一直從事清華校史研究的學者黃延複，從清華校史的角度對先輩們研究後，把知識分子分為五個層次：聖、哲、賢、儒、士。他認為一般知識分子，包括楊振寧、李政道等人隻能算作士，普通讀書人而已，而在他看來，葉老則是一位在清華曆史上少數稱得上“哲人”的人物之一。許多人為葉老的含冤叫屈，黃延複說，沒有那段苦難的歲月，我們無法了解葉老的人格境界，也就看不到他修養的完善。黃延複說，從葉老受審的交代材料中，也能看出葉老的哲人品格。
新中國成立以後，全國掀起了改造知識分子的政治運動，是為“洗澡”。在“洗澡”的過程中，有的學者學會了察言觀色，落井下石。疾風知勁草，葉企孫的獨立觀點和自由思想一直沒有被改造掉。
據黃延複的文章，我們可知葉企孫的風骨。一直到1951年，葉企孫還在倡導“高校教學與科研要自由、民主”，而與“集體主義”、“階級鬥爭”、“一邊倒”等官方理念格格不入。他遇事都要“獨立思考”一番：例如對於朝鮮戰爭，他認為是“美國的一種戰略考慮，是針對蘇聯極權主義陰謀的”。他認為，“戰爭永遠不會消滅，帝國主義消滅後，共產黨內部又要打了，南斯拉夫就是一例”；“共產主義我讚成，最糟的是有很多材料不讓人看，例如南斯拉夫的很多理論材料是看不到的”；“馮友蘭的《美國法西斯化》一文寫得太過分了”；張席褆教授批評他“對政治太不熱情，在旁觀”；張子高教授批評他“對新鮮事物感覺遲鈍”；陳岱孫、張奚若教授說他“每年畢業生都強調統一分配，而你還講個人興趣，以後不應再認為政府是政府，學校是學校，兩不相幹”；劉仙洲教授建議他“向教育部自請處分” 等等。對這次所謂“思想改造”運動本身，他說他“對狂風暴雨式的批評方式不太習慣，希望對批評者提提改進意見，有所進步就算是能過去了” 葉企孫的言論不是跟風的牆頭草，也不是人雲亦雲地迎合時代潮流，而是發自內心的真話，是建立在獨立思考的基礎之上的。
1967年，69歲的葉企孫被北大紅衛兵揪鬥、關押，停發工資，接受改造，並被送往“黑幫勞改隊”。葉企孫突然受到刺激，他出現幻聽症，總聽見廣播說他是特務，曾一度精神錯亂。1968年4月，70歲的葉企孫被逮捕關押。
葉企孫在被關押期間，受過8次連續提審，寫過多次“筆供”，受到了尊嚴和人格上的侮辱。每次提審後都要寫一份“思想檢查”，有一次，提審人就一個他記不清的問題要他寫書麵保證，他說：“我不寫保證和任何文字上的東西，我隻能說 記不清 ”；提審人要他態度老實，他說：“我是老實的，我是科學家，我是老實的。”
葉企孫從監獄放出後，住在鬥室中，從無一句怨言。朋友來看他，想聽他訴說遭遇，他從書架上取出《宋書?範曄傳》讀了一段範曄在逆境中的自述，以表白自己的心境：“吾狂釁覆滅，豈複可言，汝等皆當以罪人棄之。然平生行己任懷，應猶可尋。至於能不，意中所解，汝等或不悉知。”在這種自述中，葉企孫的人格、品質和哲人風範，達到了一種圓滿的境界。
1969年，葉企孫獲釋回到北大，住在家屬樓裏一套三間房中的一間，但仍然接受隔離審查，每月隻有50元生活費。這時他疾病纏身：兩腳腫脹、前列腺肥大、小便失禁，隻好日夜坐在一張舊藤椅上，讀點古典詩詞或曆史書打發時光。當時他的學生探望他，“葉師住在北大的一間鬥室裏，腰已經彎到了90度，處境非常悲慘”。
葉企孫被釋後，一直過著悲戚乃至乞討式的生活。有一段文字記載，令人心酸落淚：“葉企孫踟躕於北京中關村一帶的街頭，躬著背，彎著腰，衣衫襤褸，拖著一雙大棉鞋，攏著雙手。有時在水果攤上停下，買兩個小蘋果，往身上一揩，邊走邊啃。如果碰到認識的學生，就伸手向他們要一點錢： 你有錢嗎？給我幾個！ 所求不多，一兩元、三四元而已 ”
這位為新中國培養了諸多大師的大師，在精神和肉體均受到嚴重摧殘的日子裏，無論受多大委屈，都不向別人傾訴，而是默默忍受。1969年的冬天特別冷，有人在中關村看到了葉企孫，裹著一身舊棉襖緩緩行走，沒有人知道他要去哪裏，那時，他已經七十多歲了。
葉企孫處於人生的穀底，還推心置腹地為他人考慮。有一次，錢三強在中關村的馬路上碰到葉先生的時候，一看到老師，他就馬上跑上去跟葉先生打招呼，表示關懷，葉先生一看到他來了，馬上就說，你趕快離開我，趕快躲開，以後你見到我，再也不要理我了，躲我遠遠的。因為錢三強當時是二機部的副部長，是負責原子彈工程的，葉企孫知道這麽重要的工作，最忌諱同那些政治上有問題的人來往的，他生怕錢三強因此遭到一些不幸。
1971年，葉企孫的學生、已在北大當教師的張之翔騎著自行車，在校外的一所公寓中找到了葉企孫。據張之翔的回憶：
他已經不認識我了，我說我是張之翔啊，他說哦哦，坐坐。他坐在藤椅上，就給我看他的腿，兩個腿腫得很厲害，走不了路。他也沒有牢騷，很平靜的。可是人已經不像個人型了。我也沒有多少好說的，我說葉先生多多保重，我就含著眼淚，我就 唉 我就離開了，以後再也沒有看到葉先生。
1972年5月，北京大學對他作出“敵我矛盾按人民內部矛盾處理”的結論；6月，恢複其教授待遇，也恢複了每月350元的工資，還給他分配了一套一室一廳的住房。1971年到1973年，海外友人任之恭、趙元任和學生楊振寧、林家翹、戴振鐸等回國觀光時要求探望他，均遭拒絕。1975年，隔離被解除。這才有1976年春節陳岱孫、吳有訓、王竹溪、錢偉長等老友恍若隔世的登門造訪。
1977年1月10日，星期一，葉銘漢從北大將工資取回交給叔父，發現他說話不對頭，又出現幻聽症。當天，陳岱孫也去看望葉企孫，覺得他不對勁兒。當晚，葉銘漢到北大校醫家裏取了一點藥，給叔父吃。第二天，葉銘漢發現葉企孫一天都在昏睡，急忙送其入北大醫院，又立即轉到北醫三院。入院後第二天，即1977年1月13日21時30分，葉企孫在昏睡中去世。他離那個姍姍來遲的科學的春天隻有一步之遙。
不知道葉企孫去世之前，是否會想起1949年1月的那一幕。陳毅來到清華園，看望當時清華大學的負責人葉企孫、張奚若、吳晗、潘光旦、張子高和周培源，並在合影照片上題字簽名送與葉企孫。他帶來了對知識分子的尊重和關懷，帶來了春天的消息。可是，幾年之後，知識分子怎麽遭遇了無比嚴酷、無比寒冷的冬天呢？
治喪期間，葉銘漢接到北大某領導口頭通知：“葉企孫的問題按人民內部矛盾處理，開追悼會，骨灰放在八寶山。”1月19日，葉企孫追悼會在八寶山舉行，約200人受邀到會。悼詞對他解放前50年隻字未提，在學術貢獻上隻說他做過有益工作。好友陳岱孫淚流滿麵，時任中國科學院副院長的吳有訓悲憤交集，對追悼會的規格和悼詞內容不滿，中途退場，以示抗議。
葉企孫的悲劇並不是個案。葉企孫和饒毓泰是中國早期物理學發展中的兩個奠基人。他們同是留美的博士，後來主要從事物理學的教學工作，中國多數物理學家均出自兩人門下。在“文革”中，他們的命運何其相似。吳大猷曾給饒毓泰寫過小傳，他說：“一生嚴正從無政治活動如饒氏者，亦橫遭侮辱，於10月16日（1968年）自縊於北大教授住宅。”{1}
葉企孫、饒毓泰後來都獲平反，但他們的死留給人們的印象是強烈的，一個連物理學家都容不下的環境，到底是哪裏發生了問題？
物理學家錢臨照曾把葉企孫和饒毓泰作過比較，他說：“他們兩人都很剛強，但饒先生像玻璃，雖然硬，卻容易碎，而葉先生像一塊鋼，不僅硬，還有Plasticity（塑性）。”葉企孫一手創建的清華大學物理係在1982年恢複了建製。1984年，在各界的強烈呼籲之下，清華大學物理係正式複係。1992年，海內外127位知名學者聯名向清華大學呼籲為葉企孫建立銅像，1995年在清華大學舉行了隆重的銅像落成儀式。葉企孫先生的銅像安放在門廳一側。或許，隻有那些已經步入暮年的人們才知道，當年，先生就是這樣看著他們的。
