由誌願軍司令員出任沈陽軍區司令員，鄧華鎮守東北
1954年的“高饒事件”後，該派誰接替已自殺的高崗擔任東北軍區司令員這一重任呢？在毛澤東的棋盤上，久經沙場的鄧華成為最合適的人選。
1954年4月6日，中央軍委正式任命鄧華為東北軍區黨委書記。1955年3月，鄧華被任命為沈陽軍區司令員（東北軍區此時已改為沈陽軍區）。1954年9月5日，彭德懷辭去誌願軍司令員兼政治委員的職務，已代理司令員兼政治委員的鄧華被正式任命為誌願軍第二任司令員兼政治委員。但鄧華此時的主要工作已轉移到了東北軍區，擔任誌願軍司令員兼政委隻不過是個過渡。不到兩個月後，中央軍委便任命楊得誌和李誌民分別接任誌願軍司令員和政治委員。
1954年10月31日，中共中央和中央軍委任命鄧華為副總參謀長，主管作戰方麵事宜。彭德懷多次要求鄧華赴京就職，但他一直未赴任。有熱心的同誌告訴鄧華小道消息，說他任副總參謀長隻是個過渡，下一步將是任總參謀長。這在別人看來是求之不得的好事，但性情固執的鄧華卻堅辭不去。
1955年9月27日，共和國首次授銜儀式在中南海懷仁堂隆重舉行，鄧華被授予中國人民解放軍上將軍銜。1956年9月，在中共“八大”上，鄧華當選為中央委員。
1959年的軍委擴大會議上，鄧華成了“彭德懷軍事俱樂部”的主要成員
廬山會議之後，中央軍委擴大會議在北京中南海舉行。
在這次會議上，鄧華和洪學智、萬毅、鍾偉等人被錯誤地劃為“彭德懷軍事俱樂部”的主要成員，被迫交代“反黨反毛主席”的“罪行”。過去挨過鄧華批評的人，或者嫉妒鄧華在朝鮮戰爭中地位升高的人，紛紛出場發問。他們的詰問被鄧華一一頂了回去，會議陷入了僵局。
毛澤東很快知道了，他給鄧華傳話說：“有些同誌對你有意見，開個會讓他們說一說，你要硬著頭皮，好好聽下去，有則改之，無則加勉嘛。”鄧華對於毛澤東的話是深信不疑的，於是冷靜了下來，不再爭辯。
會議最後，毛澤東一錘定音：“鄧是彭的人。但是，鄧與彭是有區別的。”
9月12日，軍委擴大會議最後一天，林彪作了總結，宣布對鄧華的處理是撤銷黨內外一切職務。林彪說：“我考慮很久，晚上睡不著覺，總覺得鄧華留在部隊是一個危險人物。”把鄧華攆出部隊，隻是一個時間問題了。
軍委擴大會議後，鄧華被送回沈陽，繼續接受批判。11月，鄧華舉家遷來北京，住在招待所，等待分配工作。1960年6月，鄧華被明確了工作，安排到四川省任副省長。但到成都後，鄧華發現人們並不歡迎他，大家的神情是淡漠的。數日後，鄧華特地前往金牛壩拜訪西南局第一書記李井泉。“省委決定你在副省長中分工抓農機工作。”李井泉說，“廖誌高是管農業的書記，農業機械廳廳長苗逢澎是省委常委，今後你多同他們聯係。”
從李井泉家出來，鄧華立即來到新華書店，買來大量農業機械方麵的書籍，自學鑽研。好心的人見他如此認真，便勸道：“你不過是個掛名的副省長，還是少管點事，養養身體吧！”甚至還有人說：“現在是‘困難時期’，搞不好又會飛來橫禍，睜隻眼閉隻眼過日子吧！”鄧華則回答說：“我拿人民的錢，吃人民的飯，就得為人民辦事。除此之外，別的我什麽也不考慮。”
陪同鄧華來成都的還有妻子李玉芝。她是醫科大學畢業，溫柔賢惠，在丈夫身處逆境後，特別注意家中的氣氛。她向孩子們規定，不吵鬧，不大聲嚷嚷，不流露對當時國家處於困難局麵的不滿情緒，就是社會上許多人挨饑受凍、水腫病流行情況，也不讓在家中談論。
彭德懷的案子翻不了，鄧華的案子就沒有平反的希望
1962年6月初的一天，鄧華來成都兩年後，李井泉來探視他。寒暄之後，李井泉說：“省委和西南局對你在四川的工作是滿意的，你深入實際，了解的情況具體，給省委的視察報告也很有分量。”接著，李井泉點到了主題上：“中央發了文，過去運動中對黨員和幹部處理錯了的，要加以甄別平反，這個文件你看到了嗎？”、“你對給你的處分有什麽意見和要求，可以談談，我們可以替你向中央反映。”
鄧華略有躊躇後表態了：“我的問題毛主席清楚，中央清楚。”“處理過了，沒意見，沒要求。”李井泉走後，鄧華內心深處掀起了波瀾，渴望將自己的問題搞清楚，決定向總書記鄧小平寫一個報告，在肯定犯有“錯誤”的前提下，要求黨中央給一個書麵結論。因為對他的處理，僅僅隻由林彪在軍委擴大會議上口頭宣布，未有任何文字表示。報告在家裏擱置了一個星期。經過慎重的考慮，鄧華還是放棄了。這是因為自己的案子是因彭德懷而起，彭案不翻，鄧案也是翻不了的，而毛主席是不會輕易讓彭翻案的。搞得不好，還會帶來新的麻煩。最後，鄧華將報告銷毀了。
鄧華在朝鮮前線同彭總結下了深厚的友誼。當他得悉彭德懷任三線建設委員會副主任、就住在離他家不遠的成都市永興巷7號時，心裏非常渴望見到彭總，同他再下一局象棋，但他知道，現在不能見。結果，倆人雖同處一城，近在咫尺，卻始終未能見上一麵。
“文化大革命”開始後，鄧華受到殘酷迫害，但卻出人意料被“解放”出來
1966年12月23日淩晨，一夥紅衛兵把彭德懷從成都抓到北京。
1967年6月3日，一夥紅衛兵闖進成都前衛街鄧華寓所，圍住鄧華，抄了他的家。發生爭執時，有人動手要扭鄧華。“住手！”鄧華怒喝道，“我自己去，走吧！”說罷提著早已準備好的提包舉步邁出家門。
被關起來後，紅衛兵對他進行非法審訊。“鄧華，交代你的罪行！”“交代你跟彭德懷的關係！”“交代你怎樣勾結賀龍準備搞‘二月兵變’的。”鄧華沒有可交代的，紅衛兵的一記耳光打在了他的臉上，鮮血直流。
在一次批鬥會上，一位前誌願軍戰士路過這裏，看到了令他震驚的一幕。這不是我們的司令員嘛。鄧華此時正和李井泉、廖誌高、楊超、趙蒼壁等人坐在潮濕的地上。“文化大革命”就是這樣的無情，鄧華的胸前被掛上一塊大木牌子，上寫道“反革命分子鄧華”，在“鄧華”二字上麵畫了大紅叉。這位誌願軍戰士禁不住淚如泉湧，憤然離開鬥爭會場。
1968年初，江青、康生在接見成都軍區和四川省革委會籌備會負責人時，公開點了鄧華的名，說“鄧華是壞人”，“對壞人要專政”。
此後，對鄧華的批鬥迅速升級：拘留地由成都警備司令部轉到城北昭覺寺臨時監獄，囚室有崗哨把守，大小便時有人押著，批鬥越來越頻繁，拷打和人格侮辱幾乎成了家常便飯。5月6日，鄧華夫人李玉芝和長子同時失去自由，分別被關押在他們所在單位，強令寫交代揭發材料。四個未成年的子女，也被立了專案進行審查。
正當鄧華處於被迫害的水深火熱之中時，一件意想不到的事情發生了：黨中央來電，通知他去北京開會。
事後，鄧華才知道了內情。還是在醞釀召開八屆十二中全會的時候，在八屆中央委員、候補中央委員中，有“問題”的人占了大多數。根據黨的組織原則，出席會議的中央委員要超過半數，會議才能有效，必須“解放”幾名中央委員不可。10月10日，經毛澤東親自指名，鄧華和張鼎丞、胡耀邦、範文瀾等人一道成為被“解放”者。
會議期間有人對鄧華說：“林總現在是副統帥了，黃永勝也是總參謀長了，他們一個是你的老上級，一個是你的老戰友，你是不是去看看他們？”鄧華回答說：“不去。我不抱任何幻想。”恰好，黃永勝正通過成都軍區司令員梁興初向鄧華傳話：要他在北京京西賓館住一個時期，用意何在，沒有說明。但鄧華堅決不同他們拉扯到一起，全會一結束他就立即返回四川。
粉碎“四人幫”後，鄧華回到部隊的願望終於實現
1977年8月3日，鄧華盼望以久的願望終於實現了。在鄧小平和葉帥的共同研究決定下，鄧華被任命為中國人民解放軍軍事科學院副院長。鄧華參加了中國共產黨第十一次全國代表大會，再次當選為候補中央委員。8月25日，新一屆中央軍委會組成，他任軍委委員。但此時他的身體卻不容樂觀，不得不住進301醫院。
1979年7月25日，鄧華舊病複發，再一次住進301醫院。他自知身體不行了，想在有生之年多做些有益的事情。他的《關於我軍裝備現代化問題》的文章很快脫稿。接著，他又抓緊寫作《關於未來反侵略戰爭和國防建設的幾個問題》。隨後鄧華去了一趟南方，到海南島走訪舊戰場，準備寫作渡海作戰、解放海南的回憶文章。然而18年的逆境生活使他的肉體和精神上都備受折磨，很快他又病倒了，住進了醫院。
在1980年7月3日逝世前，67歲的鄧華終於完成了《揮戈南下，直取海南》和《雄師飛渡天險，踏破伯陵防線》兩篇戰爭回憶文章。而在此前兩個月，中共中央和中央軍委已正式為鄧華上將平反恢複名譽。
