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轉:閻顏之爭:大部分人都忽視了這個事實

(2022-11-11 09:27:56) 下一個

原文鏈接:https://www.wenxuecity.com/blog/202211/62623/9483.html

這個事實就是:單從蛋白質結晶體X光衍射數據解析出來的蛋白質3維結構是靜態模型,無法推導出動態的功能機製。

閻潤濤文章(Cell,1993;PNAS,1995,92:5973)描述了他們用氨基酸點突變進行半胱氨酸掃描實驗的結果,發現TM7片段中260-282位置的氨基酸在喇叭口“開”與“關”的過程中起重要作用。

 

 

顏寧的Nature文章(Nature 2014,510:121)主體有六個部分:

  1. Structure determination of GLUT1
  2. Implications for ligand binding
  3. Mapping of disease-related mutations
  4. Critical role of the ICH domain
  5. The extracellular gate
  6. Discussion

1是顏寧實驗室用蛋白質結晶體X光衍射數據解析出的蛋白質3維結構描述

2-5都是在用這個3維結構解釋已發表文章中GLUT1蛋白的各種氨基酸突變帶來的功能變化。文章中提到TM7片段裏Tyr 292, Ser 294 and Thr 295的作用,但是並沒有討論閻的文章中260-282位置氨基酸的作用

6 在1-5基礎上總結出一個動態模型

顏文章模型的關鍵在於TM7片段的“開”與“合”。沒有引用閻的文章,如何能夠推斷出TM7片段在喇叭口的作用?這在邏輯上是非常不合理的。

 
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評論
houtou72 回複 悄悄話 houtou72 發表評論於 2022-11-11 10:37:14
再寫幾句:

“無論如何,顏寧的文章沒有引用閆先生在先發表過的文章,對於她自己的研究的論述水平來說,是一個降級別的觀點。”

這是我對發生的事件的綜合看法,或結論。

顏寧女士如果在她的文章中引用了閆先生的研究文章並予以論述和科研水平上的定位, 那麽就是一個完整定位她自己在業界的位置了。那樣的話,她的理論水平就更全麵更高些。但是她沒有引用應該引用的文章是事實。也就失去了給自己的研究成果在科學界定位的完美基礎。這個事實很可惜。但這與過程,特別是事後的過程無關。這些在我看來已經是不重要的了。

科學界發表過的文章不都是完美無缺的。即便是超一流的雜誌。但這並不影響人們對這些雜誌水平的仰視。
houtou72 回複 悄悄話 無論如何,顏寧的文章沒有引用閆先生在先發表過的文章,對於她自己的研究的論述水平來說,是一個降級別的觀點。

事實正是如此:她和施一公的研究成果可以說是先進水平,但絕不是超一流的科學指導性水平。僅僅是沿襲學界的慣性思維的推進:絕不是什麽高瞻性的突破性開創成果。她和他更沒有也沒那個水平達到開創一個全新的研究方向。更不要說有這個水平的研究成果了。

這是我幾年前給他和她的結論。至今仍未見到整個業界有在蛋白質結構的科研理論和研究成果有如我提出的如此界定水平的進展出現。

一覽眾山小:我能下此結論,便有能下此結論的眼界和水平。
houtou72 回複 悄悄話 雪花漂飄 發表評論於 2022-11-11 09:03:23
顏女士科研水平還是蠻高的, 閆先生水平也高,顏女士沒用閆先生文章,隻有她自己真正清楚原因。另外樓上 碧螺春珍珠奶茶 所言極是。

作為閆先生多年讀者,雖然他有時演繹成分多,但的確很好看,也有一些道理。

他博文裏寫過,閆先生為了妻子及2個寶貝女兒選擇幫助妻子經營其實驗室,並不是差到隻能到妻子實驗室打工,他隻是在自己事業和家庭之間做了一個自我犧牲的選擇,以我人生經驗,他是十分偉大的, 至少對家人。 憑他的專業水平回國不會比RAO等差, 他沒有個人回國,他選擇愛妻子女兒, 在美國陪伴女兒妻子。我向他致敬!

古龍 發表評論於 2022-11-11 08:42:41
閻顏之爭不是那個領域的專家,誰也說不清。但從顏在當前中國的政治形勢下,高調回國,寧肯回去做核酸被隔離,就可以看出她不是什麽好鳥。一定是個騙子
BMC 發表評論於 2022-11-10 18:36:11
即使退一步來說,老閻對顏寧所有的指責都是事實,顏寧確實是看了他發表在Cell的文章而模仿並設計她的實驗,他也不能說顏寧剽竊他的idea. 在科學研究中,剽竊的對象是未公開發表的idea和科研數據。一旦公開發表,它們就是公眾財產。隻有有商業價值的產品才可以申請專利,才有exclusive的性質。scientists 有權模仿他人公開發表的研究成果而不構成侵權。但模仿他人實驗的人在學術界會被同行看不起,這些缺乏原創性的文章即使能發表也是在低檔雜誌。
Stegy223 發表評論於 2022-11-10 16:15:07
我的一點意見.
"解讀閻顏之爭這一半科學公案的一篇關鍵文獻"
https://blog.wenxuecity.com/myblog/75502/202211/9844.html

TexasIns02 發表評論於 2022-11-10 16:14:51
真沒必要和這裏的一群固執自私的老者們辯論,他們就喜歡在中國城的茶館裏麵閑坐的,胡說八道。。。
jty 發表評論於 2022-11-10 13:54:55
樓主的問題問到點子上了。基於以下兩點,顏寧不需要知道老閆的工作也可以得出她的動態模型: (1)早在1975年就有論文用和老閆相似的邏輯的生化實驗數據(雖然沒有用基因突變的手段,而是用inhibitors)證明了喇叭口模型構型轉換在Glut1的存在。(2)顏寧在2012年在自然雜誌上發表過一篇XyIE三維結構的文章。XyIE是Glut在大腸杆菌裏的homologue,其晶體的構型和Glut1晶體構型相反(一個朝裏一個朝外)。顏寧通過對這兩個蛋白的結構進行比較就可以推斷出TM7在兩種構型裏和TM1怎樣互動。當然,不需要不等於沒有做。
北美_原鄉人 發表評論於 2022-11-10 12:43:28
老閻當年與小顏連篇累牘的爭辯時候,我跟了兩句。第一句說好男不跟女鬥!第二句說你要有那麽多的時間和精力,早就可以寫出搞出超過她的研究了。

無論有人怎麽判斷、怎麽爭辯,必須看到學術界科學界理論界至今為止任何人都沒有辦法推翻,都沒有辦法否定小顏的結果。實踐的結果才是檢驗真理的唯一標準和最後標準。這個世界隻看重結果,不注重過程。結果、結果、還是結果。有的人無論過程如何,所做的一連串的結果都是好的,都是對科學對人類有貢獻的, 都得到了社會和國家很高的聲望和報酬。少數人開始做出了好的結果,但接下去的十幾年,幾十年一事無成,去幹其他的了,或者去當網絡寫手、寫小說去了。這如同華大基因副總裁尹燁總結人生所說的,就算你是個B,往南就是NB,往北就是SB。每個人自己的格局最終決定了自己的選擇,也決定了自己的命運。所以, 麵對事情的結果,說什麽、說再多也沒有什麽用。
紅米2015 發表評論於 2022-11-10 11:33:13
ft 發表評論於 2022-11-10 10:17:11
https://www.6parkbbs.com/index.php?app=index&act=view&cid=4078194

看看上麵鏈接的帖子:從實案例看顏寧“抄襲”。
有誰知道這網站是哪裏的?
據內容判斷,博主應該是大學教授。


哇,連愛因斯坦的原創性都敢質疑。
藍天白雲915LQB 發表評論於 2022-11-10 11:28:16
一個著名醫學院的教授,文學城熱門博主,居然說潤濤閻是寫文章的,就這個認知,就下結論說:文學城第一博主潤濤閻可能冤枉顏寧。請問:一個寫文章的,居然能在世界級的科學雜誌以第一作者發表科學研究論文,可能嗎?

潤濤閻是一個隻要做一件事,就一定把它做到極致的人,他在做這個蛋白研究的時候,是花了很多心血,可惜的是,他沒有繼續做到底,所以,這樣重大的發現,為別人做了嫁衣裳。

所以,沒有專業知識的人,沒有資格貶低潤濤閻,潤濤閻在激怒以後,直接就指責顏寧抄襲,實錘欺騙,因為他能拿出有力證據,顏寧和施一公沒有半句申辯,象她們這樣的公眾人物,有權有勢,豈能忍受如此大辱?
zl8y 發表評論於 2022-11-10 10:18:53
隻要在學術界工作過,投稿審稿做過主編的都會了解,文章作者負全責對內容和道德的準確全麵性,包括引用。主編和審稿即使是專家,也不會了解到每一篇文章,尤其是主編會自由分給審核任務, 很多因素決定那一刻分給誰,絕對不可能確保是那個特別領域的#1, 知道所有的每個學術觀點。雜誌隻是一個提供同行平台各舒己見的地方,不會介入爭紛中, 除非是被證明的剽竊和荒謬。雜誌建議潤濤閻備注他的問詢,這就已經表明了雜誌的立場。除非撤稿,雜誌會保持中立。對於以發的文章,隻要有一些新的貢獻,雜誌就會中立,不會輕易撤稿。
ft 發表評論於 2022-11-10 10:17:11
https://www.6parkbbs.com/index.php?app=index&act=view&cid=4078194

看看上麵鏈接的帖子:從實案例看顏寧“抄襲”。
有誰知道這網站是哪裏的?
據內容判斷,博主應該是大學教授。
山鄉不仕老了 發表評論於 2022-11-10 09:46:28
樓主是內行。
山鄉不仕老了 發表評論於 2022-11-10 09:42:34
學術界這樣的事情不少。回想一下DNA雙螺旋結構的發現吧。
Wtp003 發表評論於 2022-11-10 09:16:24
其實簡單的事實是顏在閻的成果上有針對性的高效率地
出了和閻結論一致的成果(當然進一步),但沒給閻credit.連文獻都不提。
花名鴨仔 發表評論於 2022-11-10 09:09:06
閻喜歡繞這樣的彎子, 咋解釋都行, 可科學不是這麽回事, 必須直接, 客觀。

”我記得閻先生提到過一個比喻,顏的工作隻是看到碼頭站立的人,不能確定此人是從船上走下來,還是要上船過河。閻先生的工作是一個動態分析的試驗方法。謝謝博主!“
二胡一刀 發表評論於 2022-11-10 08:15:47
科學上麵有時候就是想到和沒想到的區別,老閻想到了。顏寧也許看過他的文章也許沒看過,死無對證,隻能如此了。
playnice 發表評論於 2022-11-10 08:15:43
對同行評審的期望值太高了。在學術界的都知道這是怎麽回事。

笑薇. 發表評論於 2022-11-10 06:57:46
那麽,是怎麽通過審稿人的? 潤濤嚴給編輯部寫了信,編輯部也做了調查。做出什麽調查結論?
lostman 發表評論於 2022-11-10 07:20:13
顏寧要不是侮辱老閻的人格,老閻也不會跟她較勁。顏寧自以為老閻不在原來的領域,她企圖憑借自己的名聲來詆毀老閻,竟然說老閻要碰她的瓷,真是顛倒黑白
回首前塵 發表評論於 2022-11-10 07:15:49
因為絕大多數人其實都不懂閻顏之爭的學術根據。結構生物學是一個狹窄的範圍,內行人真的很少
FollowNature 發表評論於 2022-11-10 07:12:35
本人不懂結構生物學,但想信閻潤濤的質疑一定有道理。 顏的碰瓷之說,實在太傲慢。
碧螺春珍珠奶茶 發表評論於 2022-11-10 07:04:53
不懂學術方麵 但憑顏寧對潤濤閻提出質疑的那種態度 就看低了這位名人幾分 至少風度很差 不過世界上就是這種人吃得開 跟楊振寧似的 怎麽都是恰到好處 對自己最劃算 潤濤閻有權力提出質疑 也有權力在文學城發表文章 如果顏覺得是誹謗 美國是法治國度 盡管起訴就好 她沒這麽幹就說明問題了
笑薇. 發表評論於 2022-11-10 06:57:46
那麽,是怎麽通過審稿人的? 潤濤嚴給編輯部寫了信,編輯部也做了調查。做出什麽調查結論?
葫蘆島 發表評論於 2022-11-10 05:58:34
我記得閻先生提到過一個比喻,顏的工作隻是看到碼頭站立的人,不能確定此人是從船上走下來,還是要上船過河。閻先生的工作是一個動態分析的試驗方法。謝謝博主!
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