一些基因幾乎總是開啟的,就像微波爐上麵的計時鍾一樣;而另外一些基因則長期處於沉默,閑置多年也難得使用一次,家裏買的有些東西,就是這樣令人遺憾而很少使用的閑置品,塞進衣櫃的後麵,甚至被遺忘了。有少數基因開關打開和關閉,就像你最喜歡的一種手機應用軟件一樣。有一項新技術(newtechnology),可以使其研究活人體內調節基因開關的分子,因為這些分子對於維係生命至關重要。根據斯坦福大學醫學院(Stanford University School of Medicine)的一項研究結果,此項新技術已經揭示了一些有趣的驚喜。
這些發現的其一就是基因開關究竟是開啟還是關閉,因人而異,更可能是與自身免疫性疾病(autoimmune diseases)有關。另一個原因則是,男性和女性使用不同的開關來打開許多免疫係統基因。的確是太快了,簡直難以令人置信。但不同的活性可以解釋女性罹患自身免疫性疾病如硬皮病(scleroderma)、紅斑狼瘡(lupus)和類風濕性關節炎(rheumatoid arthritis)的發生率要比男性高得多。這項研究的資深作者、皮膚科教授、醫學博士Howard Y. Chang認為,“這成為可能的原因之一就是斯坦福大學發明的新技術——對基因組調控因子(regulatory elements)可達性的測量。” 這項被稱之為ATAC-seq的新技術是由Howard Y. Chang博士領導的研究團隊開發的,該技術可以使研究人員實時對活細胞進行采樣,了解其在幹什麽。Howard Y. Chang博士說, “在過去,人們需要大量的細胞才能完成這種測量。為了得到某些罕見類型的細胞,可能真正需要一磅的肉來進行遴選。所以,對於一個大活人來講,這是根本不可能的。當然,如果的確需要也不得超過一次。”
何為ATAC-seq?
所謂ATAC-seq是代表采用高通量測序法對易接近轉座酶核染色質的化驗(Assay forTransposase-Accessible Chromatin with highthroughput sequencing)。這是在分子生物學中用於研究染色質(複雜的DNA結構)的一種技術,此方法於2013年首次提出。詳見Jason D Buenrostro,Paul G Giresi, Lisa C Zaba, Howard Y Chang, William J Greenleaf. Transpositionof native chromatin for fast and sensitive epigenomic profiling of openchromatin, DNA-binding proteins and nucleosome position. Nature Methods, 6 October2013, 10(12): 1213-1218.doi:10.1038/nmeth.2688.2015年元月,Howard Y. Chang等人在Current Protocols in Molecular Biology雜誌發表論文,對於ATAC-seq作為一種全基因組核染色質可及性分析方法,也有專門論述,詳見Jason D. Buenrostro, Beijing Wu, Howard Y. Chang, William J. Greenleaf. (January 2015). "ATAC-seq: A Method for Assaying Chromatin Accessibility Genome-Wide". Current Protocols in Molecular Biology. doi:10.1002/0471142727.mb2129s109.
檢查對象的來源
研究人員對實驗室日益增長的細胞,故他們有足夠的細胞來進行相關研究。Howard Y. Chang說,“現在正在研究的僅僅是細胞副本的副本,根本不會接觸到原細胞。幾個月來實驗室細胞的增長,完全改變了細胞的行為,所以研究者不再是關注某個特定人。實驗室的細胞行為如何,與特定個體人吃什麽無關聯係,它們是否與已經感染了的細胞一起並肩戰鬥值得關注。”用實驗室培養的、尚未經曆過任何變化的細胞來進行研究,有可能會使單個基因的調控發生變化。
Howard Y. Chang等人2015年7月29日在《細胞體係》(Cell Systems)雜誌發表的這項新研究,其目標之一就是建立一個衡量基準,在健康人群當中這種基因開關活性變化的有多少。這樣,當其他研究人員對患病的病人采取類似措施時,他們會有一個究竟怎樣才是正常的參照標準。另一個目標是改進測量標準血液樣本基因活性的新技術。
Howard Y. Chang說:“我們對於直接探究活人基因調控非常感興趣,而且著眼於不同個體之間基因調控的差異。我們質疑,‘人的差別或者相似究竟有多少?’當然,這種質疑不同於人人是否具有相同的基因。Howard Y. Chang認為,即使是同卵雙胞胎,其中一個可能患有一種自身免疫性疾病,而另一個可能是完美健康的。實際上,該研究團隊報道超過三分之一的基因活性變異並未與遺傳差異相連接,表明對環境而言,其作用強大,不可低估。Howard Y. Chang說:“我想說絕大多數的基因區別很可能有一個清清楚楚的來源。”盡管在尚未得到證實之前這還僅僅是個猜想。
性別因素
縱觀12名健康誌願者, 人與人之間基因的開啟存在不同模式,有7%的人基因被開啟。對於每個人而言,這些模式持續一段時間後,就像一種獨特的指紋一樣。Howard Y. Chang說:“但對於基因傾向於開啟和關閉的單個最大預測器還是人的性別。就其重要性而言,性別遠比我們看到的所有其他事情都更為重要,甚至比其組合還要重要。”當Howard Y. Chang的研究團隊測量其基因活性水平最高的前500個基因中的30個時,研究人員預計將顯示性別對基因活性的影響,他們發現這30個基因中有20個基因顯示出男女之間,存在顯著的基因活性差異。
Howard Y. Chang在美國斯坦福大學人體動態調節物組中心(Center for Personal Dynamic Regulomes at Stanford University)進行指導研究,他們的目的就在於繪製調節物組圖(map the"regulome"),即所有實時負責基因開啟和關閉的整套調節物組(regulome)圖。