黨在蘭州的組織機構遭到嚴重破壞,但革命勢力已遍布甘肅各處,革命並未間斷。
1940年,國民黨對國統區甘肅的圍剿日益嚴重,眾多進步人士和共產黨員被捕。而且他們以抗日為由,大發國難財,殘酷壓榨和剝削廣大勞動人民。甘肅經濟蕭條,鄉村饑民遍野,人民怨聲載道。此時,高棟臣領導的抗日遊擊隊在嚴酷的環境下開始了英勇的遊擊戰,給國民黨頑固派給以極大的震懾。
1938年,高棟臣在國民黨新一軍十旅一團團長杜漢三等進步人士的影響下,加入了甘肅工委領導下的外圍組織——中華民族解放先鋒隊,1938年秋他加入中國共產黨。這位對中國共產黨充滿信心的革命者,始終有著蓬勃的革命鬥誌。1941年初,在蘭州地區的形勢異常嚴峻的情況下,蘭州八辦決定積蓄力量,重點轉向山區農村開展抗日遊擊戰鬥。高棟臣等受黨的派遣,開始組織秘密的武裝活動。當年夏天,一支近百人的武裝力量迅速在皋蘭、永登、景泰等地與敵人展開周旋。他們打土豪,分糧食,深得群眾擁護。遊擊隊的革命活動令國民黨甘肅當局深為懼怕,1941年秋,國民黨甘肅當局派重兵不惜一切對遊擊隊進行圍剿。
1941年,秋風颯颯,黃葉飄飛之時,國民黨四十八師輜重營在皋蘭中川一帶包圍了遊擊隊,戰士們與數倍於己的敵人浴血奮戰,終因寡不敵眾,大部分戰士壯烈犧牲,高棟臣身負重傷被俘。通過黨組織的多方營救,國民黨迫於內外壓力,高棟臣被釋放,但他仍然堅持留在蘭州繼續革命,後又被捕。1942年2月13日,年僅29歲的高棟臣奮力高呼著“中國共產黨萬歲!”“打倒日本帝國主義!”的口號,被國民黨特務殺害。