閻顏之爭風雲再起

人生境遇不可選擇,心態可以選擇
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閻顏的事鬧了大半個月,  閻關了博客,我以為這事就過去了。 閻回城接著發文,我們也不再追究, 沒想到老閻舊事重提,又討論了一天。 在這裏把討論結果再總結一下, 以正視聽。

1。一個月前我存檔了當時的總結。 閻顏之爭的總結。  裏麵的內容不變。即閻不是喇叭口模型的首創。首創是Jardetzky.  並解釋了諸如50年第一等的諸多誤會與顏的躺槍。

2。 閻也不是第一個用該模型解釋並用實驗驗證糖轉運蛋白機理的, 見下麵這篇1973年的論文. 裏麵的圖一就是喇叭口. 而從1966到閻文得20多年, 到2012的近50年間, 可以推想,有眾多科學家發表了幾十,上百,甚至上千篇有關論文. 這一篇應該隻是滄海一粟. 這裏要特別給學數學或物理的特別解釋一下. 生物模型的驗證通常是這種一個文章一毫米地往前蹭,  幾十年不斷補充機理的步驟與細節. 。  不象定理一樣一篇文章證完了完事。    所以閻的論文對機理貢獻也是滄海一粟。   並且與顏文叢時間到內容上都差得很遠。

An Explanation of the Asymmetric Binding of Sugars to the Human Erythrocyte Sugar-Transport Systems

3. 顏2012年著重講晶體結構,沒有過多討論機理,所以沒有引用1966. 2014年有了2012年的基礎,加上其他實驗室跟進的結果, 闡釋了機理所以引用了1966, 並且閻特別注意的2014圖5人家明確說這是Alternate Accessing Model. 顏2015年的論文對機理進一步闡述, 特別是人體糖蛋白特殊的機理有了更加深入的認識,把對機理的理解向前推進了一大步。 根本就不是閻用間接手段研究了12個跨膜區其中一個的幾個關鍵位點所能比的。 

4. 顏的視頻. 我昨天特別複習了顏的這個視頻. 顏在介紹背景時說"We know that...." 我們知道葡萄糖轉運是Alternate Accessing Model. 就跟我們知道轉運蛋白有12個跨膜區一樣,是背景知識. 並說我們的研究 "reviewed the model", 在後來總結自己的研究的貢獻時說, "Update the model". 顏這裏的英文用的不是很地道,我不在這裏追究,但意思很清楚--基礎模型是Alternate Accessing Model. 這是背景. 沒有把模型的發現權據為己有.

https://www.youtube.com/watch?v=6PMg-0bwiTI&t=760s
 


最後總結一句話,象凡人說的, 閻欠顏一個道歉。
 

         

SwiperTheFox 發表評論於
回複 'Fanreninus' 的評論 :
其實,沒受過實證科學訓練的對待政治的態度對待科學問題並不奇怪。 有著名科學家,對待科學都用對待政治的態度。 Merchants of Doubt舉了很多例子。
SwiperTheFox 發表評論於
回複 '雨女' 的評論 :

忘了說一句:歡迎光臨:)
SwiperTheFox 發表評論於
回複 '雨女' 的評論 :

如果是我,看了Pao 的綜述後,甚至看了閻的題目和摘要是不會看原文的。 一來年代久遠, 二來不同家族。(綜述本身就年代久遠, 光這一篇綜述裏就引了91篇)要做出成績得prioritize。

說實話,我不知道顏看了沒有, 我覺得這個問題不重要。 因為看了也沒有引的必要, 有更多的更新更相關的文章。

雨女 發表評論於
我也來問狐狸一個相同的問題。你覺得顏寧讀了老閻的論文了嗎?煩人和我一樣。認為顏寧極有可能讀到了。煩人說:一個好的科學家會把領域的重要文章和相關論文都會讀。那麽你認為呢?你認為顏寧讀了嗎?
Fanreninus 發表評論於
回複 'SwiperTheFox' 的評論 : 哈哈,這也同時說明很多人雖然那麽積極地參加討論但卻根本不看文獻,不知道為什麽用對待政治問題的態度來對待科學問題,自己不掌握情況,卻還在那裏拿自己或者大閻的人格做擔保。:)
SwiperTheFox 發表評論於
回複 'Fanreninus' 的評論 :

同意。 

再小得意一下, 轉個他人的讚美。。。


時不時來看看 2019-07-11 13:53:22

對2014圖5如此清楚,您讓我覺得是顏寧在用您的這個ID在發帖。
Fanreninus 發表評論於
回複 '老泉' 的評論 : 回複 'SwiperTheFox' 的評論 : 很佩服兩位,覺得現在至少我們三個人是在一個Page了,看看後續如何吧,真心地希望大閻能夠醒悟過來,道歉不道歉其實沒有人在乎,關鍵是別在這麽糾纏,一開始就不該這樣做。
SwiperTheFox 發表評論於
回複 '老泉' 的評論 :

非常感謝提供文獻:)
SwiperTheFox 發表評論於
回複 '時不時來看看' 的評論 :

顏寧的三篇沒有做沒有ICH蛋白轉運葡萄糖的機理。 顏寧是根據結構中ICH與蛋白其他部分的強化學鍵的作用推測關門是常態。 這裏有很多結構裏殘基與殘基之間, 殘基與底物之間的化學作用。 嚴格說,這是推測,有待以後證實。 科學就是這麽一個腳印一個腳印向前走的。

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顏寧沒做沒有ICH蛋白轉運葡萄糖的機理嗎?顏寧用的結晶後的照相,如何確定的這個ICH就是轉運葡萄糖的開關呢?如何確定的的動態開關呢?
老泉 發表評論於
你這裏討論的有關小顏的結果是老閻文章沒法涉及的,因為老閻沒有結晶結構,老閻定了一個residual, 那也是前人已經指出的之一。下列92一文對此有描述(包括動態機理基本描述)。詳細機理仍未定,因為小顏隻確定一個構象狀態的晶體結構,推斷了另外構象狀態的結果(她的類似結構研究),還有一構象結構待定。誰也不能說己破解其動態機理。
下麵1992文對GLUT1-5,有關假設,結果, 動態機理有很好總結 ,具體提到TM7,3,5,8,11上的親水基與葡萄糖結合機理。
FYI
1992 Mike M. Mueckler有關GLUCOSE ABSORPTION文章,描述動態機理. 他的文章與小顏研究體糸相同。

ScientifiC America (January 1, 1992). How Cells Absorb Glucose. David E. James, Gustav E. Lienhard, Jan W. Slot and Mike M. Mueckler
時不時來看看 發表評論於
> 這一點,你是不可能在其他文章裏找到的。 特別是閻文,因為他的蛋白沒有這個ICH。 他也沒把機理敘述到這麽詳細。 到底他的蛋白是怎麽操作的, 是否有其他的結構起到了門閂的作用,還是不用門閂? 平時是象顏蛋白那樣關著還是不一樣,平時是開著的或者是半開半閉的, 我還沒有看到有發現。

抱歉。顏寧沒做沒有ICH蛋白轉運葡萄糖的機理嗎?顏寧用的結晶後的照相,如何確定的這個ICH就是轉運葡萄糖的開關呢?如何確定的的動態開關呢?

謝謝。我不再問了,您幾年後再回來看看您對我問題的回答能不能自己滿意。
SwiperTheFox 發表評論於
回複 '時不時來看看' 的評論 :

基本模型都符合1966經典。 這是不變的。 顏的在機理上的“創新”是對機理更深入詳細地闡述。

這裏牽涉很多細節--隻能略述其一。

ICH是門閂。 平時是把門關起來。 葡萄糖“敲門“後,門閂打開, 再把葡萄糖放進來。 等葡萄糖進入細胞後, 門自動關閉,門閂扣上。

這一點,你是不可能在其他文章裏找到的。 特別是閻文,因為他的蛋白沒有這個ICH。 他也沒把機理敘述到這麽詳細。 到底他的蛋白是怎麽操作的, 是否有其他的結構起到了門閂的作用,還是不用門閂? 平時是象顏蛋白那樣關著還是不一樣,平時是開著的或者是半開半閉的, 我還沒有看到有發現。 這些都是可以收到顏文啟示去研究的。
時不時來看看 發表評論於
謝謝!恕我對顏文沒讀完整,最後一小問:

>對ICH功能的闡述也是顏的創新,

這個ICH的新功能是否會或者已經引起對葡萄糖輸送進細胞膜的機理不同於顏蛋白呢?這個不同在顏寧文章中有直接證據與結論嗎?或者推測的有嗎?
SwiperTheFox 發表評論於
回複 '時不時來看看' 的評論 :
補充一點,ICH是顏蛋白中的一小段,不是整個蛋白。
SwiperTheFox 發表評論於
回複 '時不時來看看' 的評論 :

謝謝你的問題與態度

兩個問題其實是同一個問題。 閻顏的蛋白屬不同的家族。 其中一個重要的區別就是顏蛋白有ICH. 對ICH功能的闡述也是顏的創新, “超越”經典的地方。。

還有一點必須強調, 這些其他優秀科學家有了晶體結構也可以推出來。小顏高於“所有人”的地方仍是結晶了人體糖蛋白, “50年第一”。 最出色創新的地方不一定是最性感的地方。
時不時來看看 發表評論於
謝謝!再浪費您時間問最後2個方麵問題,就不再打擾了。

> 顏的ICH 閻蛋白根本就沒有

意思是ICH也轉運葡萄糖?且與閻蛋白轉運葡萄糖進細胞膜的機理不一樣?

那顏寧的機理與1966模型是完全一樣的呢?還是有所創新呢? 創新是什麽呢?
SwiperTheFox 發表評論於
回複 '時不時來看看' 的評論 :
每個人都認為自己是中立的。

你這個問題我早已回答好多遍了。 閻沒有自己的模型。 同期其他文章也有類似或更好的示意圖。 綜述裏對他的貢獻隻提topology , 並闡述了別人對機理的貢獻。可以看出閻對機理沒有突出的貢獻。

1966是alternating access model是絕對不會錯的。 這點吃瓜的不用再爭了。。
說兩個模型一樣也是不準確的。 顏的ICH 閻蛋白根本就沒有。
時不時來看看 發表評論於
SwiperTheFox 博主:

我已經說了吃瓜到此,但看了您後續的回複,我還是到寶地留幾句吧。

先說個稍跑題的:Nature/Cell的審稿者是編輯邀請的,如果您已經被邀請過評審這個專題的文章,說明您在這個領域是夠格的,您是有能力寫好對這兩篇已發表文章的評論的;反之,請您三思。

問題的關鍵,我已經問過您了,再重複一遍:老閻認為葡萄糖轉運進細胞膜的機理是相同的,隻有一個,是他發現的。請注意問題的提法,即葡萄糖從細胞膜一側到另一側的機理.顏寧也“闡述”了葡萄糖轉運進細胞膜的機理,這個“闡述”是從依從的說法。明顯是說同一個問題吧?那麽問題來了:顏寧的機理是不是老閻的機理?

當然,或許您並不認為這個問題就是關鍵,即使如此,要回避它似乎是不太可能的。這隻是我不再吃瓜的看法,相信是中立的吧。
lostman 發表評論於
關於顏寧2個不實,1,她不是美女,2,她的英語確實太一般了,比較稚嫩的中國口音,當然這是她學術之外的事,她可能沒有足夠的精力改善英語,不知道閆潤濤的口語如何,想看看他們PK一下
Fanreninus 發表評論於
回複 'SwiperTheFox' 的評論 : 我這兩天沒有去他那裏。再看發展吧!不過,總會有一些人,你再怎麽說都不會信的,有人說相信他是因為相信他的人品,哈哈,笑死我了!我不是說他沒人品,但在這件事情上錯就錯了。在轉移過的眾多焦點中最好玩的就是把先師搬出來做擋箭牌,我說了幾次以後似乎沒有再用了,現在是咬住人家沒有給發表的生化數據的文獻,不知是不是沒有看懂文,還是故意再混肴視聽。:)
SwiperTheFox 發表評論於
回複 'Fanreninus' 的評論 :

其實我也不想再在這上麵花時間了,閻及閻粉繼續在閻的博客散布錯誤的言論。。實在是忍不住。 我盡量克製吧, 謝謝提醒。
Fanreninus 發表評論於
回複 'SwiperTheFox' 的評論 : "回複 'yangcen' 的評論 :

再舉一例閻的錯誤: 隻有兩家閻/顏用試驗證明了載體動態模型。

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2802108/pdf/nihms156903.pdf"


嗯嗯,大閻就是這樣,搞遊擊戰,打一槍換一個地方,不斷地轉移焦點,兜圈子,直到把吃瓜群眾給弄得糊塗了,就不勝也休戰,認輸不可能的,不過這點凡是人,都會有一點,我覺得如果他再不來理論我們就暫時休戰吧! 等著他再出招,如果不出招也罷,至少不再去騷擾無辜了,這也是我們的目的,至少是我的目的。
SwiperTheFox 發表評論於
回複 'yangcen' 的評論 :

再舉一例閻的錯誤: 隻有兩家閻/顏用試驗證明了載體動態模型。

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2802108/pdf/nihms156903.pdf
SwiperTheFox 發表評論於
回複 'Fanreninus' 的評論 :

譯得真好,多謝啦!
Fanreninus 發表評論於
回複 'SwiperTheFox' 的評論 : 再在你這裏貼一份,對最近的焦點進行分析:
不斷轉移焦點是大閻在無理處境時的一個常用的製勝方法,可惜這次遇上我們這幾個比他還頑固的人。他這次的焦點是人家沒有引用發表的生化資料。事實和他說的完全相反就像你說的,那些生化資料的出處是文獻28和29。 他們在正文中提到一遍,在圖解裏又提到一遍。

正文相關部分及譯文:
Structural resolution of the human glucose transporter GLUT1 serves as a frameworkfor understanding itsfunctional mechanism. Comparison of the proton-independent uniporter GLUT1 and its bacterial homologue, the proton symporter XylE, the structures of which were obtained in distinct conformations(28,29), allows mechanistic analysis of facilitative diffusion versus active transport. Conclusions derived from such analysis may be generally applicable to other uniporters and protoncoupled symporters. On the basis of our structural analysis and published biochemical data, we propose a working model for GLUT1 (Fig. 5).
闡明人葡萄糖轉運蛋白GLUT1的結構可以作為一個理解其功能機製的框架。比較其不同的構象下的質子非依賴性單向轉運蛋白GLUT1及其細菌的比較同源物質子同向轉運體XylE(28,29中)可以讓我們促進擴散與主動運輸的機理進行分析。這種分析得出的結論通常適用於其他單向轉運體和質子偶聯轉運體。我們在自己的結構分析和已發表生化數據基礎上提出了GLUT1的工作模型(圖5)。

圖五圖解及譯文:
Figure 5 | A working model for GLUT1. Shown here are the predicted conformations—outward-open, ligand-bound and occluded, inward-open, and ligand-free and occluded—required for a complete transport cycle according to the alternating access model. The inward-open conformation of GLUT1 is reported in this study. The ligand-bound, occluded conformation and the ligand-free, occluded one are predicted from two XylE structures in the outward-facing, partly occluded and ligand-bound state28, and the inwardfacing, occluded state29, respectively. The outward-open structure remains to be captured. The ICH domain is illustrated as a latch that strengthens the intracellular gate in the outward-facing conformations. The extracellular gate comprises a few residues from TM1, TM4 and TM7 that are illustrated by the
red brick in the ‘inward open’ cartoon.

圖5 | GLUT1的工作模型。這裏顯示的是根據交替進入模型的完整運輸周期所需的預測構象 - 朝外開的狀態,帶配體的閉塞狀態,向內開的狀態和不帶配體的閉塞狀態。本研究報道了GLUT1的向內開的構象。帶或者沒帶配體的封閉構象分別從兩個XylE結構構象,即帶配體的向外,部分閉塞狀態(28)以及向內的閉塞狀態(29),預測得來。向外開的結構仍有待拍攝。圖中的 ICH結構域構成可以加固外向構象中的細胞內側門的閂鎖。“向內開”的卡通中的紅磚是細胞外側門中來自TM1,TM4和TM7的一些殘基。

SwiperTheFox 發表評論於
回複 'yangcen' 的評論 :

嘿嘿. 科學上理論不過隻好攻擊別人的英語. 人家是做生命科學,不是社會科學好伐?

2. 騷擾別人的說被騷擾的態度不好. 閻及粉絲的態度是提問嗎? 而且連文章都沒仔細看,基本的知識都沒有,難道不應該先補補課再提問嗎?

3。 閻回城後不再揪著這事不放,我也懶得再理。 有很多別的課題要關注,這個熱度還是少別蹭的好。
yangcen 發表評論於


看了這視頻,這英語也能到普林斯頓做教授? 還有潤濤閻提出疑問,居然以潤濤閻碰瓷來回擊,也讓人見識了清華牛人的水平。

老閻當然可以提出疑問。至於對不對那是另外一回事。。
這事被你們一幫人追著聲討,隻能說你們是在蹭熱度。
SwiperTheFox 發表評論於
回複 'Nekono_88' 的評論 :

實在沒時間這麽耗下去,先簡單回答幾句:

1。我沒拉黑閻,我都不知道技術上怎麽操作。

2. 關於美國教授評價顏的我是跟一個叫“哭比笑好”的ID討論的。 怎麽變成了閻? 而且我說的是一個教授,怎麽變成了三個?

3。閻現在承認他的模型是離子泵一樣的機理了,當初顏給他1966模型時他可不是這麽說的。。

閻在這裏的原話: 直到我們發明了新的方法在活體蛋白中證明了葡萄糖載體也遵循著離子泵的機理

他在 顏博士的回應一文裏可是這麽說的:

葡萄糖載體membrane carrier變成membrane pump 了?這不是橘子跟蘋果比,而是橘子跟核桃比了。
Nekono_88 發表評論於
怕你看不到,幫你轉貼過來,供你進一步聲討批判。
潤濤閻:
回複 'SwiperTheFox' 的評論 :

你拉黑了我,卻來我這裏評論。

你如何spin也改變不了以下事實:

1. 在這個地球上,隻有兩家閻/顏用試驗證明了載體動態模型。

2. 顏承認了在她引用的27參考文獻裏的假設:所有的載體都是同一個機理。也就是說,不論用拿個載體,證明了其動態機理,就是通用的載體動態機理。這就堵死了你以前說的閻與顏研究的載體不是同一蛋白。而事實上,二者是同一家族的載體。

3. 顏在2012年的論文裏就沒推理出工作模型(動態模型、機理模型,叫法不同),而在2014年同樣的方法同一載體的同係物就推理出了工作模型。剛好我老板死於2013年。

4. 你反複給我看的鏈接,是國內媒體的報道,有三位美國教授對顏寧2014年論文的評價。而你找不到這三位教授的英文評論來源。等於是三位教授私下裏跟顏寧談的?根據西方的文化,私下裏的言論不能作為公開的評價。大家都搜索不到這三位美國教授的英文評論。你一直用這三位教授的評價挺顏貶閻,可你連這三位教授講的出處都找不到。

5. 你總拿1966年鈉離子泵說事。我跟你講過多次了,分子載體是否遵循鈉離子泵的機理,一直是假說。有兩個係統一直被認為都是遵循離子通道機理:一個是葡萄糖載體係列,一個是CFTR。發現CFTR不是離子泵機理的是在1992年《細胞》發表的論文,震驚了整個膜蛋白領域。直到我們發明了新的方法在活體蛋白中證明了葡萄糖載體也遵循著離子泵的機理。你說什麽其他人一直在研究葡萄糖載體的機理,你找到了哪家發表過葡萄糖載體機理模型的論文?完整的一套科學試驗證明葡萄糖載體的機理模型是我們首先發表在《細胞》、《美國科學院院報》上的。

6.顏寧的圖5跟我們的圖6是一回事,而她沒給出參考文獻。她在圖5的解釋是:根據我們的資料和已發表過的生化資料,我們提出該葡萄糖載體的工作模型”,她沒給出她參考了誰的生化資料?誰發表過葡萄糖載體的機理模型?

你的意思是她沒說她首先搞出了葡萄糖工作模型,可她的圖5就是啊。她又沒給出她參考了誰的生化資料,那不就等於圖5就是她自己的結論了?她越是隻提1966年離子泵的模型,她越是暗示從1966年到她這裏,葡萄糖載體的研究等於空白,隻不過有點“生化資料”而已。而事實上,detailed topological model早就搞出來了。這評價是權威葡萄糖載體專家的綜述所說。你從不提這樣的綜述,反複講的就是那三位美國教授的評價,可你找不到那三位教授的評價英文來源。
SwiperTheFox 發表評論於
回複 'Fanreninus' 的評論 :

承蒙厚愛, 多謝:)
Fanreninus 發表評論於
讚一個,剛才把你以前發的那篇總結文的鏈接也放在我那篇下麵了,寫得真好!:)
登錄後才可評論.