猞猁部落
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二、為什麽要有進化論？－－從達爾文的貝格爾之航說起
三、是的，我們來自同一個祖先－－現代生物學的進化證據
四、進化在行動－－進化論的實際應用
五、從如此簡單的一個開始－－生命起源和進化之謎
六、完美的過渡型－－始祖鳥、始祖馬的故事
。。。
而“達爾文式演化論”則含有另一個要素，在新達爾文主義的理念下，如果把個體發育過程與宏觀進化相類比是不恰當的，雖然“受精卵”可對應於“共同祖先”，並且個體發育在某種意義上也是“從簡單到複雜的”過程（從一個細胞分化為多種類型的細胞，並形成組織和係統），過程中也有很多細胞遭受了死亡的命運（對應於物種滅絕），整個“演化”過程也未違反自然律---- --- 然而由於個體發育是個受控過程，在受精卵中含有大量的指導信息，雖然這個“演化”過程也受許多偶然因素的影響，但其模式還是可以識別和預計的。這種“計劃”和“控製”的成分是達爾文主義者在解釋宏觀進化進程時所不能容忍的。
達爾文主義與設計論有種奇異的聯係，因為前者的觀點就是以後者為靶子，這兩者似乎被綁在一起，以致（達爾文式）進化論如果拋開設計論就無法陳述自己的觀點（想想《盲人鍾表製造商》這樣的書名)
更有趣的是，在他們對達爾文理論進行證明時,最常用的思路是:如果這一切是被設計的,就不該出現某種特征(或"沒有哪個設計者會這樣做"),而現在恰恰有這種特征,所以設計論是錯誤的,所以這些東西是達爾文式演化論的產物。
達爾文主義者給論敵的指責是，他們用“現在科學無法解釋”的事來證明上帝，這是一種“間隙中的上帝”論（God of gaps），隨著科學的進展與解釋範圍的擴大，上帝的生存空間也愈發狹窄。但如上所述，達爾文主義者自己的論據似乎存在同樣的問題：用設計論解釋不了的東西來證明自己的正確，這不是把自己也置於“間隙”之中了嗎？如何確保自己沒有誤解當前的設計論(或許人家對這些東西不是沒有解釋,參看Darwin's Black Box的相關章節)？又怎麽知道設計論隨著今後的發展還是不能解釋這些呢?
But Doesn't Intelligent Design Refer to Something Supernatural?
From an ID perspective, the natural-vs.-supernatural distinction is irrelevant. The real contrast is not between natural laws and miracles, but between undirected natural causes and intelligent ones.
Just as humans do not perform miracles every time they act as intelligent agents, so there is no reason to assume that for a designer to act as an intelligent agent requires a violation of natural laws."
Take the flagellum, for example. No matter what its origins, a flagellum is a flagellum. We can take it apart, we can examine its components, we can modify it, we can figure out how it works. And we can do that whether it evolved over eons or popped into existence two seconds ago.
In the world of human technology, this is called reverse engineering. But the same process is also used in biology.
方舟子這樣定義進化:
生物是演變的，小到物種內基因頻率的改變，大到物種的改變，這是生物進化的最根本含義。除此之外，給進化的定義加上種種的修飾，不僅多餘，而且可能是錯誤的。(《進化論虛妄嗎？》第一章、進化是什麽？)
方舟子又說, “。。。無法改變生物是進化的而非神創的這一事實。”
我們應該注意的是,方舟子(以及大多數人)都認為,如果進化論是可靠的,就意味著"神創"的觀點是錯誤的,"設計"的理念是荒謬的。如果進化論隻是一種普通的科學理論，為何它能直接決定一種世界觀的正誤呢？畢竟生物學也隻是科學的一個領域，與物理或化學相比，不該有本質的差異，何以很少有人拿化學或物理學的某種理論來否定神創的世界觀？沒有人會說，如果前線軌道理論是對的，就說明世界不是上帝創造的。
甚至生物學的普通理論也不具備這種功能，如果有人講，化學滲透理論就決定了“生物是進化的而非神創的這一事實”，或者說，如果生物是上帝創造的，那DNA怎麽可能是雙螺旋結構？這些言論顯然是沒有道理的。一個普通的科學理論，無論被證實或被證偽，都無法判定某種世界觀的可靠性，因為後者屬哲學層次。
可見，如果把學術界對進化論的正統觀點僅描述為“演變”，那是不合事實的。一堆廢鐵最終被加工成一輛汽車，那也是“演變”，是否有人的參與並不是重點，隨著理論和技術的進步，完全可能設計出全自動控製的生產係統，甚至連該係統本身的更新與複製也實現自動化。我們知道細胞就達到了這種技術水平，而物理或化學定律在生物界同樣是有效的。
所以真正的進化論定義，不是靠摳字眼得出的，而應取決於學術界約定俗成的一致性意見，我在《從ID論與奧卡姆剃刀說起》裏的一段話有助於描述其理念:
對ID論來說，生物界的許多結構和係統可以跟人造設備相類比,因此解釋它們的起源,就類似於解釋某些機器或建築的"起源",三個因素是必需的1)材料2)能量3)計劃(程序)。也許你要說還需要人有意識的參與,但既然我們把許多的生物功能都與工業設備做了類比,而且人體的許多功能(視覺,思考等)確實在很大程度上是自動運行的,因此完全可以把人工生產過程看做一個複雜而協調的自動化控製過程,在此過程中,自然資源的供給和自然律的運行是重要的,但通常我們研究的重點是"計劃,安排,藍圖"這類智能動因。就好比計算機是由自然界的材料構成，它的生產和運行顯然也未違背自然律，但“自然產生”的提法就不妥了，問題的關健在於有一個可行的方案，能夠在自然律下使這些材料和能量得到適當的引導和安排。
而通常意義上的進化論觀點則排斥上述的研究理念。生物係統像是人工設計的嗎？多數專家會做出肯定的回答，但同時又會強調這是幻象,對生物的研究和解釋必須擺脫這種誤導。
達爾文為避免設計論的研究理念，提出了一種以緩慢積累為特征的路線。比如要解釋眼睛這樣的複雜器官的生成，就從一個簡單的感光點開始，以後再附加一個結構，如果這對它的功能有微小的增進，則這種複雜度輕微提高的係統（相比隻有感光點的狀態）就可能通過自然選擇的考驗，以後再依此類推，經過漫長的積累，就可能出現極度複雜而精巧的器官，因此有像人眼這樣的器官存在是不足為奇的。
這種緩慢積累的特征是達爾文主義的重點。當我們看到生物界種種高度複雜協調的係統，對其來源會有兩種解釋的大方向。
最容易想到的是：這是被設計的，則以下的具體工作就是辨認其構思，寫一部類似於說明書的東西。而另一種選擇，就基本上隻有遵循前述達爾文的路線了，把起源過程分為眾多的小步驟，而就每一步來說，似乎困難不大。
正如一位生物哲學家所說，無神論者古已有之，但從達爾文開始，才能出現理智充足的無神論者（這是就解釋生物係統的來源而言，在其他方麵無神論者一向是理直氣壯的，比如，這個世界為什麽有這麽多苦難，當好人被壞人欺負時，你的神在哪裏呢？等等）
方舟子說，生物的演變未必都是逐漸的，可以長期穩定後有一個跳躍，少數幾個調節基因的突變也可能引起表型的巨變。
然而這些論述已經偏離了重點。因為以上這兩種情況是就表型而言，並不能改變這一事實：遺傳信息的變異和積累必須是逐漸的和緩慢的。如果有人說，一個小的變異可以導致短期內出現幾十個新基因，那是不會被學術界認同的。（當然，基因可以大量擴增，但那隻是原有信息的重複，要使它們成為行使職能的新基因，仍需要緩慢的積累突變）
HOX一類的調節基因必須有其他的“基礎基因”來供其調遣，而調節基因本身相當於一個開關，我們解釋電視機顯象的原因時，總不能僅僅說，因為我按了一下開關。
這裏要指出的是，間斷平衡論或同源異形基因的妙用本身都不是問題的關鍵，因為通常意義上的進化論並非僅僅探討生物演化的某個細節，如果那樣，它就隻是一個普通的生物學理論，無法作為“生物不是神創的”這一斷言的依據。
事實上，進化論從其自身理念到辯護方式都已超越了技術範疇，進入了哲學層次。無論等級多高的學者，在為進化論做辯護時，總是免不了“上帝怎麽會這樣設計”或“沒有哪個設計者會這樣做"這類的話，最經典的一個例子是junkDNA的存在，還是先看一下方舟子的原話
“在分子水平上來看生命現象，這類蹩腳的“設計”就顯得更明顯了。分子生物學上一個出乎意料的發現是，作為遺傳物質的ＤＮＡ，隻有很小的一部分是真正載有遺傳信息，有表達蛋白質的功能的。對於人體來說，百分之九十以上的ＤＮＡ都不編碼蛋白質，其中極少數有調控功能，絕大多數沒有已知的功能，被稱為垃圾ＤＮＡ。如果我們現在就認定所有的垃圾ＤＮＡ都沒有功能，未免過於輕率，但對其中的一部分，我們已有了深入的研究，它們的確是垃圾。實驗表明，去掉它們對於生物體不會有任何的影響。就是這些廢物，盤占著細胞核的寶貴空間，細胞複製時還要費心費力把它們也複製一份遺傳下去。試想，如果你的居室的絕大部分空間都被垃圾占領，搬家時還要把它們也都帶走，是一件多麽荒唐的事！如果真有一位高明的設計者，他何必扔下這麽多的垃圾，何不令清潔工來打掃一番？”
我們在此簡要的分析一下
1.我們現在視為junk的那些序列,其中有一部分其實是參與運作的,甚至有一個pseudo基因也被發現是生存所需的,但這不是我們的重點,我們相信有許多序列即使被刪除也不會對個體的生存造成明顯的影響。
2.我們在某書卷中看到有些地方模糊不清,無法閱讀,這並不表明全書內容是未經設計和構思的。隻是在曆代的傳抄和保存過程中累積了一些錯誤和損傷,是年齡的見證。
設備運行必然會伴隨著磨損，生物體內的設備也是這樣，”熵產生“總是增加的，好在生物體作為開放係統，可以通過新陳代謝來解決該問題。
實際上，經過了如此漫長的年代，還是有足夠的生物來保證人類的生存和研究，這值得驚奇。
3.就算很多序列完全沒用,達爾文主義也未能對它們的出現做出具體的解釋(僅僅說,“上帝不會這樣設計,所以它們是達爾文式演化的產物”,這不能稱作科學解釋),另外,對於其他"有用"的序列的起源就更缺乏解釋了。
但這一點也不是我們的重點。
4.如何判斷"有用"與否?這是個價值觀的問題。比如有人說，病毒有什麽用？我認為生物係的學生如果也問這種問題就不可理解了，因為研究工作中要用到病毒的地方實在太多了。可以說，如果沒有病毒，分子生物學還要“在黑暗中摸索更長的時間”。
畫家和文學家的作品有用嗎？如果沒有這些作品我們能不能活？當然能！
基因組中還沒有哪種類型的序列被認為是沒有研究價值的（包括pseudo-gene 和各種重複序列）。
同時，如果整個基因組的序列都容不得任何變異，似乎“空間利用效率”提高了，但DNA鑒定等辨別身分的工作也失去了可能性。
總之，簡單地把一些東西歸於“無用成分”，再以這些“無用成分”的存在來全麵否定設計的存在，這是否過於輕率呢？
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相關話題：上帝為什麽造了食肉動物？
漸近創世論在教會內部已經有了一定的影響力(它的大本營之一是www.reasons.org),有許多人引述這種模式對創世記第1章的解釋(如03年福音大會上黃力夫教授的專題)。既然它已經成為“多元”中不可忽視的“一元”，那麽有必要把它的整套體係都介紹一下——其中一個很有分量的話題就是——假如確實有漫長的地質曆史，很多動物先後興盛過然後又絕種了，那麽，這種堆積過無數動物屍體的世界還能被稱為“好的”和“甚好”的嗎？該理論的反對者還有一條相關的理由，就是羅馬書所說的“死是從罪來的”。總之，他們（Hugh Ross等人）要應對兩個問題（1）創世記中的問題——一個存在死亡和捕殺（還有地震等天災）的世界能夠是“好”的嗎？（2）羅馬書中的問題——死是從罪來的，是不是始祖犯罪之前不該有任何死亡呢？（“罪因一人進入了世界，死又是從罪來的。）以賽亞書講到神掌權的時候，一切動物都不傷人不害物，萬物和諧相處，（有些人認為這是恢複伊甸園的狀態）
而對這些問題，他們有自己的一套解釋，所以我想把它簡述一下，好使這一派別在漢語世界有一個完整的形象。
他們的觀點大體是這樣的（1）大自然中的死亡、危險生物或種種天災都是好的，之所以它們會給人造成傷害，不是因為這些東西的本質是壞的，而是因為人類沒有正確的了解和處理它們（人犯罪後，在知識、技能和德行上都有了缺陷）。地震對於元素的循環是必須的，水災火災都可能要人的命，但水與火本身是不可或缺的（甚至呼吸功能也必須以燃燒作用的存在為前題）......其它像病菌、蒼蠅一類的生物也都很有實用價值和研究價值（一切的終極目的不都是為體現上帝的榮耀和智慧嗎？）更不要說種種肉食動物了。
（2）羅馬書所說的“死”是單指人類的死，而其它的各種自然界的死亡現象並沒有什麽不好的地方，“種子落在地裏死了”才能結得更多，植物作為動物的食物，這種“死”也順理成章。人體的細胞也必須進行適當的分裂，並且要在合適的時機被清除或在程序控製之下死亡，以便保證整個人體的存活，等等。
據說路德說過，亞當就算沒有墮落，他也照樣要耕地和狩獵。我們今天也可以這樣想：就算人類不吃肉，他也照樣要解剖許多動物來了解上帝的設計和構思（並且啟發自己的建設或發明）。
（3）還有一種可能，聖經中的“世界”這個詞常用來特指人類世界（社會），所以，“死是從罪來的”就類似於“警察是被罷工活動引來的”——不是說在罷工活動開始之前警察不存在，也不是說罷工活動本身締造了警察這一群體，而是說警察早就存在，但是哪個地方出現了反政府活動，他們就會被吸引過去。
創1所說的以青草給動物作食物，Hugh Ross等人認為這不是說沒有肉食動物的存在，而是一切食物的來源從根本上說是來自植物（對太陽能的利用）。此外，摩西可能還出於文學上對稱性的考慮——因為“第三日”提到了三樣事物（海、陸地、植物），所以“第六日”也要提到三樣——動物、人類、植物，並且這兩“日”都在末尾提到植物，對應的很好，也給人以“圓滿”的印象。
以賽亞書對新天新地的描述有可能是象征性的，表現出“和諧”的主題，而不是真的關注動物性情的變化。正像“大山要流出奶來”和“日頭必明亮七倍”也分別是在表達“豐饒”和“光明”的主題一樣（舊約有很多類似的表達方式，比如“流奶與蜜之地”、“從磐石中吸油”之類）。“把刀槍打成犁頭”也不是說人類會一直處於冷兵器時代。
