓ蛋白的“供應”源源不斷那樣。抗免疫性就是現有的抗體對病毒的中和能力下降或者消失。
傳染性高有兩個表現，第一，少量的病毒（吸入）就會導致感染，第二病毒進入人體後能很快複製自己，因此能在較短的時間內成為傳染源。新冠病毒進入人體後, 首先要和人體細胞表麵的受體（ACE2）結合。這個結合是動態的，就是說結合後，又會分開，分開後，又會再結合，再分開，這是一個平衡過程。有一個常數（Kd）衡量結合的緊密程度。野生的新冠Kd大約為75nM（呐摩爾）。如果病毒濃度低於75nM，則病毒處於閑散狀態。這時，如果人體的免疫係統發達，從身體其他部門兼程趕來的免疫細胞，就會消滅這些外來的入侵者。如果病毒（S蛋白）超過這個濃度，就有一部分病毒和人體細胞的受體結合。和受體結合僅僅是第一步。第二步，病毒要進入細胞，利用人體細胞的複製能力繁殖自己。
新冠病毒的S蛋白有兩個單元：S1和S2。S1負責和人體的受體（ACE2）結合，S2 負責在人體細胞表麵打洞，當S2打好洞後，在整個病毒顆粒就會進入人體細胞。這兩個單元是連接在一起的，隻有當S1 和ACE2結合後，病毒就會利用人體細胞表麵的剪切酶把S1和S2剪開。據說剪切的快慢會影響的病毒進入細胞的效率。記得去年有印度人在網上登出一篇文章，說是在S1和S2之間有一個插入了的小片段PRRA。因為有了這個小片段，弗林蛋白酶工作的效率會更高。據此，他們稱，這個病毒是人造的。為什麽有了這個小片段剪切酶的工作效率會增高？Ｒ是精氨酸的代號，它帶一個正電荷。當兩個精氨酸（正電荷）在一起 蛋白片段就會張開，形成一個環狀。如同剪斷拉緊了的繩子一樣，弗林蛋白酶的工作自然容易得多。
好了，應該說說這個舉世聞名的Delta病毒了。這個變種有什麽特點？Delta變種有許多點為變異，T19R, G142D, 156del, 157del, R158G, L452R, T478K, D614G, P681R, D950N。前五個在結構區，一般認為對病毒的性質影響不大，因為結構區的變化，很少會影響到Ｓ蛋白和人體細胞表麵的受體 (ACE2) 的結合能力。所謂的結構區，也就是搭個架子而已。好像一個人的腿受傷了，不會影響他的坐在鍵盤前的打字能力一樣。
L452R, T478K屬於和受體結合區部位，影響比較大。但是也不是特別大的影響，據報道 L452R, T478K兩個合在一起，和ACE2的結合常數大約在57nM 左右，相比野生的新冠病毒RBD的結合常數75nM，雖然小了一點，不算很出格。那麽Delta病毒的高傳染性該怎麽解釋？ 很可能是由於P681R。前麵提到的PRRA中的P就是這個681處的。現在那個能提高弗林蛋白酶工作效率的PRRA就成了RRRA. 同樣的道理，如果PRRA能提高剪切酶的效率，沒有任何理由懷疑RRRA能進一步提高剪切效率。所以Delta病毒的高效複製就是自然的了。據說原來野生的新冠病毒的潛伏期大約是7-10天左右。現在據說這個Delta病毒的潛伏期縮短為4-5天。可能的原因是病毒進入人體的速度快了，複製的周期縮短了，發病“及時”了。如果以前懷疑PRRA是人為插入的，是否現在要進一步懷疑這個P681R是什麽人的“傑作”？ 我看不是，原來的所謂人為插入也是扯淡。
好在雖然Delta病毒具有很高的高傳染性，但是現在的主要幾個疫苗還管用，雖然保護效率也降低了許多。就是說疫苗所用的抗原和Delta病毒的抗原差別不很大。不像南非的那個beta變種，簡直算是“男變女妝”，或者“變性”了，大約有少一半左右的疫苗所產生的抗體 對於beta變種完全無效（認不得了）。此外，beta變種和ACE2 的結合能力更強，而且現有疫苗的效率大大的降低，好在南非那個變種的傳染性沒有這個delta 厲害。如果將來有一天delta和beta 組成了新的聯盟，人類就要抓瞎一段時間了。
謝道長鼓勵
如果沒有係統地學過熱力學，可以參考一下維基，特別是有關平衡常數
https://en.wikipedia.org/wiki/Equilibrium_constant
沒必要，我幾十年前就從化學熱力學的研究生畢業了。
難道，當病毒濃度太低而無法感染，[Virus.ACE2] =0，是因為沒有平衡？一定要感染了才平衡？
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感染和平衡 是兩個概念，平衡是學術意義。和感染沒有關係。不平衡也可以感染。感染了也不一定會平衡。
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這麽說來，熱力學包含了動力學？
------ 隨你怎麽理解。因為你缺乏基本的科學素質，我們不必要再討論了。
1） 一般化學/生化反應，都把生成物寫在右邊，而平衡常數應為
K = （生成物活度）/（（反應物1活度）*（反應物2活度）...） = exp(-dG/RT); 這裏dG=吉布斯自由能改變，等等。
最重要的是，K是一個無量綱數，表示反應的強度。因此不能顛倒分子分母。
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Keq= 1/Kd Keq叫平衡常熟，而Kd叫離解常數. 生化酶反應很多時候用離解常數。
平衡常熟 K 絕大多數時候不是無量綱數，而是有量綱的 例如剛才的Kd就是 mole/L
建議您看看。
https://www.andrew.cmu.edu/course/03-231/LecF05/Lec11/Lec11.pdf
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如果沒有係統地學過熱力學，可以參考一下維基，特別是有關平衡常數
https://en.wikipedia.org/wiki/Equilibrium_constant
2） 即便按作者，反著寫:
K = [Virus]*[ACE2]/[Virus?ACE2] 這裏把(活度)改成了[濃度]，忽略了伽馬等，
那麽，當病毒還沒“著落”時，[Virus?ACE2] =0，K已經是無窮大了？
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當還沒有“著落”時，這時候沒有平衡，因此熱力學不適用。K就沒有意義。
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難道，當病毒濃度太低而無法感染，[Virus.ACE2] =0，是因為沒有平衡？一定要感染了才平衡？
3） 眾所周知，熱力學隻講平衡態，與時間無關。因此，沒有動力學參與，非常容易誤導。
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熱力學談平衡，與時間無關沒。 但是從微觀來說，K是動力學的平衡結果。 是當正反應和逆反應相等時候的結果，有時候K可以寫成 K== k(f)/k(r) = k(on)/k(off)
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這麽說來，熱力學包含了動力學？
遍野無塵 發表評論於 2021-07-05 14:10:39
雖然用 exp(-dG/RT）計算平衡常數，看起來好像是無量綱，其實結果的量綱是隱含在計算dG的過程中，要看是n個反應物和 m個生成物了。K 的量綱就是m-n。這時因為 平衡常數（K）和反應商（Q）是通過dG過渡的。反應商（Q）的量綱就是平衡常數（K）的量綱。
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K的量綱是隱含在計算dG的過程中？
（需要提醒一下，G是狀態的函數。。。）
像剛才的Keq 和Kd， 其 dG(eq)= - dG(d) 就可以了，計算的結果不會有問題。
雖然用 exp(-dG/RT）計算平衡常數，看起來好像是無量綱，其實結果的量綱是隱含在計算dG的過程中，要看是n個反應物和 m個生成物了。K 的量綱就是m-n。這時因為 平衡常數（K）和反應商（Q）是通過dG過渡的。反應商（Q）的量綱就是平衡常數（K）的量綱。
1） 一般化學/生化反應，都把生成物寫在右邊，而平衡常數應為
K = （生成物活度）/（（反應物1活度）*（反應物2活度）...） = exp(-dG/RT); 這裏dG=吉布斯自由能改變，等等。
最重要的是，K是一個無量綱數，表示反應的強度。因此不能顛倒分子分母。
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Keq= 1/Kd Keq叫平衡常熟，而Kd叫離解常數. 生化酶反應很多時候用離解常數。
平衡常熟 K 絕大多數時候不是無量綱數，而是有量綱的 例如剛才的Kd就是 mole/L
建議您看看。
https://www.andrew.cmu.edu/course/03-231/LecF05/Lec11/Lec11.pdf
2） 即便按作者，反著寫:
K = [Virus]*[ACE2]/[Virus?ACE2] 這裏把(活度)改成了[濃度]，忽略了伽馬等，
那麽，當病毒還沒“著落”時，[Virus?ACE2] =0，K已經是無窮大了？
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當還沒有“著落”時，這時候沒有平衡，因此熱力學不適用。K就沒有意義。
3） 眾所周知，熱力學隻講平衡態，與時間無關。因此，沒有動力學參與，非常容易誤導。
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熱力學談平衡，與時間無關沒。 但是從微觀來說，K是動力學的平衡結果。 是當正反應和逆反應相等時候的結果，有時候K可以寫成 K== k(f)/k(r) = k(on)/k(off)
1） 一般化學/生化反應，都把生成物寫在右邊，而平衡常數應為
K = （生成物活度）/（（反應物1活度）*（反應物2活度）...） = exp(-dG/RT); 這裏dG=吉布斯自由能改變，等等。
最重要的是，K是一個無量綱數，表示反應的強度。因此不能顛倒分子分母。
2） 即便按作者，反著寫:
K = [Virus]*[ACE2]/[Virus?ACE2] 這裏把(活度)改成了[濃度]，忽略了伽馬等，
那麽，當病毒還沒“著落”時，[Virus?ACE2] =0，K已經是無窮大了？
3） 眾所周知，熱力學隻講平衡態，與時間無關。因此，沒有動力學參與，非常容易誤導。
Kd = [病毒][ACE2] /[病毒.ACE2]。單位是M/升.
Kd 的數值是當有一半的ACE2被占據時，液體中病毒的濃度值。假如人體細胞表麵的ACE2隻有十個，如果被占據的數目是5，這時候在液體中病毒的濃度就等於Kd。因此75nM 是相對於液體中有大約1M的ACE2而言的。因為ACE2 在人體細胞表麵中沒有那麽多，則病毒的實際數目也不會要達到75nM。熱力學的概念是相對強度，而不是要指實際的數目。
Kd是熱力學的強度概念 是指S蛋白和ACE2結合強度的大小，也就是off/on 的相對平衡比率。發表的文章大都在這個nM數量級。